Trong quỏ trỡnh tớnh toỏn, cỏc nguyờn tử của phõn tử lớn (ADN hoặc protein) luụn được coi là cứng (rigid), toạ độ được giữ cố định, toạ độ cỏc nguyờn tử của phối tử thay đổi trong quỏ trỡnh tớnh. Tuy nhiờn khi đỏm gắn kết hỡnh thành, toạ độ cỏc nguyờn tử ngoài đỏm cú thể coi cố định, cỏc nguyờn tử trong đỏm bị giữ cố định thỡ khụng hoàn toàn phự hợp. Vỡ thế chỳng tụi nghiờn cứu sự ảnh hưởng của việc sử dụng nguyờn tử H linh động (flexibility) so sỏnh với việc giữ cố định toạ độ (fixed coordinate) cỏc nguyờn tử H (H trong protein). Sự thay đổi cả về toạ độ cũng như biến thiờn năng lượng tạo
đỏm khi xột hai trường hợp được chỉ ra trờn bảng 3.14.
Bảng 3.14. Toạ độ và biến thiờn năng lượng tạo đỏm của nhúm Ser(250) trong quỏ trỡnh hồi phục tạo đỏm gắn kết với urờ
Stt Toạ độ cố định Toạ độ thay đổi
H(1) -25.4453 13.5094 8.1458 -25.7441 13.3651 8.2132 H(2) -22.8387 14.1772 10.1023 -23.3852 13.5122 7.3805 H(3) -23.8089 13.8633 6.1092 -23.8006 13.7507 6.1430 H(4) -24.7944 15.0850 6.8028 -24.2625 15.1439 6.4297 H(5) -22.8857 15.9113 5.7352 -23.2122 15.9641 5.6611 ΔE(a.u.) -0,0489 -0,0263
Từ giỏ trị trờn bảng 3.14 nhận thấy, khi tọa độ nguyờn tử H (trong nhúm amino axit được tớnh lại sau mỗi bước hồi phục, thỡ năng lượng tạo đỏm
KẾT QUẢ NGHIấN CỨU VÀ THẢO LUẬN
129
thay đổi. Điều này nhắc nhở chỳng ta khi nghiờn cứu cấu trỳc đỏm, nếu muốn cú cấu trỳc đỏm chớnh xỏc thỡ cần phải tớnh lại theo toạ độ cỏc nguyờn tử H (H trong protein) thay đổi. Kết quả biến thiờn năng lượng tạo đỏm thay đổi, nhưng giỏ trị khi giữ cố định cỏc nguyờn tử H càng õm hơn so với giỏ trị biến thiờn năng lượng thu được khi sử dụng nguyờn tử H linh động, điều này càng cú lợi khi ta muốn xột vị trớ thuận lợi nhất (ΔEmin) cho gắn kết (theo tiờu chuẩn nhiệt động học).
Để so sỏnh sự khỏc nhau khi sử dụng cấu trỳc H linh động và cấu trỳc toạ độ H cố định, ta xột đồ thị sự phụ thuộc biến thiờn năng lượng lượng tử
(dQ), biến thiờn năng lượng tạo đỏm (dE), năng lượng tớnh theo cơ học cổ điển Coulomb (C) và Lennard-Jones (LJ) phụ thuộc theo số bước hồi phục trong hai trường hợp trờn, ứng với đơn vị amino axit Ser(250).
Hỡnh 3.22 Sự phụ thuộc cỏc giỏ trị năng lượng vào số bước hồi phục
Từ hỡnh 3.22 nhận thấy, khi sử dụng cấu trỳc nguyờn tử H linh động, cỏc giỏ trị năng lượng phụ thuộc theo số bước hồi phục là hoàn toàn khỏc so với việc dựng toạ độ nguyờn tử H cố định.