Để nghiờn cứu ảnh hưởng của gốc hữu cơ đến quỏ trỡnh gắn kết, chỳng tụi chọn phối tử CH3OH, bằng việc thay thế nguyờn tử H trong nước (HOH) bằng nhúm metyl (-CH3). Tiến hành khảo sỏt tương tự cỏc phối tử khỏc, xột cấu trỳc đỏm được hỡnh thành khi CH3OH gắn kết lờn cỏc bazơ nitơ trờn ADN tức là khi năng lượng hệ giảm dần, đạt đến giỏ trị khụng đổi, liờn kết RO-H dần
đến giỏ trị ổn định (trạng thỏi “CH3OH- ADN” đạt đến cõn bằng). Tiến hành quột trong toàn bộ khụng gian hộp mụ phỏng chứa phõn tử ADN, thu được cỏc cấu trỳc đỏm được hỡnh thành khi phõn tử CH3OH gắn kết lờn ADN (hỡnh 3.12.).
(a) (b) (c)
(d) (e) (f)
KẾT QUẢ NGHIấN CỨU VÀ THẢO LUẬN
111
(i) (j)
Hỡnh 3.12. Cấu trỳc cỏc đỏm CH3OH gắn kết lờn cỏc bazơ nitơ trong ADN
(a), (b), (c) ứng với nhúm A(1), A(2), A(3)
(d), (e) ứng với nhúm C(1), C(2)
(f), (g), (h) ứng với nhúm G(1), G(2), G(3)
(i), (j) ứng với nhúm T(1), T(2)
Bảng 3.8. Độ dài liờn kết hiđrụ khi CH3OH gắn kết lờn cỏc nhúm bazơ nitơ
Bazơ Nitơ Liờn kết Độ dài (Å)
C(1) H -OC1 CH OH3 1.99407
T(1) H -OA2 CH OH3 2.17300
Nhận thấy, khi thay thế nhúm -CH3 vào nguyờn tử H trong phối tử
nước, độ phõn cực giảm, kớch thước phõn tử tăng rừ rệt. Khả năng gắn kết giảm hẳn, trong cỏc cấu trỳc đỏm chỉ cú 2 đỏm hỡnh thành cú tạo liờn kết hiđrụ (C(1) và T(1)). Độ dài liờn kết hiđrụ trong cỏc đỏm được chỉ ra trong bảng 3.8.
Nhận xột
Khảo sỏt sự gắn kết của CH3OH lờn cỏc bazơ nitơ trờn ADN, đồng thời xem xột vai trũ của kớch thước phối tử nhỏ, độ phõn cực của phối tử, ảnh hưởng của nhúm hữu cơ -CH3 đến khả năng gắn kết lờn phõn tử ADN, chỳng tụi thu được cỏc kết quả và cỏc nhận xột:
• CH3OH gắn kết lờn ADN chịu ảnh hưởng nhiều của yếu tố khụng gian, vỡ kớch thước phõn tử CH3OH khỏ lớn. Khi CH3OH gắn kết lờn ADN thỡ chỉ tập trung vào những vị trớ thuận lợi, khụng bị ỏn ngữ khụng gian.
KẾT QUẢ NGHIấN CỨU VÀ THẢO LUẬN 112 • Phõn tử CH3OH cú khả năng gắn kết kộm với cỏc nhúm bazơ nitơ. Do độ phõn cực giảm, yếu tố hữu cơ (CH3) tăng, khả năng tạo liờn kết hiđrụ kộm. • Xỏc định được cấu trỳc, sự định hướng của CH3OH lờn nhúm gắn kết (phương phỏp nhiễu xạ tia X khụng thực hiện được), tớnh được độ dài liờn kết hiđrụ trong nhúm.
• Quỏ trỡnh gắn kết tạo nờn một trạng thỏi cõn bằng “CH3OH-ADN”. Độ
dài liờn kết RO-H trong phối tử nước đạt giỏ trịổn định (thay đổi rất ớt so với liờn kết H-O trong phõn tử CH3OH ở trạng thỏi tự do).
• Hiệu ứng khụng gian thể hiện khỏ rừ với phối tử CH3OH, với cỏc bazơ
nitơ cú kớch thước nhỏ (Thymine và Cytosine) khả năng gắn kết cao hơn, ngược lại với cỏc bazơ cú kớch thước lớn (Adenine và Guanine) khả năng gắn kết kộm, khụng tạo được liờn kết Hiđrụ trong đỏm hỡnh thành.
