Từ năm 2001 đến nay, quan hệ thương mại hàng hóa giữa hai nước đã phát triển mạnh mẽ. Tuy nhiên, trong giai đoạn này, quan hệ thương mại hàng hóa giữa hai nước đã chịu tác động nhiều của quá trình hội nhập kinh tế quốc tế, cả về mặt tích cực và lẫn mặt tiêu cực, cả tác động trực tiếp lẫn tác động gián tiếp.
Năm 2001 Trung Quốc chính thức gia nhập WTO, Trung Quốc đã dành cho các nước đang phát triển được hưởng quy chế tối huệ quốc, trong đó có Việt nam. Đây chính là cơ hội để Việt Nam đẩy mạnh xuất khẩu vào thị trường Trung Quốc, một thị trường có tốc độ tăng trưởng kinh tế khá cao trên thị trường thế giới (tăng 10% năm 2006). Với dân số gần 1,4 tỷ người, mức tiêu dùng cho người dân và mức tiêu dùng cho sản xuất cao, đây được coi là thị trường xuất khẩu tiềm năng của Việt Nam. Bên cạnh đó, hệ thống chính sách và hệ thống pháp luật của Trung Quốc cũng phải điều chỉnh cho phù hợp với yêu cầu của WTO. Đặc biệt là hàng rào tiêu chuẩn kỹ thuật, tiêu chuẩn vệ sinh an toàn đối với hàng nhập khẩu vào thị trường Trung Quốc yêu cầu ở mức cao hơn trước đây. Một số chính sách ưu đãi đối với buôn bán biên mậu cũng đang được chính phủ Trung Quốc loại bỏ dần. Do các doanh nghiệp Việt Nam không nắm rõ được những thay đổi trong chính sách ngoại thương của Trung
Quốc, nên nhiều hàng hóa của Việt Nam xuất khẩu sang thị trường Trung Quốc ở thời kỳ này đã bị ùn tắc ở các cửa khẩu. Nhiều mặt hàng không xuất khẩu được do lượng dư tồn kháng sinh, thuốc bảo quản, thuốc trừ sâu trong sản phẩm quá cao. Điều này đã gây tổn thất lớn cho các doanh nghiệp Việt Nam.
Ngày 14/11/2002, Trung Quốc và ASEAN đã ký kết Hiệp định khung về hợp tác kinh tế toàn diện, tạo tiền đề thành lập khu vực mậu dịch tự do ASEAN – Trung Quốc (ACFTA) vào năm 2010 đối với các nước ASEAN – 6 (Brunây, Inđônêxia, Malaysia, Philippin, Xingapore, Thái Lan) và 2015 đối với các nước Cămpuchia, Lào, Myanmar và Việt Nam. Hiệp định về hợp tác kinh tế toàn diện ASEAN – Trung Quốc điều chỉnh 4 mảng lớn: hàng hóa, dịch vụ, đầu tư và các lĩnh vực hợp tác kinh tế khác. Chương trình thu hoạch sớm (EHP) là một nội dung trong Hiệp định khung về hợp tác toàn diện ASEAN – Trung Quốc (được quy định tại điều 6 của Hiệp định) và điều chỉnh một phần trong mảng hàng hóa. Với chương trình này, cho phép giảm thuế xuống 0% sớm hơn và nhanh hơn so với lộ trình 10 năm xây dựng AFTA. Đồng thời, mở ra cho Việt Nam và Trung Quốc một thị trường rộng lớn với 1,8 tỷ người tiêu dùng, GDP lên tới 2 nghìn tỉ USD và tổng kim ngạch thương mại hàng năm ước khoảng 1,2 nghìn tỉ USD [18, tr.136].
Theo đánh giá của các chuyên gia kinh tế về quá trình thực hiện chương trình thu hoạch sớm giữa hai nước cho thấy: Trung Quốc đã thành công lớn trong việc thực hiện chương trình EHP, Trung Quốc đã biết tận dụng lợi thế sẵn có của mình và khai thác triệt để cơ hội mà EHP đưa lại. Bên cạnh việc Trung Quốc tạo ra những điều kiện thuận lợi cho các nước ASEAN được hưởng những ưu đãi đặc biệt trong việc áp dụng mức thuế trong EHP, Trung Quốc đã áp dụng chính sách điều hành mậu dịch biên giới tại các khu vực cửa khẩu một cách thông thoáng và linh hoạt, chủ trương đẩy mạnh quan hệ mậu dịch biên giới, mậu dịch tiểu ngạch, quan hệ mậu dịch tại các cặp chợ, đường mòn, xé lẻ hàng hóa nhập khẩu để được hưởng ưu đãi miễn thuế...Đồng thời, Trung Quốc cũng chú trọng đến cơ sở hạ tầng như hệ thống đường giao thông,
kho bãi, đèn chiếu sáng, hệ thống dịch vụ trong khu vực cửa khẩu đã được mở rộng và phát triển theo tiêu chuẩn quốc tế, tạo điều kiện thuận lợi cho việc lưu thông và phân phối hàng hóa, nhằm thu hút các các doanh nghiệp cũng như tư thương tham gia buôn bán, trao đổi hàng hóa tại cửa khẩu biên giới. Vì vậy, ngoài việc xuất khẩu máy móc thiết bị, nhiều hàng hóa rau quả, nông thủy sản của Trung Quốc trong thời gian này đã được xuất khẩu mạnh sang Việt Nam và các nước khối ASEAN, kim ngạch xuất khẩu rau quả của Trung Quốc sang Việt Nam tăng từ 30,9 triệu USD năm 2001 lên 80,2 triệu USD năm 2005 [18].
