Thực tiễn áp dụng các quy định của pháp luật hình sự về việc xóa án đối với những người bị kết tội đặt ra vấn đề cần xem xét giải quyết. Đó là, ngoài hai trường hợp xóa án đương nhiên và xóa án theo quyết định của Tòa án thì còn có trường hợp xóa án trong trường hợp đặc biệt, vấn đề này được quy định tại Điều 55 Bộ luật hình sự năm 1985 như sau: "Trong trường hợp người bị kết án có những biểu hiện tiến bộ rõ rệt, lập công và được cơ quan Nhà nước hoặc tổ chức xã hội đề nghị, thì được Tòa án có thể xóa án nếu người đó đã bảo đảm được từ một phần ba đến một nửa thời hạn quy định" [26].
Theo quy định tại Điều 55 Bộ luật hình sự năm 1985, không phải người bị kết án nào cũng chỉ được xem xét xóa án khi hết một thời hạn luật định, việc xóa án cho người bị kết án mặc dù họ chưa trải qua hết thời hạn luật định hoàn toàn có thể giải quyết. Đó là trường hợp, người bị kết án có những biểu hiện tiến bộ rõ rệt, lập công và được cơ quan Nhà nước hoặc tổ chức xã hội đề nghị, nhưng những người này cũng cần phải trải qua ít nhất là một phần ba hoặc một nửa thời hạn quy định. Quy định của Bộ luật hình sự là như vậy, nhưng thực tế áp dụng cũng khá khó khăn đối với quy định "có những biểu hiện tiến bộ rõ rệt, lập công và được cơ quan Nhà nước hoặc tổ chức xã hội đề nghị". Quy định này rất chung chung, tạo kẽ hở cho người áp dụng nảy sinh tiêu cực không đáng có. Vì thực tế cho thấy, để định nghĩa thế nào là "tiến bộ rõ rệt" hay "đã lập công" là rất khó, có rất nhiều quan điểm khác nhau. Vấn đề này cần được hướng dẫn thi hành cụ thể hơn nữa.
Về vấn đề cách tính thời hạn để xóa án, Điều 56 Bộ luật hình sự năm 1985 quy định:
1. Thời hạn để xóa án quy định ở Điều 53 và Điều 54 căn cứ vào hình phạt chính đã tuyên.
2. Việc chấp hành xong bản án bao gồm việc chấp hành xong hình phạt chính, hình phạt bổ sung và các quyết định khác của bản án.
3. Người được miễn chấp hành hình phạt còn lại cũng được coi như đã chấp hành xong hình phạt.
4. Nếu chưa được xóa án mà phạm tội mới thì thời hạn để xóa án cũ tính từ ngày chấp hành xong bản án mới [26].
Theo quy định trên, thời hạn để xóa án được xác định căn cứ vào hình phạt chính mà Tòa án đã tuyên đối với người bị kết án. Mặt khác, để được xem xét xóa án, đòi hỏi người bị kết án phải chấp hành tất cả những hình phạt mà Tòa án đã bắt họ phải gánh chịu, nó bao gồm cả hình phạt chính, hình phạt bổ sung và các quyết định khác của Tòa án. Trong trường hợp, người bị kết án chưa được xóa án mà lại phạm tội mới thì thời hạn xóa án đối với bản án cũ sẽ được tính từ ngày người đó chấp hành xong hình phạt của bản án mới. Quy định này có tác dụng cảnh cáo, nhắc nhở người bị kết án muốn được xóa án thì không được phạm tội mới trong thời gian chưa được xóa án đối với tội đã phạm trước đây.