3.2.5. Gắn kết của phõn tử cú kớch thước cồng kềnh [109, 65]
Để nghiờn cứu ảnh hưởng của kớch thước phối tử đến quỏ trỡnh gắn kết, chỳng tụi đó chọn phối tử benzylamin để nghiờn cứu. Kớch thước của benzylamin (17 nguyờn tử)gần bằng kớch thước của cỏc bazơ nitơ trong chuỗi ADN. Bờn cạnh đú, benzylamin cũn được sử dụng làm chất ức chế, nờn việc khảo sỏt quỏ trỡnh gắn kết và cấu trỳc đỏm được hỡnh thành của benzylamin cú nhiều ý nghĩa thực tiễn. Tiến hành khảo sỏt tương tự cỏc phối tử khỏc, xột cấu trỳc đỏm được hỡnh thành khi benzylamin gắn kết lờn cỏc bazơ nitơ trờn ADN tức là khi năng lượng hệ giảm dần, đạt đến giỏ trị khụng đổi, liờn kết RN-H dần đến giỏ trị ổn định (trạng thỏi “benzylamin- ADN” đạt đến cõn bằng). Tiến hành quột trong toàn bộ khụng gian hộp mụ phỏng chứa phõn tử
ADN, thu được cỏc cấu trỳc đỏm được hỡnh thành khi phõn tử benzylamin gắn kết lờn ADN (hỡnh 3.13.).
KẾT QUẢ NGHIấN CỨU VÀ THẢO LUẬN 113 (a) (b) (c) (d) (e) (f) (g) (h) (i) (j) Hỡnh 3.13. Cấu trỳc cỏc đỏm C6H5CH2NH2 (benzylamin) gắn kết lờn cỏc bazơ nitơ trong ADN
(a), (b), (c) ứng với nhúm A(1), A(2), A(3)
(d), (e) ứng với nhúm C(1), C(2)
(f), (g), (h) ứng với nhúm G(1), G(2), G(3)
(i), (j) ứng với nhúm T(1), T(2)
Mặc dự cú nhúm -NH2 liờn kết trực tiếp với nguyờn tử cacbon no, là nhúm cú mật độ electron lớn, khả năng tạo liờn kết hiđrụ tốt, nhưng vỡ kớch
KẾT QUẢ NGHIấN CỨU VÀ THẢO LUẬN
114
thước phõn tử benzylamin rất lớn, yếu tố hữu cơ lấn ỏt, độ phõn cực của phõn tử rất thấp, nờn gần như khụng tạo liờn kết hiđrụ với cỏc bazơ nitơ trong cỏc
đỏm gắn kết. Khi phõn tử benzylamin tiếp cận một nhúm bazơ nitơ, nú bị cản trở bởi cỏc nhúm CH3 hoặc cỏc nguyờn tử H, khụng thể tiến sõu vào trong mạch phõn tử ADN và khụng tạo liờn kết hiđrụ, chỉ gắn kết bằng lực Van der Waals thụng thường. Khoảng cỏch benzylamin đến cỏc bazơ nitơ của ADN
được trỡnh bày trong bảng 3.9.
Bảng 3.9. Khoảng cỏch của C6H5CH2NH2 đến nguyờn tử gần nhất trong của nhúm bazơ nitơ trong đỏm hỡnh thành sau gắn kết
Bazơ Nitơ Khoảng cỏch Độ dài (Å) A(1) H - HA1 Benzylamin 2.43003 A(2) H - NA2 Benzylamin 2.54031 A(3) H - HA3 Benzylamin 2.49781 C(1) H - HC1 Benzylamin 2.49943 C(2) H - HC2 Benzylamin 2.49948 G(1) H - HG1 Benzylamin 2.49956 G(2) H - HG2 Benzylamin 2.49774 G(3) H - HG3 Benzylamin 2.35107 T(1) O - HT1 Benzylamin 2.28325 T(2) H - HT2 Benzylamin 2.45158 Nhận xột
Khảo sỏt sự gắn kết của C6H5CH2NH2 lờn cỏc bazơ nitơ trờn ADN,
đồng thời xem xột vai trũ của phối tử cú kớch thước lớn ảnh hưởng đến khả
năng gắn kết lờn phõn tử ADN, chỳng tụi thu được cỏc kết quả và nhận xột:
• C6H5CH2NH2 gắn kết lờn ADN chịu ảnh hưởng nhiều của yếu tố khụng gian, vỡ kớch thước phõn tử C6H5CH2NH2 lớn. Khi C6H5CH2NH2 gắn kết lờn cỏc bazơ nitơ của ADN thỡ chỉ cú thể tiếp cận từ phớa ngoài mạch ADN, tập trung vào những vị trớ thuận lợi, khụng bị ỏn ngữ khụng gian.
