Việc thanh khoản hợp đồng nhằm xác định số nguyên phụ liệu thừa hay thiếu sau khi hợp đồng đã thực hiện là nghiệp vụ tương đối quan trọng trong quy trình thủ tục hải quan. Vì khâu thanh khoản ( đối chiếu số lượng nguyên phụ liệu và sản phẩm xuất khẩu ) sẽ giúp cơ quan hải quan nắm bắt được số nguyên phụ liệu nhập khẩu có được doanh nghiệp sử dụng vào sản xuất hàng gia công xuất khẩu hay không từ đó trống việc trốn thuế khâu nhập khẩu.
Hiện nay, các doanh nghiệp Việt Nam nói chung và công ty cổ phẩn may Bắc Giang nói riêng đều đã áp dụng hình thức khai báo hải quan điện tử vì vây thủ tục hải quan cũng đơn giản hơn nhiều so với cách làm thủ công trước kia và việc kiểm
tử thì định mức người khai hải quan đăng kí với cơ quan hải quanphải là định mức thực tế thực hiện. Trong trường hợp sản phẩm được tạo ra từ bản than nguyên liệu thành phần hoặc từ dự kết hợp nguyên liệu thành phần với các nguyên liệu khác thì người khai hải quan phải khai định mức thực tế, tách nguyên liệu thành phần từ nguyên liệu gốc. Do vây, công ty chỉ cần khai báo định mức nguyên phụ liệu và cơ quan hải quan sẽ tính toán phần thuế xuất nhập khẩu mà công ty cần phải nộp. Qua kết quả của phiếu điều tra trắc nghiệm, thì có 67% ý kiến cho rằng công ty sử dụng hết số nguyên phụ liệu đã nhập, 17% ý kiến đánh giá công ty nhập thiếu nguyên phụ liệu cho quá trình gia công, 16% ý kiến cho rằng công ty nhập nguyên phụ liệu thừa so với thức tế hoạt động gia công và nếu nguyên phụ liệu thừa thì công ty thường tái xuất hoặc chuyển tiếp sang các hợp đồng sau, cũng có thể theo thỏa thuận của hai bên trong hợp đồng đã kí.
Theo kết quả phỏng vấn nhân viên phòng kế hoach – xuất nhập khẩu thì chủ yếu công ty nhập đủ số nguyên phụ liệu cho quá trình gia công, chỉ có ít trường hợp là nhập thừa hoặc thiếu nguyên phụ liệu có thể do sai lệch trong giấy tờ hoặc sơ suất của cán bộ làm định mức.
3.3.7. Khiếu nại và giải quyết khiếu nại
Khiếu nại là việc giải quyết các phát sinh trong quá trình thực hiện hợp đồng. Theo kết quả của phiếu điều tra trắc nghiệm và phỏng vấn thì 100% các ý kiến đều cho thấy là khi các tranh chấp khiếu nại xảy ra thì các bên đều dung biện pháp hòa giải, thương lượng công ty chưa xảy ra tranh chấp lớn nào mà phải đưa ra trọng tài hoặc tòa án . Nếu trong trường hợp mà các mâu thuẫn không giải quyết được thì hai bên thống nhất đưa ra giải quyết tại ủy ban trọng tài quốc tế Việt Nam hoặc tòa án kinh tế.