Chúng tôi tiến hành định loại chủng nấm men L1.5.4 đối kháng phân lập được có khả năng ức chế ma ̣nh với cả 2 loại nấm mốc Colletotrichum gloeosporioides và
A.niger và thu được kết quả như sau:
Tách dòng và đọc trình tự gen ITS và 2,5s để định loại nấm men đối kháng
Cặp mồi dùng để khuếch đại gen ITS và 2,5 S bằng PCR:
ITSP1: TCCTGGTCATTTAGAGGAAGTAAA ITSP2: TAGAGCTGCATTCCCAAACAAC
Trình tự đoạn gen mã hóa rRNA ITS và 2,5s của chủng nấm men đối khángđã được xác định thông cả hai chiều. Trình tự này được so sánh với trình tự gen rRNA ITS và 2,5s của các chủng Candida sake có sẵn trong Ngân hàng dữ liệu gen Quốc tế. Sử dụng chương trình Fasta để tìm kiếm các trình tự tương đồng đã được các tác giả khác công bố và so sánh với trình tự thu nhận được.
Kết quả phân tích theo phần mềm Fasta trình tự một đoạn gen mã hóa rRNA ITS và 2,5s của chủng nấm men đối kháng L1.5.4 có 99,00% nucleotit tương đồng với trình tự gen rRNA ITS và 2,5s của chủng Candida sake đăng trên ngân hàng gen Quốc tế.
ID CsVn_ITS PRELIMINARY; DNA; 708 BP.
SQ SEQUENCE 708 BP; 212 A; 139 C; 156 G; 201 T;
TCCTGGTCAT TTAGAGGAAG TAAAAGTCGT AACAAGGTTT
CCGTAGGTGA CCCTGCGGAA 60
GGATCATTAA AGTTTGCTTA ATTGCATTAC ACATGTTTTT
TTAGAGAACT TGCTTGCAAG 120
AACACTAATA ATTTACTTAG TCAACAAATA AAAATATCAA
AACTTTCAAC AACGGATCTC 180
TTGGTTCTCG CATCGATGAA GAACGCAGCG AAATGCGATA
CGTAATATGA ATTGCAGATT 240
TTCGTGAATC TTCGAATCTT TGAACGCACA TTGCGCCCTG
TGGTATTCCA CAGGGCATGC 300
CTGTTTGAGC GTCATTTCTC CCTCAAACCT CTGGTTTGGC
GTTGAGTGAT ACTCGGTTTA 360
CTTGAAAAAC ATGAAAAGCA TAACTATTAG GTTTTACCAA
CTCGTTATAC TAATCTACAA 420
GTTTGACCTC AAATCAGGTA GGACTAACCG CTGAACTTAA
GCATATCAAT TAGCGGAGGA 480
AAAGAAACCA ACCGGGATTG GCTCAGTAAC GGCGAGTGAA
GCGGCAAAAG CTCAAATTTG 540
AAATCTGCGT AAGCCGAGTT GTAATTTGAA GATGGCTACT
TTGGTAATGG CTCTTGTCTA 600
TGTTCCTTGG AACAGGACGT CACAGAGGGT GAGAATCCCG
TGCGATGAGA TGTCCATTAC 660 (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
CGTGTAAAGT GCTTTCGAAG AGTCGAGTTG TTTGCCAATG CAGCTCTA
Trình tự nucleotide gen mã hóa rRNA ITS và 2,5s của chủng Candida sake L1.5.4 Kết quả định tên bằng phương pháp sinh học phân tử này hoàn toàn phù hợp với kết quả phân loại dựa trên các đặc điểm về hình thái sinh lý nêu trên. Sau khi phân loại theo phương pháp xác định trình tự đoạn gen mã hóa rRNA ITS và 2,5s chúng tôi khẳng định rằng chủng nấm men L1.5.4 đối kháng chính xác thuộc loài
Candida sake.
So sánh với chủng nấm men Candida sake ĐN15 mà Nguyễn Thùy Châu và các cộng sự đã phân lập được trước đó, chúng tôi thấy trình tự nucleotide của đoạn gen ITS và 2,5s của chủng nấm men Candida sake L1.5.4 có sự tương đồng 99,7% so với chủng nấm men Candida sake ĐN15 và chỉ khác biệt ở vị trí nucleotide số 695 và 696 của chủng nấm men Candida sake ĐN15 là GG thì ở chủng nấm men
Candida sake L1.5.4 mà chúng tôi phân lập được là CC.