Theo chiến lược phỏt triển KTNN đến năm 2020, mục tiờu phỏt triển KTNN là "Nõng cao năng lực hoạt động, hiệu lực phỏp lý, chất lượng và hiệu quả hoạt động của KTNN như một cụng cụ hữu hiệu của Nhà nước trong kiểm tra, giỏm sỏt quản lý và sử dụng ngõn sỏch, tiền và tài sản nhà nước; Xõy dựng KTNN cú trỡnh độ chuyờn nghiệp cao, từng bước hiện đại, trở thành cơ quan kiểm tra tài chớnh cụng cú trỏch nhiệm và uy tớn, đỏp ứng yờu cầu của sự nghiệp cụng nghiệp hoỏ, hiện đại hoỏ đất nước, phự hợp với cỏc thụng lệ và chuẩn mực quốc tế”. Theo định hướng phỏt triển chung của ngành, KTNN khu vực II tập trung đang tăng thờm nguồn nhõn lực cú chất lượng, kiểm toỏn cỏc dự ỏn quan trọng trờn địa bàn khu vực, ngoài việc kiểm toỏn tuõn thủ sẽ lồng kiểm toỏn hoạt động nhằm đỏnh giỏ một cỏch cụ thể hơn trong lĩnh vực kiểm toỏn NSĐP.
Hơn 11 năm đi vào hoạt động, qua cụng tỏc kiểm toỏn cho thấy việc quản lý và sử dụng ngõn sỏch tại cỏc địa phương trong khu vực cũn nhiều sai sút, tồn tại cần phải được chấn chỉnh, khắc phục như đó nờu trong phần thực trạng ở chương 2 vỡ vậy việc hoàn thiện tổ chức cụng tỏc kiểm toỏn phải gắn liền với hoàn thiện tổ chức cơ quan KTNN khu vực II theo hướng chuyờn nghiệp, tập trung nõng cao năng lực kiểm toỏn, đảm bảo tớnh độc lập, khỏch quan trong thực thi nhiệm vụ kiểm toỏn. Đổi mới hoạt động kiểm toỏn NSĐP đảm bảo thớch ứng với yờu cầu cải cỏch hành chớnh cụng đi đụi với nõng cao tớnh tự chịu trỏch nhiệm của cỏc cơ quan nhà nước trong việc quản lý và sử dụng NSNN.
Cỏc cuộc kiểm toỏn NSĐP trong phải nõng cao chất lượng, cú chiều sõu và phản ỏnh bản chất tỡnh hỡnh thực tế. Việc tăng cường năng lực kiểm toỏn để đảm bảo kiểm toỏn thường xuyờn hàng năm cỏc tỉnh theo quy định của Luật NSNN nhằm xỏc nhận bỏo cỏo quyết toỏn và cung cấp thụng tin cho HĐND hàng năm. Tăng quy mụ mẫu kiểm toỏn nhất là cỏc cơ quan, đơn vị, tổ chức cú sử dụng NSNN với quy mụ lớn. Tập trung kiểm toỏn việc quản lý và sử dụng NSNN và nõng cao chất lượng kiểm tra, phõn tớch, đỏnh giỏ dự toỏn NSNN.