Ký sinh trùng tìm thấy ở 2 loài cá mối thường Sauridatumbil và cá mối hoa Trachynocephalus myops thu mẫu tại Nha Trang được phân loại, định danh dựa
trên đặc điểm hình dạng và cấu tạo của trùng. Một số tài liệu đã được dùng cho phân loại là : Moller, H. & Anders (1986); Williams, H. & Jones, A. (1994). Các căn cứ chính được dùng để phân loại ký sinh trùng là:
- Ký sinh trùng là động vật đơn bào: Các tiêu bản được xem dưới kính hiển vi với độ phóng đại 10x10, 40x10 và vật kính dầu 100x10. Xem và vẽ hình dạng ngoài, phân bố tiêm mao, các cơ quan nhìn thấy như móc răng ở trùng bánh xe, nhân, không bào co bóp, thể cực…Đối với mỗi nhóm loài có chỉ tiêu phân loại riêng
- Ký sinh trùng là sán lá đơn chủ: phân loại monogenea chủ yếu dựa vào hình dạng cơ thể, đặc biệt là cấu tạo, hình dạng, kích thước của cơ quan bám, cơ quan sinh dục.
- Ký sinh trùng là sán lá song chủ: Dùng các tiêu bản cố định kết hợp với hình vẽ, hình chụp, quan sát các đặc điểm: hình dạng, kích thước cơ thể sán; số lượng, hình dạng, kích thước của cơ quan bám và cơ quan sinh dục (buồng trứng, tinh hoàn, noãn hoàng), ruột thẳng hay gấp khúc.
- Ký sinh trùng là sán dây: dựa vào hình dạng cơ thể, đặc biệt là cấu tạo đầu.
Số lượng đốt trên thân, số lượng cơ quan bám hoặc có nhóm loài dựa vào hình dạng, cấu trúc gai trên cơ quan bám, cấu tạo hệ sinh dục, sự phân bố noãn hoàng, tinh hoàn, cấu tạo tử cung, buồng trứng… Chụp hình, vẽ tất các các phần kể trên để xác định loài.
- Ký sinh trùng là giun tròn: Dựa vào đặc điểm cấu tạo chủ yếu ở phần đầu
và phần đuôi của giun (cơ quan tiêu hóa, bài tiết, sinh dục,…) từ các mẫu tươi, mẫu sau khi cố định và các tiêu bản để phân loại.
- Ký sinh trùng là giáp xác: dựa vào cấu tạo, kích thước của các chân, hệ gai
(gai, móng…), tương quan giữa các đốt.
- Ký sinh trùng là giun đốt- họ đỉa: chuyển đỉa đã cố định qua lam kính, đậy
lên trên bằng một lam kính khác, rồi quan sát dưới kính hiển vi. Chú ý hình dạng, kích thước thân, giác bám, xác định số lượng các đốt và số lượng các vòng đốt đầy đủ, sự hiện diện các gai cứng, mắt, vết mắt…Chụp hình, đo, vẽ các đặc điểm hình thái, cấu tạo của loài.