Môi trường và sinh phẩm nuôi cấy định danh vi khuẩn S. suis:
- Môi trƣờng thạch máu cừu 5% (Columbia sheep blood agar plate, BD [Cat. 251165]).
- Dung dịch H2O2 3%
- Bộ API Rapid ID 20 Strep (BioMérieux).
- Bộ kháng huyết thanh Lancefield (BioMérieux)/Streptex (Remel Cat: 30950501])
Đặng Thị Kiều Oanh 36 Cao học K18 - Kháng huyết thanh đặc hiệu S. suis typ 2 (serology, Đan Mạch)
- Bộ nhuộm Gram (DIFCO- Becton Dickinson, USA)
- Lam kình và lá kình phủ
Sinh phẩm tách chiết DNA của vi khuẩn:
- High pure PCR Purification Kit (Roche Co.,)
- Lysozyme (MP Biomedicals, Inc. Cat 100834).
- Mutanolysin (Sigma Co.,).
- Triton X 100
Sinh phẩm PCR:
- Ready-To-Go PCR Mastermix Kit (Amersham Co.,) hoặc Hotstartaq Master Mix Kit (QIAgen), mỗi phản ứng bao gồm: Taq poly 2,5 units; 200µM mỗi loại dNTP; 1,5mM MgCl2; 10mM Tris-HCl [pH9,0]; 50mM KCl; BSA [Bovine Serum Albumine].
- 25 mM MgCl2 (Invitrogen/Fermentas)
- Nƣớc tinh sạch (Sartorius).
- Thạch Seakem GTG Agarose và Nusieve GTG Agarose (Cambrex Bio Science Rockland, Inc. USA).
- Đệm điện di: TAE 10x (Promega Corporation USA)
- Chất nhuộm sản phẩm điện di: ethidiumbromide
- Loading buffer (Novagen Co.)
- 100bp ladder (Markers) Novagen Co..
Các cặp mồi:
Đề tài sử dụng các cặp mồi từ tài liệu tham khảo, đánh giá lại từng cặp, tạo tổ hợp các cặp mồi thoả mãn các yêu cầu nghiên cứu. Bảng 1 trính bày tên và trính tự các cặp mồi đƣợc sử dụng.
Đặng Thị Kiều Oanh 37 Cao học K18
Bảng 2.1. Một số trình tự mồi chủ yếu (primer) đƣợc sử dụng trong nghiên cứu [11,25,39,41]
Loại gen Ký hiệu Trình tự Vị trí
Sản phẩm PCR (bp) 16S-rDNA 195s & 489as2
5′- CAG TAT TTA CCG CAT GGT AGA TAT -3′ 5′- GTA AGA TAC CGT CAA GTG AGA A-3′
172-195
469-490 (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
294
Gdh gdh1 &gdh2 5‟-AAG TTC CTC GGT TTT GAG CA-3‟ 5‟-GCA GCG TAT TCT GTC AAA CG-3‟
631-650
1196-1177 566
Gdh Str2-F
Str2-R
5‟-GCA GCG TAT TCT GTC AAA CG-3‟ 5‟-CCA TGG ACA GAT AAA GAT GG-3‟
1177-1196
508-527 688
Epf epf-F
epf –R
5‟-CGC AGA CAA CGA AAG ATT GA-3‟ 5‟- AAG AAT GTC TTT GGC GAT GG-3‟
2401-2419
3143-3124
744
Suilysin Sly-F
Sly-R
5‟-GCT TGA CTT ACG AGC CAC AA-3‟ 5‟-CCG CGC AAT ACT GAT AAG C-3‟
115-134 344-362 248 Arginine deminase arcA-F arcA-R 5‟-TGA TAT GGT TGC TGC TGG TC-3‟ 5‟-GGA CTC GAG GAT AGC ATT GG-3‟
1225-1244 1342-1324 118 Protein được giải phóng bởi muramidase – MRP mrp-F1 mrp-F2 mrp-R
5‟-GAC AGA TGG TGA GGA AAA TGG-3‟ 5‟-ATT GCT CCA CAA GAG GAT GG-3‟ 5‟-TGA GCT TTA CCT GAA GCG GT-3‟
3636-3655 3823- 3804 188 Cấu trúc vỏ polysaccharide (typ HT) cps2J-F cps2J-R 5‟-TTT GTC GGG AGG GTT ACT TG-3‟ 5‟-TTT GGA AGC GAT TCA TCT CC-3‟
13918-13937
14415-14396 498
cps2JJ-F
cps2JJ-R
5‟- GTT GAG TCC TTA TAC ACC TGT T-3‟ 5‟- CAG AAA ATT CAT ATT GTC CAC C-3‟
Đặng Thị Kiều Oanh 38 Cao học K18