1. Phương pháp so sánh các chỉ tiêu
-Theo phương pháp này, người thẩm định so sánh các chỉ tiêu của dự án với các chỉ tiêu chuẩn, hạn mức được sử dụng để đánh giá tính hợp lý của dự án.
-Các chỉ tiêu thường được sử dụng để đối chiếu:
+ Các định mức, hạn mức, chuẩn mức đang được áp dụng + Các chỉ tiêu tiên tiến của các ngành
+ Các chỉ tiêu so sánh giữa trường hợp có dự án với trường hợp chưa có dự án + Các chỉ tiêu hiệu quả của dự án tương tự
2. Phương pháp thẩm định theo trình tự
-Theo phương pháp này, việc thẩm định được tiến hành theo một trình tự biện chứng, từ tổng quát đến chi tiết, từ kết luận trước làm tiền đề cho kết luận sau.
-Thẩm định tổng quát: Là dựa vào các nội dung cần thẩm định để xem xét tổng quát, phát hiện các vấn đề hợp lý, cần phải đi sâu thêm. Thẩm định tổng quát cho phép ta hình dung khái quát về dự án, thực chất các vấn đề chủ yếu của dự án, mục tiêu của dự án, các giải pháp chủ yếu, những lợi ích cơ bản. Qua đây, ta hình dung được quy mô, tầm cỡ của dự án, liên quan đến các ngành nào, bộ phận nào, ngành nào, bộ phận nào là chính. Trên cơ sở, dự kiến được các công việc cần làm tiếp và những công việc có liên quan đến những ai để có thể hoàn thành được việc thẩm định tốt nhất và nhanh nhất.
-Thẩm định chi tiết tiến hành sau khi đã thẩm định tổng quát. Yêu cầu của việc thẩm định là theo từng nội dung cần phải có ý kiến nhận xét, kết luận, đồng ý, không đồng ý, những gì cần bổ sung, sửa đổi. Điều này chỉ có thể đạt được bằng thẩm định chi tiết.
Thẩm định chi tiết cần phải xem xét và sửa đổi cả các sai sót nhỏ trong quá trình soạn thảo, các mâu thuẫn (nếu có), thậm chí cả những phép tính nhỏ trong quá trình tính toán.
3. Phương pháp phân tích độ nhạy
-Phương pháp này dùng để kiểm tra tính vững chắc về hiệu quả tài chính của dự án.
-Cơ sở của phương pháp này là dự kiến một số tình huống bất trắc có thể xảy ra trong tương lai đối với dự án, như vượt chi phí đầu tư, không đạt công suất thiết kế, giá các chi phí đầu vào tăng và giá tiêu thụ sản phẩm giảm, có thay đổi về chính sách thuế theo hướng bất lợi … khảo sát tác động của những yếu tố đó đến hiệu quả đầu tư và khả năng hoàn vốn của dự án.
-Mức độ sai lệch của các yếu tố so với dự kiến của các yếu tố là khác nhau, mức độ ảnh hưởng tới dự án là khác nhau. Trong phân tích nên chọn các yếu tố tiêu biểu dễ xảy ra, gây tác động xấu đến hiệu quả của dự án để xem xét. Những dự án vẫn có hiệu quả khi chịu sự tác động đồng thời của các yếu tố bất trắc là những dự án có hiệu quả vững chắc, có độ án toàn cao. Ngược lại là những dự án cần phải xem xét lại và có biện pháp hữu hiệu để khắc phục rủi ro.