CÁC ĐẠI PHÂN TỬ ĐƯỢC KHẢO SÁT TRONG LUẬN

Một phần của tài liệu Ứng dụng phương pháp mô phỏng động lực phân tử nghiên cứu tương tác giữa phối tử với Protein và ADN153824 (Trang 79)

2.4.1. Phõn tử ADN [17, 18, 24]

Phõn tử ADN được chọn nghiờn cứu cú hỡnh dỏng như hỡnh 2.2, là một chuỗi được cắt ra từ mạch xoắn kộp ADN, gồm 10 bazơ nitơ theo chiều 5’-3’, [41] cú thứ tự: A-T-G-C-A-G-T-C-A-G, gồm 319 nguyờn tử, Trong đú:

A: Adenine T: Thymine G: Guanine C: Cytosine

Cỏc bazơ nitơ liờn kết với

đường pentozơ thụng qua nguyờn tử

cacbon (nguyờn tử thay thế) tạo ra một đơn vị cấu trỳc (A, T, G hoặc C) [29, 31, 44] trong chuỗi ADN. Cỏc đơn vị đú được nối với nhau thụng qua liờn kết của cỏc phõn tử đường pentozơ với gốc PO4 [57, 83, 87]. Cấu trỳc của cỏc đơn vị tạo nờn chuỗi ADN được trỡnh bày trong hỡnh 2.3. Việc chọn chuỗi ADN gồm cỏc đơn vị theo thứ tự ngẫu nhiờn, trong đú A và G ở hai đầu mạch phõn tử ADN, nờn 2 bazơ nitơ ở vị trớ này cú thể khụng mang tớnh tổng quỏt [54, 66, 71] cho quỏ trỡnh

nghiờn cứu gắn kết. Hỡnh 2.2 Chuỗi đơn ADN được sử dụng

PHƯƠNG PHÁP NGHIấN CỨU

70

(a) `(b)

(c) (d)

Hỡnh 2.3. Cấu trỳc cỏc bazơ nitơ trong chuỗi ADN (từ trỏi sang phải: bazơ nitơ - axit nucleic- nhúm PO4) (a): Thymine, (b): Cytosine, (c): Adenine, (d): Guanine

2.4.2. Phõn tử protein [18, 49, 55, 67]

Chuỗi protein [81] được đem nghiờn cứu là nhỏnh A của phõn tử 3ptb. Cấu trỳc phõn tử 3ptb trong file 3ptb.pdb được lấy từ

ngõn hàng dữ liệu protein (Protein Data

Bank: pdb), tổng cộng gồm 3220 nguyờn tử

tạo nờn từ 222 amino axit nối với nhau thụng qua cỏc liờn kết peptide (C-N). Hỡnh dỏng phõn tử được chỉ ra trờn hỡnh 2.4. Cấu trỳc khụng gian phõn tử protein[36] phức tạp hơn phõn tử ADN (soắn, cuộn…) [94, 98], nhúm hoạt động trong protein chớnh là cỏc amino axit,chớnh vỡ thế phương phỏp nghiờn cứu cho protein [100] cú một số điểm khỏc [90, 103] so với ADN. Hỡnh 2.4. Phõn tử Protein được sử dụng trong khảo sỏt 2.4.3. Biểu diễn cấu trỳc đỏm và cấu trỳc phõn tử Trong luận ỏn này, tất cả cỏc biểu diễn cấu trỳc đỏm, cấu trỳc phõn tử đều sử dụng phần mềm RasmolArguslab cú tại Trung tõm Ứng dụng tin học trong hoỏ học - Trường ĐH KHTN - ĐHQG Hà nội.

KẾT QUẢ NGHIấN CỨU VÀ THẢO LUẬN

71

CHƯƠNG 3

KT QU NGHIấN CU VÀ THO LUN 3.1. CẢI TIẾN VÀ NÂNG CẤP PHẦN MỀM SQUARED 3.1.1. Hộp mụ phỏng - kỹ thuật lưới (grid technique)

Chuỗi ADN được đặt trong hộp mụ phỏng cú tớnh chất tuần hoàn (phần 1.1.4, và 2.2.6), kớch thước hộp: x: -9,7600 ữ 9,7600; y: -10,1980 ữ 10,198; z: -17,6324 ữ 17,6324; Hộp mụ phỏng phải chứa toàn bộ khụng gian khảo sỏt của phõn tử ADN [48]. Chớnh vỡ thế, kớch thước hộp mụ phỏng ứng với cỏc

phõn tử khỏc nhau là khỏc nhau. Hỡnh 3.1. Hộp mụ phỏng chuỗi ADN

Độ dài của mỗi cạnh được xỏc định theo toạ độ cỏc nguyờn tử trong phõn tử ADN: xx=xmax-xmin; yy=ymax-ymin; zz=zmax-zmin. Trong đú xx, yy, zz là cỏc cạnh hộp mụ phỏng. Tõm của hộp trựng với tõm phõn tử ADN và trựng với tõm gốc toạ độ De Carter. Kớch thước hộp được thiết lập thụng qua file inputmd3 (phụ lục).

