3. NỘI DUNG NGHIÊN CỨU
3.3. PHÂN TÍCH SỰ ĐA DẠNG CỦA CÁC DÒNG VIRUS SMV DỰA
TRÊN TRÌNH TỰ GEN CP VÀ TRÌNH TỰ AMINO ACID SUY DIỄN
Chúng tôi tiến hành so sánh trình tự nucleotide của đoạn gen CP của SMV dòng SL1-Việt Nam với 19 trình tự gen CP đã công bố trên Ngân hàng gen quốc tế (NCBI), kết quả đƣợc thể hiện ở Hình 3.10.
Nucleot ide Substit ut ions (x100)
0 4.7 2 4 AB100445.seq EU931454.seq DQ517430.seq AB100448.seq AJ609297.seq SL1.seq X63771.seq U25673.seq AY216489.seq AB206830.seq AB206832..seq AB206831.seq AB206834.seq AB206833.seq AY799852.seq AJ609298.seq AB100447.seq AF200578.seq DQ517427.seq JF431105.seq
Hình 3.10. Sơ đồ hình cây thiết lập dựa trên trình tự gen CP phân lập từ 20 dòng SMV từ Việt Nam, Nhật Bản, Hàn Quốc, Mỹ, Trung Quốc,
Canada, Ucraina
(SL1- SMV thu thập từ lá đậu tương nhiễm bệnh tại tỉnh Sơn La- dòng SL1; 19 dòng SMV có trình tự nucleotide của gen CP có mã số trên GenBank)
Trong các trình tự gen CP thuộc 20 dòng SMV đƣợc sử dụng so sánh có: 1 dòng Việt Nam, 8 dòng Nhật Bản, 2 dòng Hàn Quốc, 3 dòng Mỹ, 4 dòng Trung Quốc, 1 dòng Canada, 1 dòng Ucraina.
Sơ đồ hình cây ở hình 3.10 cho thấy 20 dòng virus phân bố ở 4 nhóm với khoảng cách di truyền 4,7% và dòng SL-Việt Nam, dòng có mã số X63771, dòng có mã số U25673 (Trung Quốc) phân bố trong cùng một nhóm với hệ số tƣơng đồng từ 99,1%-100%. Tiếp tục phân tích mối quan hệ của 20 dòng SMV dựa trên trình tự amino acid suy diễn chúng tôi thấy dòng SL-Việt Nam và hai dòng Trung Quốc phân bố trong một nhóm (Hình 3.11). Từ kết quả phân tích quan hệ của 20 dòng virus dựa trên trình tự nucleotide của gen CP và trình tự amino acid suy diễn cho thấy dòng SL thu tại tỉnh Sơn La, Việt Nam có quan hệ gần với hai dòng Trung Quốc có mã số X63771 và U25673 trên Ngân hàng gen quốc tế.
Hình 3.11: Sơ đồ hình cây thiết lập dựa trên trình tự amino acid suy diễn từ gen CP phân lập từ 20 dòng SMV từ Việt Nam, Nhật Bản, Hàn Quốc,
Mỹ, Trung Quốc, Canada, Ucraina
(SL1- SMV thu thập từ lá đậu tương nhiễm bệnh tại tỉnh Sơn La- dòng SL1; 19 dòng SMV có trình tự amino acid của protein suy diễn có mã số trên GenBank)
KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