Kết quả xác định kiểu gen G khi chạy sản phẩm RT – PCR trên gel agarose 2%
Hình 24. Kết quả điện di trên gel agarose xác định kiểu gen G
Từ kết quả thu đƣợc ở hình 24 cho thấy G1 xuất hiện 6 mẫu (các giếng số 1, 7, 8, 9, 11, 12 tƣơng ứng với băng có kích thƣớc 618 bp) và G2 xuất hiện 5 mẫu (các giếng số 3, 10, 12, 13, 16 tƣơng ứng với băng có kích thƣớc 521 bp). Đặc biệt giếng số 12 xuất hiện kiểu gen hỗn hợp của G1 và G3 (ứng với xuất hiện hai băng có kích thƣớc lần lƣợt là 618 bp và 521 bp).
a) Sự phân bố kiểu gen G lưu hành tại miền Trung
Chúng tôi tiến hành phân tích 292 mẫu xác định kiểu gen G, kết quả thu đƣợc ở bảng 15 nhƣ sau:
Luận văn Thạc sĩ Nguyễn Phương Thuý
Bảng 15. Tỷ lệ lƣu hành các kiểu gen G tại bệnh viện nhi Khánh Hòa năm 2010 Kiểu gen
Tổng số G1 G2 Gmix Tổng
Số mẫu 287 4 1 292
Tỷ lệ (%) 98,29 1,37 0,34 100,00
* Chú thích:
Gmix: kiểu gen G hỗn hợp của G1, G3.
Hình 25. Sự phân bố các kiểu gen G lƣu hành tại miền Trung năm 2010
Theo bảng 15 và đồ thị hình 25 nhận thấy chủng G1 lƣu hành phổ biến nhất tại miền Trung chiếm tỷ lệ 98,29%, tiếp theo là kiểu gen G2 chiếm tỷ lệ là 1,37%, kiểu gen G4 không thấy xuất hiện, kiểu gen G hỗn hợp chiếm tỷ lệ nhỏ là 0,34% do sự kết hợp của kiểu gen G1và G3.
Theo thống kê tại Việt Nam từ năm 1998 đến 2009 [3], trong tổng số 3048 chủng virut Rota đƣợc xác định kiểu gen thì G1 chiếm nhiều nhất là 35,33%, tiếp theo là các kiểu gen G3, G2, G9, G4 chiếm tỷ lệ tƣơng ứng lần lƣợt là 28,28%; 8,30%; 4,04% và 3,12%. Kiểu gen G hỗn hợp chiếm tỷ lệ nhỏ là 4,43% và tỷ lệ các chủng không xác định đƣợc kiểu gen G chiếm tỷ lệ cao với 16,50%.
Luận văn Thạc sĩ Nguyễn Phương Thuý
Nhƣ vậy, tại miền Trung kiểu gen G1 là phổ biến nhất sau đó là G2, Gmix xuất hiện với tỷ lệ thấp. Các chủng không xác định đƣợc kiểu gen có xu hƣớng giảm tỷ lệ.