Quỏ trỡnh hồi phục được bắt đầu bằng việc đặt phối tử trong khụng gian khảo sỏt (trong hộp mụ phỏng). Khoảng cỏch giữa phối tử và chuỗi ADN

được tớnh (rmin), lực MM được sử dụng, sẽ đưa phối tửđến vị trớ gắn kết, khi ở

khoảng cỏch gần (rmin ≤ rQ) lực MM trở thành lực đẩy, đẩy phối tử ra xa mạch ADN, nhưng trong khoảng cỏch gần thỡ lực QM được sử dụng, sẽ kộo phối tử

KẾT QUẢ NGHIấN CỨU VÀ THẢO LUẬN

72

gắn kết tại vị trớ xỏc định (binding site) [93, 97, 101] trờn mạch ADN. Khoảng cỏch gần (khoảng cỏch lượng tử) được xỏc định bởi giỏ trị rQ, là khoảng cỏch tại đú chương trỡnh sử dụng cỏc tớnh toỏn lượng tử cho một đỏm xỏc định, giỏ trị rQ được thiết đặt trong file input rdat07 (phụ lục). Khoảng cỏch lượng tử

thường được chọn rQ=2Åữ4Å, khoảng cỏch lượng tử chọn quỏ nhỏ sẽ dẫn đến khả năng phối tử khụng tiến được đến đỏm gắn kết, lực lượng tử chưa được gọi thỡ phối tử đó bịđẩy ra xa [21, 44]. Nếu khoảng cỏc lượng tử chọn quỏ lớn sẽ dẫn đến chi phớ thời gian cho tớnh toỏn rất lớn, kết quả tớnh toỏn cũng khụng thay đổi so với việc chọn khoảng cỏch phự hợp.

Cõu hỏi được đặt ra: “Phối tử được đặt ở đõu là phự hợp?”. Khi phối tử được đặt một cỏch ngẫu nhiờn trong hộp mụ phỏng cú thể xảy ra cỏc trường hợp: phối tử quỏ gần hoặc quỏ xa mạch ADN đều dẫn đến khả năng khụng hỡnh thành phức gắn kết. Quan trọng hơn nữa là toàn bộ khụng gian hộp mụ phỏng sẽ khụng được khảo sỏt, cỏc vị trớ hoạt động [45] (active site) trong phõn tử ở quỏ xa phối tử cú thể bị bỏ sút. Khụng thể tỡm hết được cỏc vị trớ hoạt động trong chuỗi ADN [40, 42], nờn khụng thể so sỏnh để tỡm được vị trớ gắn kết tốt nhất. Giải quyết vấn đề này, chỳng tụi đề xuất phương ỏn sử dụng “kỹ thuật lưới”.

Kỹ thuật lưới (grid) là phương phỏp được sử dụng để chia hộp mụ phỏng thành cỏc tế bào (cell) nhỏ. Bằng việc khảo sỏt tất cả cỏc tế bào của hộp mụ phỏng sẽ đảm bảo toàn bộ khụng gian nghiờn cứu được khảo sỏt. Tuy vậy, số lượng cỏc cell càng lớn, thời gian cho quỏ trỡnh tớnh toỏn càng lõu. Hộp mụ phỏng ứng với phõn tử ADN trong nghiờn cứu này được chia thành: 20*20*30=12000 tế bào nhỏ, thời gian sẽ gấp 12000 lần quỏ trỡnh tớnh toỏn trước đõy. Cõu hỏi được đặt ra: “Liệu tất cả cỏc tế bào trong hộp cần phải khảo sỏt?”. Ta nhận thấy, khi tế bào ở quỏ xa phõn tử ADN (≥5Å) hoặc quỏ gần (≤1Å) thỡ quỏ trỡnh gắn kết khụng thể xảy ra được, nờn những tế bào này

KẾT QUẢ NGHIấN CỨU VÀ THẢO LUẬN

73

sẽ bị loại bỏ, khụng được xột đến trong quỏ trỡnh khảo sỏt, như vậy số tế bào

được khảo sỏt khụng phải là quỏ lớn, điều đú rất phự hợp với điều kiện tớnh toỏn hiện nay, chi phớ thời gian tớnh toỏn là khả thi, khụng phải là quỏ lớn.

