Tùy thuộc vào loại KST khác nhau mà phương pháp cố định, bảo quản, nhuộm và làm tiêu bản khác nhau. Đây là khâu quan trọng vì tiêu bản đẹp có thể giúp ích cho quá trình phân loại ký sinh trùng được chính xác.
a. Ký sinh trùng là động vật đơn bào (Protozoa)
- Làm các tiêu bản phết: Cạo nhớt mang, da, ruột cá nghiên cứu cho vào 1 lam kính, dùng một lam kính sạch khác kéo nhẹ lên nhau, sao cho lớp nhớt được dàn mỏng và đều rồi để tiêu bản khô tự nhiên trong không khí.
- Nhuộm tiêu bản phết với AgNO3 2% theo phương pháp Klein: xếp các tiêu bản phết đã khô vào đĩa peptri đã được che tối (để ngửa mặt phết mẫu lên trên), dùng pipet nhỏ dung dịch AgNO3 2% lên đều khắp mặt lam. Để khoảng 10 phút trong bóng tối. Sau đó, lấy đĩa lồng chứa các lam mẫu ra khỏi bóng tối, cho nước cất vào đĩa, dùng panh kẹp lam mẫu rửa nhẹ trong nước cất 4-5 lần, rồi đặt các lam kính này vào một đĩa lồng khác có chứa nước cất ngập sâu khoảng 1-1,5 cm, đem
phơi nắng khoảng 30-60 phút tùy thuộc vào cường độ ánh sáng mặt trời, kết hợp kiểm tra mẫu dưới kính hiển vi, khi các đặc điểm cấu tạo của trùng đơn bào đã thấy rõ, thì rửa lam mẫu bằng nước cất nhiều lần, dựng nghiêng cho khô. Khi lam mẫu đã khô, gắn tiêu bản bằng Canada Balsam. Các tiêu bản đã nhuộm được quan sát, mô tả, vẽ và chụp hình dưới kính hiển vi với độ phóng đại 100, 400 và 1000 lần.
b. Ký sinh trùng là sán lá song chủ (Digenea)
Ký sinh trùng là sán lá song chủ được thu bằng panh hay bằng ống hút, rửa sạch trong nước muối sinh lý, ép mỏng bằng 2 tấm lam kết hợp nhỏ thuốc cố định Bouin trong thời gian 12-24h, sau đó trùng được cố định và bảo quản trong cồn
etanol 70%).
Nhuộm và làm tiêu bản sán lá song chủ: Lấy trùng ra khỏi dung dịch cố định, đặt lên một lam sạch, nhỏ vài giọt acid acetic đậm đặc lên trên trùng, để khoảng 5- 10 phút để cố định và hút hết nước trong cơ thể trùng. Sau đó dùng giấy thấm lau sạch xung quanh, nhỏ tiếp dung dịch carmin lên, để khoảng 5-10 phút. Quan sát sán đã bắt màu đạt chưa, nếu đạt dùng Toluen để rửa lại, dùng giấy thấm lau sạch. Cuối cùng nhỏ một giọt Canada Balsam lên mẫu nhuộm, đậy lamen và ấn nhẹ cho chất này dàn mỏng ra.
c. Ký sinh trùng là sán lá đơn chủ (Monogenea)
Sán lá đơn chủ là những loài sán có kích thước nhỏ (ngoại trừ các loài thuộc họ Capsalidae), thường bám chặt vào mang hoặc da cá, nên khó tách chúng ra khỏi tổ chức cơ thể vật chủ. Ký sinh trùng loại này được tách ra khỏi cơ thể vật chủ bằng dùi giải phấu dưới kính soi nổi, rồi dùng ống hút để lấy trùng ra. Đa phần các loài thuộc lớp sán lá đơn chủ (Monogenea) được làm tiêu bản trực tiếp, không nhuộm (ngoại trừ các loài thuộc họ Capsalidae). Sau khi trùng đã được làm sạch, đặt chúng lên một tấm lam sạch, nhỏ lên trùng 1 giọt cồn etanol đạm đặc hay 1 giọt acid acetic đậm đặc để làm mất nước. Sau đó nhỏ 1 giọt keo bomcanada rồi gắn tiêu bản bằng 1 tấm lamel. Với các loài thuộc họ Capsalidae, trùng được nhuộm và làm tiêu bản tương tự như trùng thuộc lớp sán lá song chủ đã mô tả ở mục b.
d. Ký sinh trùng là sán dây (Cestoda)
Sán dây được tách khỏi cơ quanký sinh bằng một cái panh, cho vào đĩa lồng có chứa nước muối sinh lý, rửa sạch nhớt bẩn. Cố định và làm tiêu bản tương tự như với sán lá song chủ (Digenea) đã được trình bày ở mục b.
e. Ký sinh trùng thuộc lớp giun tròn (Nematoda)
Ký sinh trùng là giun tròn được gắp ra khỏi cơ thể vật chủ bằng panh với mắt thường hoặc kính giải phẫu, rửa trùng nhiều lần trong nước muối sinh lý, rồi cố định trong cồn etanol 70% dưới ngọn đèn cồn và sau đó được bảo quản trong cồn 70% hoặc formol 6%.