b)Sự phân bố các týp G lưu hành theo khu vực
Bảng 16. Sự phân bố các chủng G theo khu vực
Địa điểm Miền Bắc Miền trung Miền Nam
Kiểu gen và tỷ lệ (%) G1 102 (35,29) 287 (98,29) 293 (97,02) G2 25 (8,65) 4 (1,37) 0 (0,00) G3 146 (50,52) 0 (0,00) 7 (2,32) G4 0 (0,00) 0 (0,00) 0 (0,00) G9 0 (0,00) 0 (0,00) 1 (0,33) Gmix 16 (5,54) 1 (0,34) 1 (0,33) Gnt 0 (0,00) 0 (0,00) 0 (0,00) Tổng 289 (100,00) 292 (100,00) 302 (100,00) * Chú thích:
Gmix: kiểu gen G hỗn hợp của G1, G2, G3, G4, G9 Gnt: kiểu gen G không xác định được
Từ bảng 16 cho thấy chủng G1 khi xét chung cả nƣớc chiếm tỷ lệ cao nhất (77,24%), tiếp theo là chủng G3 (17,33%). Tuy nhiên khi xét theo khu vực thì sự phân bố các chủng này có sự khác biệt. Theo bảng 15 trên thì tại miền Trung và miền Nam chủng G1 lƣu hành phổ biến chiếm tỷ lệ lần lƣợt là 98,29% và 97,02%, các chủng còn lại chiếm tỷ lệ thấp từ 0% đến 2,32%. Tuy nhiên tại miền Bắc chủng G3 lại lƣu hành phổ biến (chiếm 50,52%), tiếp theo là chủng G1 (35,29%), các chủng còn lại chiếm tỷ lệ thấp từ 0% đến 8,65%. Đặc biệt năm 2010 cả 3 miền không thấy xuất hiện chủng G4 và tất cả các chủng đều xác định đƣợc týp, chủng G9 chỉ xuất hiện tại miền nam chiếm 0.33%.
Luận văn Thạc sĩ Nguyễn Phương Thuý
Để so sánh sự phân bố các chủng phổ biến G1 và G3 giữa các khu vực với nhau chúng tôi sử dụng phƣơng pháp 2
để đánh giá, kết quả thu đƣợc nhƣ sau: Khi so sánh sự phân bố chủng G1 giữa miền Bắc với hai miền Trung và Nam thu đƣợc giá trị P là 0,0000 < 0,05, giữa miền Trung với miền Nam thu đƣợc giá trị P = 0,308 > 0,05. Có thể kết luận sự phân bố chủng G1 có sự khác biệt giữa miền Bắc với hai miền còn lại, và sự khác biệt không có ý nghĩa thống kê giữa miền Trung và miền Nam.Vậy các chủng G1 có xu hƣớng tăng dần theo chiều từ Bắc vào Nam.
Khi đánh giá sự phân bố chủng G3 giữa miền Bắc với miền Trung và Nam, giữa miền Trung với miền Nam thu đƣợc giá trị P lần lƣợt là 0,0000; 0,0000 và 0,0089 đều nhỏ hơn 0,05. Nhƣ vậy sự phân bố chủng G3 có xu hƣớng giảm dần từ Bắc vào Nam.
c) Sự phân bố kiểu gen G lưu hành theo thời gian
Theo thống kê dịch tễ từ năm 2009 và kết quả phân tích của chúng tôi thu đƣợc thể hiện ở bảng 17 nhƣ sau:
Bảng 17. Tỷ lệ lƣu hành các kiểu gen G theo thời gian
Năm Các kiểu gen G và tỷ lệ lƣu hành (%)
G1 G3 G2 Gmix Gnt Tổng 2009 130 110 7 9 38 294 44.21 37.41 2.38 3.06 12.92 100 2010 287 0 4 1 0 292 98.29 0 1.37 0.34 0 100
Luận văn Thạc sĩ Nguyễn Phương Thuý
Từ kết quả bảng 16 chúng tôi có đồ thị hình 26 dƣới đây:
Hình 26. Sự lƣu hành các kiểu gen G tại miền Trung năm 2009 và năm 2010
Từ bảng 16 và đồ thị hình 26 nhận thấy các chủng virut Rota lƣu hành có sự biến đổi theo thời gian, cụ thể nhƣ sau:
Chủng G1 năm 2009 chiếm tỷ lệ 44,21% nhƣng sang năm 2010 thì chủng G1 có xu hƣớng phổ biến hơn rất nhiều, tỷ lệ kiểu gen G1 đã tăng gấp 2,22 lần chiếm 98,29% số mẫu phân tích.
Chủng G3 xuất hiện phổ biến ở năm 2009, chỉ đứng sau chủng G1 với tỷ lệ 37,41% nhƣng ở năm 2010 thì tỷ lệ chủng G3 giảm về 0%.
