Sự cần thiết của tái cơ cấu các ngân hàng thương mại (NHTM) trước hết bắt nguồn từ sự cần thiết của tái cơ cấu nền kinh tế nói chung. Thách thức đặt ra với hệ thống ngân hàng là khi cả nền kinh tế trong nước và toàn cầu cùng suy yếu. Đà tăng trưởng kinh tế Việt Nam chậm lại, chịu chung bối cảnh kinh tế toàn cầu khó khăn là
một thách thức rất lớn khi cả hai người bạn đồng hành là doanh nghiệp và ngân hàng đều chịu chung số phận.
Tiếp nữa, là vấn đề không kiểm soát được do có qua nhiều ngân hàng trong khi năng lực ngân hàng lại yếu kém. Từ đầu thập niên 2000 và đặc biệt là từ 2005 đến nay, ngân hàng tập trung cho vay các thị trường tài sản, trong đó có thị trường cổ phiếu và BĐS. Trong bối cảnh nền kinh tế phát triển quá nóng thì các thị trường béo bở trên trở thành thiên đường với hầu hết các các ngân hàng. Điều này phần nào đã dẫn đến sự ra đời một loạt các ngân hàng mới, nhưng quy mô nhỏ, cho vay và hoạt động mang tính đầu cơ trên các thị trường tài sản. Các ngân hàng này có vốn chưa nhiều mà đã phải cho vay ngay một số khách hàng lớn, chiếm tỷ trọng cao trong tổng dư nợ. Tính đến năm 2011, Việt Nam hiện có khoảng 100 ngân hàng và các tổ chức tín dụng, chiểm chủ yếu là ngân hàng thương mại trong khi với trình độ kinh tế như nước ta hiện nay thì chỉ cần 2/3 số đó. Hệ thống trở nên cồng kềnh và vượt tầm kiểm soát của NHNN.
Vấn đề thứ ba là thách thức từ những cú “sốc” do vấn đề sở hữu chéo và tính đại chúng rất thấp của ngân hàng. Các ngân hàng TMCP của Việt Nam đều do những nhóm cổ đông nắm giữ thông qua sở hữu chéo để từ đó có thể lách các quy định về đảm bảo hoạt động an toàn. Nhóm cổ đông ngân hàng thành lập các công ty khác và các công ty này cũng góp vốn vào ngân hàng, ngân hàng lại cho các công ty đó vay. Hoạt động này của ngân hàng có rủi ro rất cao khi nguồn vốn không được sủ dụng hiệu quả, không được lưu thông quay vòng kịp thời.
Từ những vấn đề trên, có thể thấy hệ thống ngân hàng cần phải nhanh chóng thực hiện được công cuộc tái cơ cấu, trong đó tập trung triển khai theo 2 bước. Bước thứ nhất là xử lý hậu quả của toàn bộ quá trình khủng hoảng trên mà điển hình là xử lý được nợ xấu. Có giải quyết được nó thì mới có cơ hội phát triển tiếp, giống như đào thải cục máu đông, có vậy cơ thể mới có cơ hội sống tiếp. Bước hai là tái cơ cấu lại tổ chức, nhân sự, sở hữu, hạn chế kinh doanh ngoài ngành, nói tóm lại là tập trung tìm giải pháp để hệ thống ngân hàng có thể hoạt động hiệu quả, phát triển bền vững, lâu dài giống như là một cuộc thay máu cho cơ thể vậy.