KẾT QUẢ NGHIấN CỨU VÀ THẢO LUẬN 115 • Phối tử C6H5CH2NH2 cú khả năng gắn kết rất kộm với cỏc nhúm bazơ nitơ. Do độ phõn cực giảm, yếu tố hữu cơ (C6H5CH2) lớn, kớch thước phõn tử quỏ lớn. • Xỏc định được cấu trỳc, sựđịnh hướng của C6H5CH2NH2 lờn nhúm gắn kết (phương phỏp nhiễu xạ tia X khụng thực hiện được).
• Quỏ trỡnh gắn kết tạo nờn một trạng thỏi cõn bằng “C6H5CH2NH2 - ADN”. Liờn kết RN-H của phối tử benzylamin đạt ổn định (thay đổi rất ớt so với liờn kết N-H trong phõn tử C6H5CH2NH2ở trạng thỏi tự do).
3.3. KẾT QUẢ Mễ PHỎNG GẮN KẾT CÁC PHÂN TỬ NHỎ TRấN PHÂN TỬ PROTEIN PHÂN TỬ PROTEIN
Phõn tử protein 3ptb gồm tổng cộng gồm 3220 nguyờn tử tạo nờn từ
222 amino axit nối với nhau thụng qua cỏc liờn kết peptide (C-N). Cú hơn 20 loại amino axit làm đơn vị cấu tạo nờn protein [64]. Để thuận tiện cho việc trỡnh bày, trong luận ỏn dựng ký hiệu cỏc amino axit và số thứ tự của cỏc amino axit đú trong chuỗi 3ptb để chỉ một mắt xớch của chuỗi. Vớ dụ: amino axit Alanine cú số thứ tự 151 được ký hiệu Ala(151). Quỏ trỡnh khảo sỏt sự
gắn kết của cỏc phối tử trờn protein cũng tương tự trờn ADN (cựng thuật toỏn), mục đớch ởđõy là tỡm vị trớ trờn phõn tử protein cú khả năng tạo gắn kết tốt nhất [68], thước đo của cụng việc này là sử dụng biểu thức (*) để tớnh năng lượng tạo đỏm, và sử dụng khỏi niệm “xỏc suất gắn kết” lờn một nhúm amino axit (số lần phối tử gắn lờn một vị trớ trờn phõn tử protein).
3.3.1. Axit axetic gắn kết trờn protein
Cỏc khảo sỏt tương tự với việc khảo sỏt sự gắn kết của phối tử trờn ADN. Bằng việc quột toàn bộ khụng gian chứa phõn tử protein (hộp mụ phỏng), thu được cấu trỳc đỏm của tất cả cỏc đỏm hỡnh thành [61], đồng thời năng lượng hỡnh thành đỏm theo biểu thức (*) được tớnh và chỉ ra trờn bảng 3.10. Quỏ trỡnh hồi phục bắt đầu bằng cỏc bước tớnh lực MM [35], tại khoảng
KẾT QUẢ NGHIấN CỨU VÀ THẢO LUẬN
116
cỏch nhỏ nhất giữa cỏc nguyờn tử trong phối tử và cỏc nguyờn tử trong protein (2,5ữ3,0Å), tương tỏc nội phõn tử của cỏc nguyờn tử trong phối tử và tương tỏc giữa phối tử với protein được tớnh gần đỳng theo lực MM. Trong đa số cỏc trường hợp, lực cơ học cổ điển (MM) sẽ đưa phối tử vào vựng lượng tử đối với cỏc nguyờn tử của protein (Khoảng cỏch phối tử và protein nhỏ hơn hoặc bằng rQ là khoảng cỏch được chọn để bắt đầu tớnh lượng tử [27, 28]). Tuy nhiờn, do yếu tố ỏn ngữ khụng gian, phối tử cú thể khụng tiến được đến vựng lượng tử.