Dựa vào việc tớnh số lượng tế bào thoả món (khụng quỏ xa, khụng quỏ gần) cần khảo sỏt, ta cú thể ước lượng được thời gian quỏ trỡnh tớnh toỏn, từ đú sắp đặt cho việc tớnh toỏn và nghiờn cứu. Chỳng tụi sử dụng 1 chương trỡnh đểước lượng thời gian tớnh toỏn:

Program Time; uses crt;

var a,b,c,x,y,z,x0,y0,z0:real; {do dai cac canh cua hop nho} i,j,k,dem,dem1: integer;

f1,f2: text; ghi:boolean;

function inout(var x0, y0, z0, x, y, z: real):boolean;

{Toa do nguyen tu va toa do tam cua hinh hop nho, gia tri dua ra la kieu logic}

var s, ss :real; lg:boolean; begin

s:=a*b*c; {The tich hop nho} lg:=true;

If((x+a/2-x0)*(x-a/2-x0)<0)and((y+b/2-y0)*(y-b/2- y0)<0)and((z+c/2-z0)*(z-c/2-z0)<0)then lg:=false; inout:=not lg;

end;

{gia tri ham inout =true <=> diem xet nam ngoai hinh hop duoc xet} Begin

clrscr;

a:=(9.76*2)/round(9.76*2/1.2); b:=(10.198*2)/round(10.198*2/1.2); c:=(17.1325*2)/round(17.1325*2/1.2);

KẾT QUẢ NGHIấN CỨU VÀ THẢO LUẬN

74

dem:=0; dem1:=0;

assign(f2,'outtm.txt'); rewrite(f2);

for i:= round(-9.76/1.2) to (round(9.76/1.2)-1) do

for j:= round(-10.198/1.2) to (round(10.198/1.2)-1) do

for k:= round(-17.1325/1.2) to (round(17.1325/1.2)-1) do begin x:= i*a + a/2; y:= j*b + b/2; z:= k*c + c/2; ghi:=false; assign(f1,'luck.txt'); reset(f1); dem1:=dem1+1;

while not eof(f1) do begin

read(f1, x0, y0, z0);

if inout(x0,y0,z0,x,y,z) then ghi:=true; end;

close(f1);

if not ghi then begin dem:=dem+1; writeln(f2,x:10:5,y:10:5,z:10:5); writeln(x:10:5,y:10:5,z:10:5); end; end; close(f2);

writeln('Hi, da ghi vao file outtm.txt; So hop thoa man: ',dem); writeln('Va so hinh hop duoc xet la: ', dem1);

readln; End.

KẾT QUẢ NGHIấN CỨU VÀ THẢO LUẬN

75

Code của kỹ thuật lưới trong chương trỡnh chớnh được chỉ ra như sau: DO IXGRID = IXGRID1,21

XCENTER = X0 + (IXGRID -1) * DIX DO IYGRID = 1,21

YCENTER = Y0 + (IYGRID -1) * DIY DO 100 IZGRID = 1,31

ZCENTER = Z0 + (IZGRID -1) * DIZ

WRITE(*,*) IXGRID,IYGRID,IZGRID WRITE(NLUONG,*)'*',IXGRID,IYGRID,IZGRID CALL RANQ(QP) ICOUNT=0 DO IS1= 1,NSITS(1) ICOUNT=ICOUNT+1 RXI = R(IS1,1) RYI = R(IS1,2) RZI = R(IS1,3) CALL ROTATEMD(QP,RXI,RYI,RZI) SX(ICOUNT) = RXI+XCENTER SY(ICOUNT) = RYI+YCENTER SZ(ICOUNT) = RZI+ZCENTER END DO! OF IS DR2MIN =1000.0 DO IS1 = 1, NSITS(1) DO IS2 = NSITS(1)+1,NSITS(1)+NSITS(2) DX = SX(IS1) - SX(IS2) DY = SY(IS1) - SY(IS2) DZ = SZ(IS1) - SZ(IS2) DR2 = DX*DX + DY*DY + DZ*DZ IF (DR2.LT.DR2MIN) DR2MIN = DR2 END DO END DO