Chủng G hỗn hợp năm 2009 và 2010 đều chiếm tỷ lệ thấp 0,34%- 3,06%. Tƣơng tự với chủng G2 cũng chiếm tỷ lệ thấp ở cả 2 năm, từ 1,37%-2,38%. Các chủng này có xu hƣớng giảm dần qua các năm.
Kiểu gen G chƣa xác định đƣợc chiếm tỷ lệ 12,92% năm 2009, tuy nhiên năm 2010 không thấy xuất hiện kiểu gen G lạ.
Tỉ lệ (%)
Luận văn Thạc sĩ Nguyễn Phương Thuý
3.6 Sự lưu hành các chủng tổ hợp G – P của virut Rota
3.6.1 Sự phân bố các chủng tổ hợp G – P tại miền Trung
Kết quả phân tích 292 mẫu thu đƣợc các kiểu tổ hợp G – P theo bảng 18 nhƣ sau:
Bảng 18. Sự lƣu hành các chủng G – P tại miền Trung năm 2010
Kiểu gen Số lƣợng các chủng và tỷ lệ (%) G1 G2 G mix G nt Tổng số mẫu P4 0 4 1.37 0 0 4 1.37 P8 287 98.29 0 1 0.34 0 288 98.63 Từ kết quả thu đƣợc tại bảng 18 chúng tôi có đồ thị hình nhƣ sau:
Hình 27. Sự phân bố các tổ hợp G – P của virut Rota
Từ bảng 18 và đồ thị hình 27 cho thấy các chủng tổ hợp phổ biến là G1P[8],
G2P[4], trong đó chủng G1P[8] phổ biến nhất chiếm tới 98,29%, tiếp theo là chủng G2P[4] (1.34%). Chủng còn lại chiếm tỷ lệ nhỏ 0,34%.
Luận văn Thạc sĩ Nguyễn Phương Thuý
3.6.2 Sự lưu hành các chủng tổ hợp G – P theo thời gian
Bảng 19. Sự lƣu hành các chủng tổ hợp G – P theo thời gian tại Việt Nam
Thời gian Các chủng và tỷ lệ lƣu hành (
%) G1P[8] G3P[8] G2P[4] GmixP[8] Khác Tổng 2009 123 100 6 6 59 294 41.84 34.01 2.04 2.04 20.07 100 2010 287 0 4 1 0 292 98.29 0 1.34 0.34 0 100 Từ bảng 19 chúng tôi có đồ thị hình 28 nhƣ sau:
Hình 28. Sự lƣu hành các chủng tổ hợp G – P theo thời gian
Chủng G Tỉ lệ (%)
Luận văn Thạc sĩ Nguyễn Phương Thuý
Từ đồ thị hình 28 cho thấy chủng G1P[8] chiếm tỷ lệ tƣơng đối cao qua các năm, năm 2009 chiếm tỷ lệ 41,84% và tăng 2,35 lần vào năm 2010 chiếm tới 98,29%.
Chủng G3P[8] xuất hiện với tỷ lệ tƣơng đối cao vào năm 2009, tuy nhiên năm 2010 không thấy có xuất hiện trong các mẫu phân tích tại bệnh viện nhi Khánh Hòa.Các chủng chƣa thể định týp còn chiếm tỷ lệ tƣơng đối cao ở năm 2009 (chiếm 15,7%),và năm 2010 không thấy xuất hiện chủng lạ.Các tổ hợp chủng G – P còn lại chiếm tỷ lệ thấp và không có sự biến động bất thƣờng nhiều qua các năm.
Nhƣ vậy việc đánh giá sự biến động các chủng lƣu hành qua các năm đóng
vai trò quan trọng trong giám sát dịch tễ, từ đó có hƣớng nghiên cứu, sản xuất và
phòng bệnh hiệu quả.
Luận văn Thạc sĩ Nguyễn Phương Thuý
8. KẾT LUẬN
1. TỶ LỆ TRẺ EM MẮC BỆNH TIÊU CHẢY CẤP DO VIRUT ROTA VÀ
MỐI LIÊN QUAN VỚI CÁC YẾU TỐ MÙA, TUỔI, GIỚI.