Bảng 3.10. Năng lượng tổng cộng (E),
Năng lượng tạo phức (ΔE),độ dài liờn kết O-H,
Khoảng cỏch nguyờn tử gần nhất giữa phối tử và protein (rmin)
AA Thtựứ E ΔE RO-H rmin AA Thtựứ E ΔE rO-H rmin
(Ala) 151 -65.0524 -0.01393 0.9555 2.2061 (Ser) 70 -75.8377 -0.00347 0.9601 2.0966 (Ser) 194 -75.4444 -0.01314 0.9601 2.1371 (Gly) 193 -59.516 -0.00308 0.9624 1.7366 (Gly) 174 -59.5529 -0.01174 0.9557 2.0327 (Ser) 183 -75.8316 -0.00308 0.9601 2.0845 (Trp) 192 -108.544 -0.00958 0.855 2.4942 (His) 40 -90.7819 -0.00303 1.007 2.3979 (Ser) 44 -75.3991 -0.00877 1.0665 2.0016 (Asn) 210 -86.6969 -0.00282 0.9601 2.1869 (Gly) 4 -59.1478 -0.00871 0.9908 1.5679 (Tyr) 5 -104.131 -0.00278 0.9601 2.2547 (Ile) 46 -81.5516 -0.0084 0.9601 2.4177 (Val) 58 -75.9033 -0.00274 0.9623 2.3893 (Asn) 97 -86.6592 -0.00718 0.9601 2.1686 (Asn) 31 -86.4239 -0.00274 0.9601 2.2816 (Asn) 83 -86.5133 -0.00709 0.9577 2.0191 (Ser) 127 -75.3521 -0.00272 0.9601 2.0865 (Asn) 222 -97.48 -0.00706 0.9601 2.4993 (Thr) 11 -81.0999 -0.00271 0.9601 2.4565 (Phe) 64 -93.326 -0.00681 0.9601 2.114 (Thr) 157 -81.272 -0.00269 1.0118 2.4785 (Gly) 184 -59.1706 -0.00665 0.9601 2.2912 (Tyr) 131 -104.207 -0.00262 0.9601 2.0235 (Ser) 75 -75.8254 -0.0061 0.98 2.4186 (Gln) 173 -92.0685 -0.00251 0.9601 2.0107 (Ser) 78 -75.5663 -0.00609 0.9692 2.0768 (Gln) 115 -92.2224 -0.00249 0.9601 2.4607 (Asn) 61 -86.7233 -0.00575 0.9601 2.4639 (Ser) 20 -75.5807 -0.00237 0.9693 1.9845 (Phe) 24 -93.4227 -0.00569 0.9601 2.2779 (Tyr) 76 -103.728 -0.00223 1.0218 2.0239 (Gly) 21 -59.5726 -0.00568 0.9601 2.4924 (Gly) 128 -59.5722 -0.00214 0.9601 2.3018 (Pro) 153 -74.4764 -0.00565 1.1111 2.0026 (Asn) 82 -86.6753 -0.00206 0.9529 2.0499 (Gly) 113 -59.4251 -0.00561 0.9734 2.4965 (Asn) 77 -86.6867 -0.00205 0.9734 2.2592 (Thr) 124 -81.3251 -0.0056 0.9601 2.1462 (Ser) 95 -75.6242 -0.00198 0.9814 2.382 (Gly) 60 -59.2672 -0.00548 0.9601 2.3991 (Tyr) 165 -103.608 -0.00198 0.9679 2.0186 (Ala) 9 -64.4868 -0.00532 0.9652 2.2909 (Aln) 112 -64.9954 -0.00189 0.9601 2.0392 (Val) 190 -76.0475 -0.00526 0.9661 2.2927 (Tyr) 42 -104.205 -0.00189 0.9601 2.2782
