Phần mềm được phỏt triển từ phần mềm SQUARED [6] lấy tờn là
SQADN (Semi Quantum for ADN) và SQDOCK (Semi Quantum for
Docking) xõy dựng trờn cơ sở chớnh là hai bộ phần mềm mó nguồn mở MD44 [13] của Alexander Lyubartsev và Aatto Laaksonen cho cỏc tớnh toỏn động lực phõn tử cổ điển và GAMESS [84] của Iowa State University cho Modul tớnh tương tỏc lượng tử.
Quỏ trỡnh hồi phục được hiểu đơn giản nhất là: Khi phối tử được đặt tại vị trớ thớch hợp trong khụng gian khảo sỏt, lực cơ học cổ điển (MM) được sử
dụng, khoảng cỏch giữa phối tử và đại phõn tử được tớnh (rmin), nếu khoảng cỏch rmin lớn hơn khoảng cỏch lượng tử (rQ) - phối tử ở xa đỏm gắn kết - lực MM sẽđưa phối tử lại gần đỏm gắn kết, nếu khoảng cỏch rmin nhỏ hơn khoảng cỏch lượng tử - phối tử đó tiếp cận đỏm gắn kết - lực MM lại đẩy phối tử ra xa, nhưng lỳc này lực lượng tử (QM) được sử dụng, tương tỏc lượng tử được tớnh cho cỏc nguyờn tử trong đỏm, lực lượng tử sẽ kộo phối tử lại gần đỏm gắn kết. Khi đạt tới cõn bằng lực, phức gắn kết được hỡnh thành (cluster). Mỗi khi phối tử tiếp cận nhúm hoạt động trong phõn tử lớn thỡ năng lượng (E) của toàn hệ được tớnh, giỏ trị năng lượng là thước đo cho độ bền vững của đỏm gắn kết được hỡnh thành. Đồng thời, tại mỗi bước của quỏ trỡnh hồi phục, toạ độ của cỏc nguyờn tử trong phối tử được ghi lại trong file ouput energy, từ đú cú thể biểu diễn được cấu trỳc đỏm dựa vào cỏc toạ độ đú. Cấu trỳc theo toạ độ được tớnh ở trờn cú giỏ trị năng lượng nhỏ nhất (Emin) chớnh là cấu trỳc của phức được hỡnh thành (đỏm gắn kết), nghiờn cứu cấu trỳc đỏm hỡnh thành và vị trớ phối tử gắn lờn phõn tử lớn tiếp tục được trỡnh bày ở cỏc phần tiếp theo của luận ỏn.
PHƯƠNG PHÁP NGHIấN CỨU
49
Code thật giải của chương trỡnh hồi phục gắn kết cú dạng:
kapproach=0
do k=1 to N do mark(bk)=.false.
vũng lặp theo cỏc nguyờn tử của phõn tử nhỏ (ai)
vũng lặp theo cỏc nguyờn tử của ADN hoặc Protein (bk) if ( r12.lt.qdistance) then kapproach=kapproach+1 imark(bk)=.true. endif kết thỳc vũng lặp theo bk kết thỳc vũng lặp theo ai nat=nat(1) + kapproach if (kapproach.gt.0) then
call energy ! tớnh năng lượng và gradien của phức bề mặt else
call L-J ! tớnh tương tỏc cặp từ thế kinh nghiệm L-J6-12 call RELAX Bắt đầu Input Đặt ligand ngẫu nhiên vμo cell H.cas + _ Thay thế nguyên tử H Rmin<=RQ Sub Gamess Sub MD44 + _ Kết thúc Output Hết cell + _ Hỡnh 2.1. Lưu đồ thuật giải chương trỡnh
PHƯƠNG PHÁP NGHIấN CỨU
50