KẾT QUẢ NGHIấN CỨU VÀ THẢO LUẬN 76 DO IS = 1,NSITS(1) WRITE(NLUONG,'(3F12.5)') SX(IS),SY(IS),SZ(IS) END DO IF (DR2MIN.LT.RMIN2.OR.DR2MIN.GT.RMAX2) GOTO 100 WRITE(IW,*) IXGRID,IYGRID,IZGRID END DO END DO

Sau khi chia hộp mụ phỏng thành cỏc tế bào, lần lượt đặt phối tử vào cỏc tế bào. Việc đặt phối tử phải mang tớnh khỏch quan, nờn chỳng tụi chọn cỏch đặt ngẫu nhiờn. Cú nhiều cỏch đặt ngẫu nhiờn [2], ở đõy chỳng tụi xin trỡnh bày một phương phỏp đặt phối tử ngẫu nhiờn vào một tế bào.

Đặt phối tử vào tế bào

Phõn tử được cấu tạo từ N nguyờn tử, đặt trong toạ độ xyz, nờn mỗi nguyờn tử được coi là 1 điểm, cú toạđộ cụ thể. Tõm của phõn tử (x0, y0, z0) cú thể coi là toạ độ trung bỡnh của cỏc nguyờn tử:

i 0 i 0 i 0 x x n y y n z z n = = = ∑ ∑ ∑ File cấu trỳc của phõn tử cú toạ độ cỏc nguyờn tử xỏc định, ta tịnh tiến phõn tử (toạ độ cỏc nguyờn tử) sao cho tõm phõn tử trựng với tõm tế bào. Lần lượt quay phõn tử quanh 3 trục x, y, z những gúc ngẫu nhiờn α, β, γ (α, β, γ = 00 ữ 3600). Như vậy ta đó hoàn thành việc đặt phõn tử vào 1 tế bào.

Giới thiệu chương trỡnh đặt phối tử CO vào một tế bào mụ phỏng:

Program Fix_CO; uses crt;

label 1,2;

KẾT QUẢ NGHIấN CỨU VÀ THẢO LUẬN 77 xc,yc,zc,xo,yo,zo,l:real; i,j,k,dem,dem1: integer; f1,f2: text; ghi:boolean; ynq,ynqq:char;

function inhop(var x0, y0, z0, x, y, z: real):boolean; begin lg:=false; If ((x+a/2-x0)*(x-a/2-x0)<0)and((y+b/2-y0)*(y-b/2- y0)<0)and((z+c/2-z0)*(z-c/2-z0)<0)then lg:=true; inhop:=lg; end;

Procedure ngaunhien(var x,y,z:real);

var kk,vx,vy,vz,huong:real;{vector chi huong cua nguyen tu CO} begin vx:=random; vy:=random; vz:=random; huong:=random; kk:=sqrt(l*l/(vx*vx+vy*vy+vz*vz)); if huong <0.5 then kk:=-kk; xc:=x+kk/2; xo:=x-kk/2; yc:=y+kk/2; yo:=y-kk/2; zc:=z+kk/2; zo:=z-kk/2; end; Begin clrscr; randomize;

write('Ban co muon tim toa do ngau nhien cua 2 nguyen tu C, O (c/k?) ');

KẾT QUẢ NGHIấN CỨU VÀ THẢO LUẬN

78

If (ynq = 'k')or(ynq='K') then goto 1;

write('Nhap vao khoang cach lien ket C-O, khoang 1,2A, l= '); readln(l);

assign(f2,'outtm.txt'); reset(f2);

while not eof(f2) do begin

read(f2,x,y,z); ngaunhien(x,y,z);

writeln('Hinh hop co toa do tam'); writeln(x:10:5,y:10:5,z:10:5);

writeln('Co the xep nguyen tu CO voi toa do');

write('xC = ',xc:10:5, 'yC = ',yc:10:5, 'zC = ',zc:10:5);

writeln;

write('xO = ',xo:10:5, 'yO = ',yo:10:5, 'zO = ',zo:10:5);

writeln;

write('Ban muon xem nua khong'); ynqq:=readkey;

If (ynqq='k')or(ynqq='K') then goto 2; end;

2: close(f2); 1: readln; End.