1.1 TỶ LỆ TRẺ EM MẮC BỆNH TIÊU CHẢY CẤP DO VIRUT ROTA
Tỷ lệ trẻ em mắc tiêu chảy cấp do virut Rota tại bệnh viện nhi Khánh Hòa năm 2010 là 63,96%. Tỷ lệ này phù hợp với các nghiên cứu trƣớc đây, tuy nhiên vẫn còn khá cao so với các khu vực khác.
1.2MỐI LIÊN QUAN VỚI CÁC YẾU TỐ MÙA, TUỔI, GIỚI
1.2.1.Sự phân bố của bệnh theo tháng (mùa) trong năm
Khu vực miền Trung tỷ lệ nhiễm virut Rota phân bố đồng đều theo các tháng và tỷ lệ nhiễm tƣơng đối cao từ 42,38% đến 88,24%
1.2.2. Sự phân bố của bệnh theo giới tính
Tỷ lệ nam dƣơng tính với virut Rota tại miền Trung năm 2010 cao gấp 1,45 lần nữ dƣơng tính. Tuy nhiên sự khác biệt này không có ý nghĩa thống kê.
1.2.3.Sự phân bố của bệnh theo lứa tuổi
Bệnh xảy ra chủ yếu ở trẻ em từ 6 đên 24 tháng tuổi (chiếm 85,05%).
2. ĐẶC TÍNH CỦA VIRUT ROTA TẠI MIỀN TRUNG NĂM 2010
2.1. Đặc tính chủng P
Kiểu gen P phổ biến nhất là: P[8].
2.2 Đặc tính chủng G
Kiểu gen phổ biến tại miền Trung là G1, tiếp theo G2.
2.5.2. Đặc tính chủng tổ hợp G – P
Chủng tổ hợp phổ biến: chủng G1P[8] phổ biến nhất, tiếp theo là G2P[4]. Các tổ hợp còn lại chiếm tỷ lệ nhỏ.
Các chủng tổ hợp G - P có sự biến đổi theo thời gian: Chủng G1P[8] chiếm tỷ lệ tƣơng đối cao qua các năm và những năm gần đây có xu hƣớng tăng cao đặc biệt tăng vào năm 2010 (chiếm 98,29%).
Luận văn Thạc sĩ Nguyễn Phương Thuý
9. KIẾN NGHỊ
1. Tiếp tục nghiên cứu, giám sát dịch tễ học bệnh TCC do virut Rota tại các khu vực trong cả nƣớc từ đó có những thông tin cần thiết và kịp thời cho công tác phòng và điều trị bệnh trong cộng đồng.
2. Tại Việt Nam đã sản xuất đƣợc vắc xin phòng TCC do virut Rota. Tuy nhiên, cần tiếp tục giám sát dịch tễ để xác định đặc tính lƣu hành các chủng virut Rota tại Việt Nam trƣớc và sau khi sử dụng vắc xin, từ đó đánh giá hiệu quả của việc sử dụng vắc xin trong cộng đồng.
3. Cần cập nhật, bổ sung hay thiết kế những Primer mới nhằm phát hiện những chủng không xác định týp, phát hiện những chủng mới (nhƣ G5, G12…) và những biến chủng gây bệnh ở ngƣời.
Luận văn Thạc sĩ Nguyễn Phương Thuý
10. TÀI LIỆU THAM KHẢO
TÀI LIỆU TIẾNG VIỆT
1. Nguyễn Đăng Hiền, Nguyễn Thị Mai Hƣơng, Bùi Đức Nguyên, Đăng Đức
Anh, Lê Thị Luân (2010), “Giám sát chủng virut Rota gây bệnh viêm dạ dày
ruột cấp tính ở trẻ em dƣới 5 tuổi năm 2008”, Tạp chí Y học dự phòng, 20(5),
tr. 23-28.
