Hạn chế khai thác, sử dụng và buôn bán các loài động, thực vật có giá trị kinh tế cao cho con người nhưng cũng có vai trò quan trọng trong sự duy trì, phát triển và đảm bảo ĐDSH của HST hồ Tây và sông Hồng. Việc khai thác và sử dụng các loài động vật đáy, đặc biệt là tôm, trai, ốc tại vùng lưu vực sông Hồng diễn ra rất mạnh làm mất cân bằng sinh thái, suy giảm nhanh chóng ĐDSH ở khu vực này. Hiện nay việc khai thác nguồn lợi thủy sản ở 2 khu vực này đã và đang có chiều hướng suy giảm về sản lượng.
Xây dựng hệ thống công trình thủy điện, khu vui chơi, giải trí, tham quan, du lịch, nghỉ mát, nhà ở xung quanh hồ, sông một cách khoa học, hợp lý, phục vụ được nhu cầu của con người nhưng cũng không ảnh hưởng đến các HST xung quanh vốn tồn tại trước đó. Việc làm này cần có sự phối hợp của nhiều cơ quan chức năng như: Sở Tài nguyên và Môi trường, Sở Quy hoạch và Đầu tư, Sở Đầu tư và Phát triển, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Sở Khoa học và Công nghệ…
Một trong những nguyên nhân chính làm suy giảm quần thể động vật đáy bản địa là do xây dựng các đập, hồ chứa thủy lợi, thủy điện, đã làm biến đổi nơi cư trú của các loài đặc trưng ở sông, suối. Như chỗ suối có bãi đá nông, hoặc bãi đáy cát giàu thành phần loài thân mềm thành vùng nước tĩnh, làm giảm và phân mảnh các nơi cư trú thích hợp. Việc xây dựng bậc thang các hồ chứa đã tác động tới cả vùng thượng lưu và hạ lưu sau đập. Điều này làm tăng số lượng các loài thân mềm thích ứng với thủy vực nước đứng. Việc điều chỉnh chế độ dòng chảy hồ chứa trong quá trình phát điện có thể tác động làm cho các loài không có khả năng thích nghi với biến đổi mực nước và tốc độ dòng chảy. Đồng thời, cũng thấy việc khai thác quá mức cả nguồn lợi cá, đặc biệt cá sông, làm suy giảm thành phần loài và số lượng cá thể các loài cá cũng là nguyên nhân quan trọng làm mất đi nguồn vật chủ cho các loài trai bộ Unionoida ký sinh trong giai đoạn ấu trùng glochidia. Với đặc điểm lựa chọn chỉ một số loài cá nào đó để ký sinh thì sự suy giảm số
loài và số lượng cá chắc chắn sẽ làm giảm mức độ phong phú các loài trai cũng như số lượng cá thể.
Xử lý tốt nước và các chất thải khác trước khi đổ chúng ra ngoài môi trường. Những hoạt động của con người như đổ nước thải sinh hoạt và các nguồn ô nhiễm khác xuống sông cũng như các đầm hồ tự nhiên hoặc việc sử dụng nhiều các chế phẩm hóa học (thuốc trừ sâu, phân hóa học) đã và đang gây ra những ảnh hưởng trực tiếp hay gián tiếp đến môi trường nước nói chung và khu hệ động vật đáy nói riêng. Cần có những biện pháp nghiên cứu, quy hoạch, sử dụng và bảo vệ hợp lý các HST tự nhiên cũng như nhân tạo làm tiền đề cho việc bảo vệ môi trường và phát triển bền vững nguồn tài nguyên sinh vật.
Tuyên truyền nâng cao hiểu biết của người dân xung quanh khu vực hồ Tây và sông Hồng về ĐDSH, vai trò của ĐDSH đối với đời sống con người để từ đó họ tự ý thức được trách nhiệm và nghĩa vụ của chính mình trong công tác bảo tồn ĐDSH, để họ hiểu được rằng bảo tồn ĐDSH chính là đang bảo vệ cuộc sống của chính mình, của mọi người xung quanh.
KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