Trong khi đó, nhiều hàng hóa của Việt Nam, đặc biệt là những mặt hàng có lợi thế của Việt Nam trên thị trường Trung Quốc như rau, hoa quả, thủy hải sản, cao su...có xu hướng giảm mạnh. Nguyên nhân dẫn đến giảm sút là do hàng hóa của Việt Nam đã phải cạnh tranh với hàng hóa của các nước trong khu vực khi xuất khẩu vào thị trường Trung Quốc, đặc biệt là hàng hóa của Thái Lan.
Để đẩy mạnh quan hệ thương mại giữa hai nước lên tầm cao mới, tháng 5/2004, khi sang thăm Trung Quốc, Thủ tướng Chính phủ Việt Nam Phan Văn Khải đã đề xuất việc hai nước hợp tác xây dựng hai hành lang kinh tế “Côn Minh – Lào Cai – Hà Nội – Hải Phòng” và “Nam Ninh – Lạng Sơn – Hà Nội – Hải Phòng” và “vành đai kinh tế vịnh Bắc Bộ” (gọi tắt là “Hai hành lang và một vành đai kinh tế”), đã được phía Trung Quốc hưởng ứng tích cực. Tháng 10/2004, trong chuyến thăm Việt Nam của Thủ tướng Ôn Gia Bảo, Thủ tướng hai nước đã đi sâu trao đổi ý kiến về vấn đề xây dựng “hai hành lang một vành đai” này. Hai bên đã ký “Bản ghi nhớ về việc thành lập nhóm chuyên viên hợp tác kinh tế thương mại Trung – Việt”.
Cho đến nay, hai bên đã cùng nhau soạn thảo hoàn thành báo cáo nghiên cứu khả thi, sau khi chính phủ hai nước xem xét và phê duyệt, hai bên sẽ tổ chức nghiên cứu các dự án liên quan, lấy các dự án dẫn đầu, triển khai hợp tác theo nguyên tắc dễ trước khó sau, tuần tự tiệm tiến. Đây được coi là chương trình hợp tác trung và dài hạn giữa hai nước nhằm thúc đẩy quan hệ giữa hai
nước phát triển. Phạm vi hợp tác “hai hành lang một vành đai” bao gồm 5 tỉnh Lào Cai, Lạng Sơn, Quảng Ninh, Hà Nội, Hải Phòng của Việt Nam và 4 tỉnh Vân Nam, Quảng Tây, Quảng Đông, Hải Nam của Trung Quốc. Tới đây, khi triển khai chương trình hợp tác này, sẽ có thể trở thành điểm tăng trưởng mới cho quan hệ hợp tác kinh tế thương mại hai nước và sẽ phát huy vai trò thúc đẩy tích cực hợp tác kinh tế thương mại ASEAN – Trung Quốc.
Tháng 10/2005, trong chuyến thăm của Tổng bí thư, Chủ tịch nước Hồ Cẩm Đào, lãnh đạo cấp cao hai nước đã xác định phương hướng phát triển quan hệ kinh tế thương mại giữa hai nước và hai bên đã ký 14 hiệp định, văn bản thỏa thuận hợp tác với tổng vốn đầu tư 1,2 tỷ USD.
Ngày 11/1/2007 Việt Nam chính thức trở thành thành viên thứ 150 của WTO. Điều này khẳng định vị thế của Việt Nam trên trường quốc tế. Với hệ thống pháp luật và hệ thống chính sách ngày càng rõ ràng và minh bạch, cộng với môi trường kinh tế - xã hội ổn định, Việt Nam đã và đang là điểm thu hút các nhà đầu tư Trung Quốc và đầu tư nước ngoài vào Việt Nam để sản xuất hàng hóa xuất khẩu sang Trung Quốc và các nước trên thế giới.
Cho đến thời điểm này, Việt Nam và Trung Quốc đều là thành viên của WTO, cùng với Hiệp định ACFTA và chương trình hợp tác “hai hành lang một vành đai kinh tế”, hệ thống hành lang pháp lý khá hoàn chỉnh sẽ thuận lợi cho phát triển quan hệ thương mại hàng hóa giữa hai nước trong những năm tới.