Các ký sinh trùng thuộc lớp giun tròn thường không được nhuộn và làm tiêu bản như các ký sinh trùng khác, mà được bảo quản trong dung dịch cồn 70% hoặc formol 6%. Khi muốn nghiên cứu tiếp theo thì thực hiện phương pháp của Bjorn Berland (2004): Dùng panh gắp trùng đặt lên 1 lam kính sạch, nhỏ lên trùng một giọt glacial acid acetic lên để cố định và rút nước trong mẫu, tiếp theo nhỏ một giọt glycerol Jelly để làm trong mẫu, đậy 1 lamen sạch lên mẫu và quan sát dưới kính hiển vi.
f. Đỉa cá
Khi phát hiện thấy đỉa cá bám trên da, vây, hốc mắt, múi, miệng của cá thì dùng panh gắp đỉa, cho vào đĩa lồng chứa nước biển. Sau đó đỉa được cố định trong cồn 70% hoặc formol 6% và làm tiêu bản như phương pháp làm tiêu bản sán lá đơn chủ.
g. Ký sinh trùng là giáp xác (Crustacae)
Khi phát hiện thấy ký sinh trùng là giáp xác, dùng dùi và panh giải phẫu để tách trùng ra khỏi cơ thể cá bằng mắt thường hoặc kính giải phẫu, cho trùng vào hộp lồng có chứa nước biển, làm sạch trùng trước khi đưa vào dung dịch cố định là cồn etanol 700 hoặc formol 6% và các chất này đồng thời cũng là dung dịch bảo quản trùng. Khi muốn nghiên cứu tiếp theo, cần thực hiện một tiêu bản được làm trong bởi glyceron tương tự như với trùng là giun tròn đã được mô tả ở mục e.
h. Ấu trùng metacercaria của sán lá song chủ
Có 2 phương pháp tách có thể dùng để thu thấp ấu trùng metacercaria ký sinh ở cá: đó là phương pháp ép mô và phương pháp tiêu cơ
* Phương pháp ép mô
Ưu điểm: có thể xác định chính xác vị trí cư trú của metacercaria trên cơ thể vật chủ là cá. Phương pháp này không tốn kém do không sử dụng những hóa chất đắt tiền, không làm mất đi những đặc điểm của nang bao quanh ấu trùng, vì đặc điểm này có thể được sử dụng để phân loại ấu trùng này.
Các bước tiến hành: Cắt một phần mô từ các bộ phận khác nhau của cá:
mang, cơ, vây, nội tang, xác định khối lượng của mẫu bằng cân điện tử (để ước lượng mật độ ấu trùng), ép mỗi mẫu giữa 2 lam kính (lặp lại 2-3 lần để tăng cơ hội tìm thấy ấu trùng). Quan sát, phát hiện và dựa vào hình dạng cấu tạo để định loại ấu trùng metacecaria dưới kính hiển vi. Đếm số lượng và tính cường độ.
* Phương pháp tiêu cơ
Ưu điểm: có thể làm với số lượng mẫu lớn, ấu trùng metacercaria có thể được tách và thu thập với số lượng chính xác về cường độ cảm nhiễm của ký sinh trùng này ở mẫu cá., hình thái của trùng đẹp.
Các bước tiến hành: mẫu cá nghiên cứu được cắt thành từng miếng, sau đó, được nghiền nhỏ bằng cối sứ hoặc máy xay thịt. Đối với những mẫu cá lớn thì chỉ lấy ½ mẫu cá. Tiếp theo, mẫu cá đã nghiền được nhỏ chuyển vào các cốc đốt có chứa dung dịch tiêu cơ (8 ml HCl + 6g Pepsin trong 1000 ml nước cất), dung dịch tiêu cơ nên ngập quá 1/3 thể tích mẫu. Trộn đều và để trong tủ ấm ở 370C trong khoảng 2-3h hoặc lâu hơn. Khi cơ thịt cá đã tiêu, tiến hành lọc qua vợt có mắt lưới lớn nhằm loại bỏ các mảnh xương cá. Sau đó, mẫu được thêm nước muối sinh lý và để lắng. Loại bỏ phần nổi một cách nhẹ nhàng và giữ lại phần lắng cặn, lặp lại 7-8 lần cho đến khi chất lắng trở lên trong, chuyển chất lắng vào đĩa peptri, quan sát trên kính soi nổi để phát hiện ấu trùng sán –metacercaria. Khi phát hiện thấy ấu trùng sán, dùng pipet hút trùng ra đĩa lồng khác có chứa nước muối sinh lý và xác
định hình dạng, đếm số lượng, chụp ảnh, vẽ và đo kích thước của từng dạng metacercaria. Nhuộm mẫu và làm tiêu bản tương tự như đối với sán lá song chủ.