3.1.2. Nguyờn tử hiđrụ thay thế (Cascadeur)

Chuỗi ADN trong nghiờn cứu cú cấu tạo từ cỏc bazơ nitơ nối với cỏc axit nucleic, cỏc axit nucleic nối với nhau thụng qua cỏc gốc PO4, axit nucleic và gốc PO4 kộm hoạt động về mặt hoạt động hoỏ học, đặc biệt là chỳng bị che chắn (hiệu ứng khụng gian), nờn khả năng gắn kết của cỏc phối tử chỉ tập trung vào cỏc bazơ nitơ. Cỏc bazơ nitơ được chọn là cỏc đỏm hoạt động

KẾT QUẢ NGHIấN CỨU VÀ THẢO LUẬN

79

(cluster), khi lực lượng tử được gọi, đỏm hoạt động được tỏch riờng để tớnh tương tỏc lượng tử trong đỏm. Vị trớ, thứ tự và số lượng nguyờn tử của một

đỏm hoạt động phải được chọn từ trước, được thiết đặt trong file input rdat07. Một bazơ nitơ bất kỳ đều nối với mạch ADN bởi nguyờn tử C (thuộc axit nucleic), khi bazơ nitơ đú được cắt ra, nguyờn tử C này sẽ thiếu hoỏ trị, điều này dẫn đến việc khi thực hiện quỏ trỡnh hồi phục đều dẫn đến 1 kết quả phối tử gắn kết vào nguyờn tử C này. Điều này hoàn toàn phự hợp với lý thuyết, vỡ nguyờn tử C đú thiếu hoỏ trị, sẽ rất hoạt động nờn nú trở thành 1 vị trớ hoạt

động rất mạnh. Nhưng điều này khụng phự hợp với bài toỏn thực tế, nguyờn tử C trong mạch ADN là đủ hoỏ trị, hơn nữa chỳng bị hiệu ứng khụng gian che chắn, khả năng gắn kết là rất kộm. Để giải quyết vấn đề này, chỳng tụi

đưa ra kỹ thuật “nguyờn tử H thay thế”. Để khắc phục việc nguyờn tử C thiếu hoỏ trị, khi cắt bazơ nitơ ra đỏm riờng trong tớnh toỏn lượng tử, nguyờn tử C

được thay bằng nguyờn tử H, toạ độ nguyờn tử H (thay thế) này trựng với toạ độ nguyờn tử C (thiếu hoỏ trị). Để đỏnh dấu “đõu là nguyờn tử C cần thay thế?” [51], chỳng ta thiết đặt nú trong file input rdat07.

Code của thuật toỏn “nguyờn tử H thay thế” được thờm vào chương trỡnh chớnh cú dạng sau:

WRITE(*,*) ' WOULD YOU LIKE TO USE CASCADEUR (Y,N)?'

READ(*,*) OK

LCASCADEUR = .FALSE.

IF (OK.EQ.'Y'.OR.OK.EQ.'y') LCASCADEUR=.TRUE.

READ(1,*) NUMGROUP

DO I=1,NUMGROUP

READ(1,*) NGROUPP(I), IGROUPB(I)

IF (LCASCADEUR) READ(1,*) IGROUPC(I)

KẾT QUẢ NGHIấN CỨU VÀ THẢO LUẬN

80

3.1.3. Gắn kết trờn phõn tử protein và những điểm khỏc với nghiờn cứu trờn phõn tử ADN

Giống như với ADN, phõn tử protein được đặt trong hộp mụ phỏng, để khảo sỏt toàn bộ khụng gian chứa phõn tử, chỳng tụi vẫn sử dụng kỹ

thuật lưới. Tuy nhiờn, kớch thước phõn tử protein lớn hơn rất nhiều [53] so với chuỗi ADN đó nghiờn cứu, nờn số lượng tế bào cũng tăng lờn. Kớch thước hộp: x = -23,00 ữ 23,00; y = -20,00 ữ 20,00; z = -26,00 ữ 26,00 Hỡnh 3.2.hộp mụ phỏng Phõn tử protein trong

Trong phõn tử protein, đỏm hoạt động chớnh là cỏc đơn vị amino axit, cỏc đơn vị này nằm ngay trờn mạch của phõn tử protein, nờn việc khảo sỏt sự

gắn kết cú một số sự thay đổi cho phự hợp. Việc chọn một đỏm gắn kết tuỳ

thuộc vào mục đớch của nghiờn cứu. Khi khảo sỏt sự ảnh hưởng của kớch thước, độ bội, sử dụng nguyờn tử H thay thế trong một đỏm hoặc cỏc đỏm khỏc nhau đến khả năng gắn kết, ta cần lựa chọn vị trớ cắt khỏc nhau trong phõn tử protein [52].

