3. NỘI DUNG NGHIÊN CỨU
3.2.6. Kết quả xác định trình tự đoạn gen CP của SMV
Để có kết luận chính xác khuẩn lạc quan tâm có mang đoạn gen CP chúng tôi đã tiến hành đọc trình tự các plasmid thu đƣợc. Trình tự đoạn gen CP đƣợc đọc trên máy xác định trình tự tự động ABI PRISM@
3100 Advant Genetic Analyzer (Applied Biosystem) và đƣợc so sánh ở ngân hàng gen của NCBI cho kết quả chính là trình tự gen CP của virus SMV. Kết quả giải trình tự nucleotide cho thấy đoạn gen CP phân lập từ hệ gen SMV dòng SL gây
bệnh khảm lá trên cây đậu tƣơng thu tại Sơn La có 720 nucleotide (Hình 3.7). Bằng BLAST trong NCBI trình tự đoạn gen CP của dòng virus SL1 có tỷ lệ tƣơng đồng với các trình tự đã công bố từ 93% - 99%. Trong đó đoạn gen CP của dòng SL1 có độ tƣơng đồng so với trình tự gen CP có mã số X63771 là 99% (Trình tự sử dụng để thiết kế cặp mồi nhân đoạn gen CP). Nhƣ vậy có thể kết luận rằng, chúng tôi đã tách dòng thành công đoạn gen CP trên mẫu lá đậu tƣơng bị nhiễm SMV gây bệnh khảm lá ở cây đậu tƣơng thu tại Sơn La (Dòng SL1). Kết quả so sánh bằng phần mềm BioEdit ở Hình 3.7 cho thấy trình tự đoạn gen CP của dòng virus SL1 khác với trình tự gen CP có mã số X63771 ở 7 vị trí nucleotide: 6, 681, 691,693, 703, 708, 711 (Bảng 3.2).
Bảng 3.2. Các vị trí sai khác giữa trình tự đoạn gen CP của SMV dòng SL1 và X63771 Vị trí nucleotide X63771 SL1 6 A T 681 T G 691 T G 693 G A 703 G A 708 G C 711 C G
Hình 3.7 . Trình tự đoạn gen CP của dòng SMV phân lập tại tỉnh Sơn La (SL1) và của dòng virus SMV trên GenBank có mã số X63771
Kết quả so sánh đoạn tƣơng đồng sử dụng khi thiết kế cặp mồi nhân bản đoạn gen CP SMV-dòng SL1 với gen CP trên Ngân hàng gen quốc tế có mã số X63771 cho thấy đoạn gen CP (cDNA) mà chúng tôi phân lập đƣợc có
kích thƣớc là 720 nucleotide, mã hóa 240 amino acid và có hệ số tƣơng đồng là 99%. Nhƣ vậy, có thể kết luận rằng trình tự cDNA mà chúng tôi phân lập đƣợc là đoạn gen mã hóa protein vỏ của SMV dòng SL1.
Kết quả so sánh trình tự amino acid của coat protein ở SMV dòng SL1 với coat protein có mã số CAA45307 trên GenBank suy diễn từ gen mã số là X63771 ở SMV đƣợc trình bày ở Hình 3.8.
Hình 3.8.Trình tự amino acid coat protein ở SMV dòng SL1 và của dòng virus SMV trên GenBank có mã số CAA45307
Hình 3.8 và kết quả so sánh bằng BLAST trong NCBI cho thấy trình tự amino acid của CP của SMV dòng SL1 có độ tƣơng đồng là 99% so với trình tự amino acid mã số CAA45307 trên GenBank. Tuy nhiên hai trình tự amino acid này cũng có sự sai khác ở 3 vị trí amino acid: 231, 235, 237 (Bảng 3.3).
Bảng 3.3.Các vị trí sai khác giữa trình tự amino acid của CP ở SMV dòng SL1 và CAA45307
Vị trí amino acid CAA45307 SL1
231 L (Leucine) V (Valine) 235 D (Aspartic acid) N (Asparagine) 237 N (Asparagine) K (Lysine)
CP của SMV mã số CAA45307 có 267 amino acid và vùng Poty-coat của protein CP có 232 amino acid; protein suy diễn từ trình tự đoạn gen CP của SMV dòng SL1 có 240 amino acid và với 208 amino acid trong vùng Poty-coat. So sánh 208 amino acid của vùng poty_coat của CP kể từ amino acid thứ nhất đến thứ 208 giữa hai trình tự amino acid của CP ở SL1 với CAA45307 cho thấy có 3 vị trí amino acid sai khác, đó là 199, 203, 205 (Hình 3.9)
Hình 3.9. So sánh trình tự amino acid suy diễn của vùng poty_coat của SMV dòng SL1 và vùng Poty-coat của protein có mã số CAA45307 trên