KẾT QUẢ NGHIấN CỨU VÀ THẢO LUẬN 117 (Gly) 154 -59.5133 -0.00498 0.9653 2.3342 (Ser) 102 -75.7441 -0.00181 1.0309 2.2338 (Val) 181 -76.0242 -0.00495 0.9966 2.481 (Leu) 81 -81.5498 -0.00174 0.9601 2.0208 (Leu) 96 -81.034 -0.00492 0.9601 2.3133 (His) 23 -91.1403 -0.00135 0.9601 2.0556 (Ser) 144 -75.6161 -0.00454 0.9601 2.0764 (Thr) 80 -81.2256 -0.0013 1.0004 2.4329 (Ala) 67 -64.4095 -0.00453 1.1127 1.8094 (Ile) 65 -81.5472 -0.00109 0.9916 2.2058 (Asn) 159 -86.6486 -0.00446 0.9601 2.0167 (Asn) 200 -86.2191 -0.00098 1.0362 2.1941 (Ser) 158 -75.5167 -0.00431 0.9587 1.76 (Asp) 145 -90.4102 -0.00085 0.9601 2.4204 (Tyr) 22 -104.191 -0.00428 0.9601 2.3643 (Ile) 71 -81.5265 -0.00081 0.9852 2.3105 (Ser) 104 -75.8353 -0.00416 0.9601 2.2103 (Gly) 3 -59.5723 -0.00074 0.9601 2.3446 (Ala) 110 -65.08 -0.00411 0.9601 2.3522 (Pro) 13 -74.6487 -0.00074 0.9601 2.1719 (Pro) 74 -74.8978 -0.00399 0.9721 1.8765 (Gln) 47 -92.1954 -0.00074 0.9601 2.1912 (Pro) 141 -74.7557 -0.00381 1.0752 2.0381 (Thr) 114 -81.3248 -0.00069 0.9601 2.358 (Ser) 146 -75.1344 -0.00356 1.133 2.1441 (Aln) 94 -65.0441 -0.00062 0.9835 2.0873 (Leu) 143 -80.9674 -0.00355 0.9988 2.4912 (Leu) 105 -81.148 -0.00059 1.0331 2.4402 (Ile) 219 -81.4893 -0.00353 0.9601 2.0549 (Val) 212 -76.0281 -0.00042 0.9896 2.1397 (Ser) 171 -75.5799 -0.00352 1.1111 2.41 (Asn) 79 -86.5235 -0.00031 1.0275 2.4796 (Gln) 63 -92.1867 -0.0035 0.9601 2.2641 (Lys) 216 -88.621 -0.0003 0.9601 2.1093 (Ala) 93 -64.693 -0.00349 0.9828 2.1571 (Thr) 107 -81.047 -0.00017 1.0024 2.479
Trong bảng 3.10, chỉ ra cỏc giỏ trị biến thiờn năng lượng (ΔE<0), được xếp theo thứ tự tăng dần. Biến thiờn năng lượng tạo phức cú giỏ trị trong khoảng -0,00017a.u. ữ -0,01393a.u. Phức được tạo ra bền nhất theo tiờu chuẩn nhiệt động học [47] là phức cú biến thiờn năng lượng tạo phức nhỏ nhất (ΔEmin). Theo thước đo đú, giỏ trị biến thiờn năng lượng tạo phức bộ nhất khi axit axetic gắn kết lờn Ala(151) của protein, tiếp theo là axit axờtic gắn lờn Ser(194) cú giỏ trị ΔE thấp hơn hẳn cỏc phức khỏc. Cấu trỳc đỏm tạo thành khi axit axetic gắn kết lờn Ala(151) và Ser(194) được chỉ ra trờn hỡnh 3.14.
(a) (b)
Hỡnh 3.14.Cấu trỳc đỏm khi axit axờtic gắn kết lờn Ala(151) -a, và Ser(194) -b
KẾT QUẢ NGHIấN CỨU VÀ THẢO LUẬN
118
Cấu trỳc đỏm được hỡnh thành (hỡnh 3.14) đều do cỏc tương tỏc thụng thường Van der Walls và Coulomb, khụng xuất hiện tương tỏc bằng liờn kết hiđrụ như cỏc nghiờn cứu về sự gắn kết phối tử lờn ADN. Trong đỏm hỡnh thành của axit axờtic và Ser(194), trờn hỡnh 3.14.b, nguyờn tử H trong đơn vị
axit amin Ser(194) bị tỏch ra, độ dài liờn kết O-H bị kộo dài hơn, chứng tỏ đỏm hỡnh thành cú ảnh hưởng đến cấu trỳc của phõn tử protein.