2. Nguyễn Đăng Hiền, Nguyễn Thị Mai Hƣơng, Phạm Thị Phƣơng Thảo, Lê Thị Luân (2010), “Kết quả giám sát bệnh tiêu chảy do virut Rota năm 2009 tại Việt Nam”, Tạp chí Y học dự phòng, 21(1), tr. 10 – 15
3. Nguyễn Đăng Hiền, Phạm Thị Phƣơng Thảo, Lê Thị Luân (2010), “Giám sát chủng virut Rota lƣu hành gây bệnh tiêu chảy tại Việt Nam từ 1998 – 2009”,
Tạp chí Y học dự phòng, 21(1), tr. 5 – 9.
4. Nguyễn Đăng Hiền, Nguyễn Thị Quỳ, Trần Bích Hạnh, Lê Thị Luân (2010), “Tính ổn định của vắc xin Rota sản xuất tại Việt Nam”, Tạp chí Y học dự phòng, 19(4), tr. 13 – 18.
5. Lê Thị Luân, Nguyễn Văn Mẫn, Nguyễn Đức Dƣơng, Đặng Đức Trạch, Nguyễn Thị Hiền Thanh, Gentsch J.R, Glass R.I. (2001), “Dịch tễ học bệnh tiêu chảy do virut Rota tại bệnh viện miền Nam Việt Nam từ tháng 7/2000 đến tháng 6/2001”, Tạp chí y tế dự phòng , 11(4), tr. 28 – 33
6. Lê Thị Luân, Nguyễn Đăng Hiền (2007), Rotavirus đặc tính biện pháp
phòng ngừa, Nhà xuất bản Y học, Hà Nội.
7. Nguyễn Văn Mẫn, Lê Thị Luân, Nguyễn Đức Dƣơng, Đặng Đức Trạch, Nguyễn Thị Hiền Thanh, Gentsch J.R, Glass R.I. (2001), “Dịch tễ học bệnh tiêu chảy do virut Rota tại bệnh viện miền Bắc Việt Nam từ tháng 7/2000 đến tháng 6/2001”, Tạp chí y tế dự phòng , 11(4), tr. 22 – 27
8. Nguyễn Nữ Anh Thu (2002), Một số đặc điểm sinh học của virut Rota gây tiêu chảy cấp ở trẻ em dưới 5 tuổi tại bệnh viện nhi Hải Phòng và bệnh
Luận văn Thạc sĩ Nguyễn Phương Thuý
viện nhi Khánh Hoà từ tháng 7-2001 đến tháng 6-2002, Luận văn thạc sĩ y
học, Hà Nội.
9. Nguyễn Vân Trang, Lê Thị Kim Anh, Lê Thị Hồng Nhung, Ngô Mai Hoa, Vũ Thị Bích Hậu, Nguyễn Anh Tuấn, Lê Thị Luân, Baoming Jiang và Đặng Đức Anh (2011), “Kháng thể trong sữa mẹ và ảnh hƣởng đến vắc xin phòng virut Rota ở Việt Nam”, Tạp chí Y học dự phòng, 21(2), tr. 10- 20.
10. Phạm Văn Ty (2005), Virut học, nhà xuất bản giáo dục, Hà Nội.
11. Nguyễn Thị Tuyến (1993), “ Rotavirut”. Bài giảng Vi sinh vật y học. Nhà xuất bản Y học, tr179 – 181.
TÀI LIỆU TIẾNG ANH
12. Ashley, C.R., caul, E.O, Clark SKR., Corner, B.D, Dum S. ( 1978), "Rotavirus infection of apes", Lancet, 2, p.477.
13. Chanock S.J., Wenske E.A., Fields B.N. (1983), “ Human Rotaviruses and genome RNA”.J infect Dis, (148) pp 49-50.
14. Clark C.S., Linnemann C.C J., Gartside P.S., Phair J.P.,(1985), “ Serologic survey of Rotavirus, Norwalk agent and Prototheca wick erhamil in wastewater workers”. Am J Pulic Health,(75) pp 83-85.