Để đỏnh giỏ mức độ bền vững của đỏm hỡnh thành theo tiờu chuẩn nhiệt

động học, chỳng tụi tớnh thờm giỏ trị năng lượng hỡnh thành đỏm (ΔE):

L A L J C

E E E E E − E (*)

Δ = − − + +

Trong đú: E là năng lượng của đỏm

EL là năng lượng của phối tửđộc lập (Ligand) EA là năng lượng của amino axit độc lập

KẾT QUẢ NGHIấN CỨU VÀ THẢO LUẬN

81

EL-J là năng lượng tương tỏc tớnh theo tương tỏc Lennard-Jones EC là năng lượng tương tỏc tớnh theo tương tỏc Coulomb

Tuy nhiờn, phõn tử protein cú cấu trỳc phức tạp, trong phõn tử tồn tại những “tỳi” (pocket) cú thể “bẫy” (trap) phối tử vào trong tỳi [32], trong những trường hợp này, giỏ trị năng lượng hỡnh thành đỏm (ΔE) khụng phải nhỏ nhất, thậm chớ giỏ trịđú cũn mang dấu dương. Tuỳ thuộc vào sự phự hợp của kớch thước tỳi với kớch thước của phối tử mà đỏm kiểu này được hỡnh thành [86, 89]. Những đỏm này được xỏc định dựa theo xỏc suất hỡnh thành

đỏm trong quỏ trỡnh hồi phục [30, 39].

Trong quỏ trỡnh tớnh toỏn, phõn tử protein được coi là cấu trỳc “cứng” (rigid) [60], cỏc nguyờn tử của phõn tử protein được giữ cố định (toạ độ cố định), phõn tử phối tử được coi là mềm (toạ độ cỏc nguyờn tử thay đổi theo lực tương tỏc trong quỏ trỡnh hồi phục). Điều đú chưa hợp lý, nờn chỳng tụi sử

dụng cấu trỳc “bỏn cố định”: toạ độ cỏc nguyờn tử khỏc H được giữ cố định, toạ độ cỏc nguyờn tử H của phõn tử protein được hiệu chỉnh và tớnh lại trong mỗi bước hồi phục. Cấu trỳc đỏm và cỏc giỏ trị năng lượng tớnh được trong hai trường hợp này được đem ra so sỏnh để cú cấu trỳc đỏm hợp lý.

Để khảo sỏt vai trũ của lực lượng tử trong quỏ trỡnh hồi phục: chỳng ta xem xột sự thay đổi của năng lượng lượng tử và sự thay đổi của cỏc giỏ trị

năng lượng tương tỏc cơ học được biểu diễn phụ thuộc theo cỏc bước hồi phục sẽ cho bức tranh rừ ràng hơn.

3.1.4. Xử lý số liệu và biểu diễn cỏc phõn tử

File ouput “energy” chứa đựng kết quả quỏ trỡnh hồi phục, do vậy việc xử lý cỏc giỏ trị năng lượng của quỏ trỡnh tớnh toỏn gặp khú khăn. Để xếp riờng cỏc giỏ trị năng lượng, khoảng cỏch rmin, độ dài liờn kết (trong phối tử) ra một file riờng, sau đú chia cỏc giỏ đú ra thành cỏc file nhỏ cho từng đỏm gắn kết, chỳng tụi sử dụng chương trỡnh xử lý sau:

KẾT QUẢ NGHIấN CỨU VÀ THẢO LUẬN 82 Program DivideE; uses crt; label 1,2,3; var ch: char; lg:boolean; ten,st,ss:string; f1,f2:text; n,i,l,j:integer; a:array[1..1000]of string[6]; Begin clrscr;

writeln(' HUONG DAN SU DUNG'); writeln(' **** & ****'); Writeln;

writeln('Ban doi ten file energy thanh e.txt');

writeln('Copy file do vao thu muc chua file proout.exe');

writeln('De trong 1 thu muc rieng biet, vi co rat nhieu file out');

writeln('Chuc ban thanh cong');

writeln('Xin hay kiem tra trong thu muc nay co file E.txt, roi Enter'); readln; assign(f1,'e.txt'); reset(f1); assign(f2,'total.txt'); rewrite(f2);

while not eof(f1) do begin

readln(f1,st);

Một phần của tài liệu Ứng dụng phương pháp mô phỏng động lực phân tử nghiên cứu tương tác giữa phối tử với Protein và ADN153824 (Trang 79)

Tải bản đầy đủ (PDF)

(179 trang)