Cấu trỳc khụng gian phõn tử protein rất phức tạp, chỳng khụng cú sự
tuần hoàn, khụng cú quy luật chung và khụng giống với mụ hỡnh phõn tử
ADN đó nghiờn cứu. Theo cỏc tớnh toỏn, cú một số trường hợp biến thiờn năng lượng tạo đỏm dương, nhưng đỏm vẫn được hỡnh thành. Hoặc những
đỏm cú khả năng hỡnh thành cao hơn, khả năng hỡnh thành đỏm dễ dàng hơn, xỏc suất hỡnh thành đỏm lớn hơn rất nhiều những đỏm cũn lại, nhưng lại khụng cho giỏ trịΔE cực tiểu (Phe(64) và Ser(158)), cấu trỳc của chỳng được chỉ ra trờn hỡnh 3.13. Điều này cú thể giải thớch, trong cấu trỳc protein tồn tại những “tỳi” (pocket), tuỳ thuộc vào kớch thước của tỳi và kớch thước của phối tử, đỏm được hỡnh thành nhờ những lực hấp dẫn yếu (darling interaction) mà khụng phải liờn kết cộng hoỏ trị nhưng cú thể tớnh toỏn được bằng cỏc gần
đỳng cơ học lượng tử.
(a)
Hỡnh 3.15.Cấu trỳc đỏm khi axit axetic gắn kết lờn: Ser(158) -a, và Phe(64) -b
Trong cỏc tớnh toỏn, khi SCF khụng hội tụ, chương trỡnh tự động gọi phần tớnh lực (MM) để tiếp tục quỏ trỡnh hồi phục. Trong hầu hết cỏc trường
KẾT QUẢ NGHIấN CỨU VÀ THẢO LUẬN
119
hợp, quỏ trỡnh hồi phục tớnh bằng MM sẽ đưa phối tử tiến lại gần phõn tử
protein hơn, nhưng đồng thời lại làm độ dài liờn kết O-H trong phối tử axit axờtic tăng. Khi đú năng lượng tổng cộng của hệ “Axit axetic-protein” sẽ
tăng, dẫn đến những trạng thỏi khụng bền nhiệt động học. Chỉ khi quỏ trỡnh hồi phục sử dụng lực lượng tử, phõn tử axit axờtic mới cú thể tiến lại gần vị trớ gắn kết (binding site) để tạo đỏm, đồng thời độ dài liờn kết O-H trong axit axetic dao động xung quanh giỏ trị cõn bằng, tạo nờn trạng thỏi bền vững nhiệt động học của phức “Axit axetic-protein”. Mọi đỏm hỡnh thành đều cú sự
phụ thuộc năng lượng của hệ, độ dài liờn kết O-H (trong phối tử CH3COOH), khoảng cỏch từ phối tử đến phõn tử protein theo số bước hồi phục tương tự
hỡnh 3.16. (Hỡnh minh họa khi axit axetic gắn kết lờn đơn vị Ser(158) của protein). -75.9 -75.75 -75.6 -75.45 -75.3 -75.15 -75 1 11 21 31 41 51 0.88 0.92 0.96 1 1.04 1.08 1.12 1 11 21 31 41 51 0 0.5 1 1.5 2 2.5 3 1 11 21 31 41 51 (a) (b) (c)
Hỡnh 3.16. Biến thiờn năng lượng theo số bước hồi phục (a)
Biến thiờn độ dài liờn kết O-H của axit axetic theo số bước hồi phục (b)
Biến thiờn rmin, từ axit axetic đến protein theo bước hồi phục (c)
Dễ dàng nhận thấy, khi đỏm được hỡnh thành, năng lượng của đỏm gần như khụng đổi (hỡnh 3.16a) đồng thời độ dài liờn kết O-H (hỡnh 3.16b), khoảng cỏch nguyờn tử cực tiểu từ axit axờtic đến protein rmin (hỡnh 3.16c) dao
động quanh một giỏ trị cõn bằng xỏc định.