15. Esparza J.,Gil F.(1978),” A study on the ultrastructure of human Rotavirus”.
Virology, (91) pp. 141- 150.
16. Estes M.K. (1996), "Rotavirus and their Replication". Virology, Third Edition. Lippincott. Raven Publishers, Philadenphia, 92(3), pp. 735 - 760.
17. Estes M.K., Tanaka T. (1989), “ Nucleic acids probes for Rotavirus detection and characterization” In: Tenover F,ed,DNA probes for infectionus diseases Boca raton”. CRC Press,pp. 79-100
18. Funichi Y., Morgan M.A., Muthukrishnan S., Shatkin A.J. (1975), “ Reovirus messenger RNA contains a methylated, blocked 5‟ terminal structures GppGmC”, Proe Natl Acad Sci USA, (72) pp. 362-366.
Luận văn Thạc sĩ Nguyễn Phương Thuý
19. Hoshino Y., Jones R.W., Kapikian A.Z.(1998), “ Serotypic characterization of outer capsid protein VP4 of vervet mokey”. Arch Virol,(143)pp 1233-1244. 20. Hoshino Y., Sereno M.M., Midihun K., Flores J.,Kapikian A.Z., Chanock
R.M.(1985), “ Independent segregation of two antigenic specificities (VP3 and VP7) involved in neutralization of rotavirus infectivity”. Proc Natl Acad Sci USA, (82) pp 8701-8704.
21. Hua J., Patton J.T.(1994),” The carboxyl-half of the rotavirus nonstructural protein NS53(NSPL) is not required for virus replication. Virology,(198) pp 567-576.
22. Imai M., Akatani K., Ikegami N., Furuichi Y.(1983), “ Capped and conserved terminal structures in human rotavirus genom double satranded RNA segments”.J Virol,(47) pp 125-136.
23. Kapikian A.Z., Chanock MR(1996), “Rotaviruses”, Fields Virology,
Philadelphia, 55, pp. 1656 - 1686.
24. Kapikian. AZ., Kim HW., Wyatt RG, et al. (1976), “Human Reovirus - like agent as the major pathogen associated with " Winter" gastroenteritis in hospitalized infant and young children”, J Med, N Engl, 294, pp. 965 - 972. 25. Kitaoka S., Suzuki H., Numazaki T., et al..(1984), “ Hemagglutination by
human rotavirus strain”. J Med Virol,(13) pp 215-222.
26. Kurtz. JB., Lee TW., Parsons AJ. ( 1980), "The action of alcohols on Rotavirus, astrovirus and enterovirus", J Hosp Infect, 1, p. 321 - 325.
27. Laura Jean Podewils, Lynn Antil, et al (2005). "Projected Cost-Effectiveness of Rotavirus Vaccination for children in Asia”. JID 2005, 192(1), pp.133-145. 28. Ludert J.E., Gil F., Liptandi F., Espazra J. (1986), “ The structure of the
rotavirus inner capsid studies by electron microscopy of chemically distupted particles”. J Gen Virol,(67)pp 1721-1725.
29. Nakata S ., Estes MK., Graham DY, et al. ( 1986), “Antigenic characterization an ELISA detection of adult diarrhea Rotaviruses", J Infect Dis, 151, pp. 448 - 455.
Luận văn Thạc sĩ Nguyễn Phương Thuý
30. Mattion N.M., Gonzalez S.A., Burrone O., Bellin zoni R., La Totte J.L., Scodeller E.A.(1988), “ Rearrangement of genomic segment 11 in two swine rotavirus strains”. J Gen Virol, (69) pp 695-698.
31. Nguyen Van Man, Dang Duc Anh, et al (2005). „„Epidemiological Profile and Burden of Rotavirus Diarrhea in Vietnam: 5 years of sentinel Hospital Surveillance, 1998-2003”. JID 2005, 192(1), pp. 127-132.
32. Palmer EL., Martin ML., Murphy FA. ( 1977), "Morphology and stability of
