Làm vệ sinh và khử trùng là những hoạt động thuộc loại quan trọng nhất trong các ngành công nghiệp thực phẩm hiện nay.
Không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ các quy trình làm vệ sinh và khử trùng dẫn tới nhiều trường hợp thiệt hại do thực phẩm bị hư hỏng và bị nhiễm vi khuẩn gây bệnh tới mức không thể chấp nhận được.
Các yếu tố quản lý nội vi, vệ sinh cá nhân, đào tạo và giáo dục, bố trí nhà xưởng, thiết kế máy móc và thiết bị, những đặc tính của các vật liệu đã chọn, việc bảo trì và các điều kiện chung của của xí nghiệp có thể dễ được coi trọng hơn quá trình làm vệ sinh và khử trùng thật sự.
Để sử dụng tối ưu các tiềm lực và đảm bảo chất lượng vi sinh của thực phẩm, điều quan trọng là phải đề cập tất cả những yếu tố trên khi quyết định các qui trình làm vệ sinh và khử trùng.
Nếu xí nghiệp áp dụng khái niệm HACCP, phải coi các qui trình làm vệ sinh và khử trùng như các điểm kiểm soát tới hạn (CCP). Nếu xí nghiệp điều hành
Hệ thống Chất lượng theo ISO 9001, phải bổ sung các quy trình đó thành một thể thống nhất trong hệ thống.
Có 3 hoạt động khác nhau trong toàn bộ quá trình làm vệ sinh: chuẩn bị, làm vệ sinh và khử trùng.
• Công việc chuẩn bị
Trước khi dùng các chất tẩy rửa, cần loại bỏ hoàn toàn các mẫu thực phẩm sót lại bằng cách chải, nạo hoặc tương tự. Sau đó cần dội rửa tất cả các bề mặt thiết bị bằng nước lạnh trước khi dùng các chất tẩy rửa.
• Làm vệ sinh
Tiến hành làm vệ sinh để loại bỏ tất cả các vật không mong muốn (thực phẩm sót lại, các vi sinh vật, vảy cáu cặn, dầu mỡ, v.v…) khỏi các bề mặt của cả xí nghiệp lẫn các thiết bị chế biến, để lại những bề mặt sạch (xác định bằng mắt và bằng tay) và không có dư lượng chất tẩy rửa sau quá trình làm vệ sinh.
• Khử trùng
Có thể tiến hành khử trùng có hiệu quả bằng các biện pháp xử lý nhiệt, tia cực tím hoặc bằng các hợp chất hóa học.
Việc dùng nhiệt ở dạng hơi nước hoặc nước nóng là phương pháp khử trùng rất an toàn và được sử dụng rộng rãi. Khử trùng bằng lưu thông nước nóng (khoảng 900C) rất hiệu quả. Phải lưu thông nước ít nhất 20 phút sau khi nhiệt độ nước quay vòng đạt tới 850C hoặc hơn. Hiển nhiên là khi dùng hơi nước cũng có hiệu quả tương tự.
Các hóa chất thông dụng nhất để khử trùng là:
Clorine và các hợp chất clorin: Clorine là một trong những hợp chất khử trùng hiệu quả và được dùng phổ biến nhất. Một số dạng khác là dung dịch sodium hypoclorit, các cloramin và các hợp chất hữu cơ khác có chứa clorine.
Các hợp chất tiệt trùng chứa clorine với nồng độ 200ppm clorin tự do có hoạt tính rất mạnh và phần nào có tác dụng làm sạch. Hiệu quả khử trùng giảm đáng kể khi còn tạp chất hữu cơ.