Nhận xột:
Mở rộng khụng gian nghiờn cứu đối với hệ phức tạp protein, nghiờn cứu sự gắn kết của axit axetic lờn protein, chỳng tụi thu được cỏc kết quả:
E(a.u) bước hồi phục rmin(Å) bước hồi phục bước hồi phục rO-H(Å)
KẾT QUẢ NGHIấN CỨU VÀ THẢO LUẬN
120
• Khả năng gắn kết của axit axetic trờn protein khụng cao, sự gắn kết là thụng thường, theo tương tỏc Couloub và Van der Waals, khụng hỡnh thành liờn kết hiđrụ.
• Xỏc định được cấu trỳc của đỏm khi axit axetic gắn kết lờn protein.
• Tỡm được vị trớ gắn kết trờn phõn tử protein của phối tử axit axetic, vị
trớ gắn kết tốt nhất khụng phải vị trớ cú biến thiờn năng lượng hỡnh thành đỏm thấp nhất.
3.3.2. Hyđrazin gắn kết trờn protein
Chuyển sang với phối tử mang tớnh bazơ, hyđrazin, với cỏch khảo sỏt tương tự, ta thu được bảng giỏ trị biến thiờn năng lượng tạo phức trong cỏc tớnh toỏn hồi phục khi hydrazin gắn kết lờn protein 3ptb cú giỏ trị nhỏ hơn - 0,00142 a.u. (bảng 3.11) (Chuyển động nhiệt của cỏc phõn tử là
3
RT 0.00142a.u. 2
− − xột tại nhiệt độ phũng).
Bảng 3.11. Năng lượng tổng cộng (E),
Năng lượng tạo phức (ΔE),độ dài liờn kết N-H,
Khoảng cỏch nguyờn tử gần nhất giữa phối tử và protein (rmin)
aa Tt E ΔE rN-H rmin AA Tt E ΔE rN-H rmin (Ser) 176 -57.391 -0.00760 1.0104 2.2313 (Ile) 219 -62.9867 -0.00289 1.0104 2.0271 (Asn) 210 -68.2705 -0.00693 1.0104 2.0273 (Pro) 74 -56.5035 -0.00287 1.0289 2.4866 (Trp) 192 -89.7676 -0.00693 1.1662 1.7171 (Asp) 145 -71.9744 -0.00282 1.0222 2.2186 (Pro) 13 -56.3441 -0.00592 1.0104 2.0436 (Ser) 66 -57.39 -0.00278 1.0104 2.1335 (Ser) 213 -57.0782 -0.00577 1.0191 2.259 (Ala) 9 -46.2951 -0.00272 1.1002 1.3424 (Tyr) 131 -85.7614 -0.00576 1.0284 2.1038 (Gly) 3 -40.9606 -0.00262 1.0526 2.486 (Thr) 124 -62.8051 -0.0056 1.0593 2.1174 (Pro) 141 -56.4964 -0.00254 1.0187 2.4982 (Thr) 129 -62.9006 -0.00501 1.0104 2.3625 (Ser) 146 -57.4118 -0.00254 1.0104 2.3764 (Tyr) 42 -85.7713 -0.00466 1.0104 2.1461 (Gln) 33 -73.0509 -0.00239 1.0104 2.2376 (Asn) 19 -68.2784 -0.00463 1.0104 2.2983 (Val) 181 -57.6137 -0.00233 1.0419 2.4693 (Leu) 81 -63.1185 -0.0045 1.0104 2.2017 (Val) 72 -57.6226 -0.00226 1.0104 2.1389 (Gly) 60 -40.7588 -0.00448 1.0104 2.169 (Pro) 153 -56.5001 -0.00219 1.0104 2.0334 (Val) 2 -57.6081 -0.00431 1.0141 2.1479 (Ser) 75 -57.2596 -0.00213 1.02 2.1771 (Ile) 71 -63.0799 -0.00414 1.0104 2.0049 (Asn) 200 -68.2681 -0.00212 1.0215 2.2485 (Phe) 64 -74.9972 -0.00407 1.0104 2.1818 (Ser) 20 -57.0418 -0.00198 0.9995 2.1111
KẾT QUẢ NGHIấN CỨU VÀ THẢO LUẬN 121 (Ala) 151 -46.4636 -0.00402 1.1047 2.3653 (Thr) 6 -62.8655 -0.00197 1.0463 2.2683 (Ser) 70 -56.9323 -0.00385 1.0214 2.4966 (Val) 12 -57.4503 -0.00193 1.0544 2.0129