Việc loại bỏ vi khuẩn sau quá trình đồng nuôi cấy để sự tái sinh sau đó của mô cấy được thuận lợi là vấn đề cực kỳ quan trọng. Nếu loại bỏ không hết vi khuẩn sẽ ảnh hưởng đến sự tái sinh của mô cấy, thậm chí gây hư hại môi trường và mẫu cấy có thể bị chết. Thường thì người ta dùng kháng sinh để diệt vi khuẩn sau khi đồng nuôi cấy. Tuy nhiên, kháng sinh lại gây độc cho mô cấy nên ảnh hưởng đến hiệu suất chuyển gen. Do đó, cần phải khảo sát các loại kháng sinh để sao cho kháng sinh sử dụng phải ở nồng độ thấp nhất có thể giết chết vi khuẩn và ít gây tổn hại đến mô cấy nhất.
Hiện nay có một số loại kháng sinh thường được sử dụng trong chuyển gen gián tiếp thông qua vi khuẩn Agrobacterium, đó là cefotaxim, carbenicilin và
timentin. Các loại kháng sinh này có khả năng ức chế sự hình thành peptidoglycan, là thành phần cấu tạo vách tế bào vi khuẩn. Do đó, vi khuẩn sẽ bị giết chết. Tuy nhiên, phải dùng ở nồng độ rất cao mới có thể diệt được (200-500mg/L). Với nồng độ này, sẽ gây độc cho tế bào nên ảnh hưởng đến hiệu suất tái sinh của mô cấy (Hammerschlag và Zimmerman, 1995). Nồng độ cefotaxim sử dụng trong chuyển gen thông qua Agrobacterium ở lúa và bắp là 250mg/L, ban đầu diệt khuẩn khá hiệu quả, tuy nhiên, lại làm giảm sự hình thành mô sẹo khi thêm vào môi trường cảm ứng tạo sẹo (Ishida và cộng sự, 1996). Nồng độ carbenicilin thường dùng trong chuyển gen lúa mì và bắp là 100mg/L (Cheng và cộng sự, 1997, 2003; Zhang và cộng sự, 2003). Vì thế, cần phải phát hiện thêm các loại kháng sinh mới có đặc tính ưu việt hơn trong vấn đề diệt khuẩn nhưng ở nồng độ sử dụng thấp là điều rất cần thiết. Hiện nay, kháng sinh moxalactam, một loại β-lactam kháng sinh, rất hiệu quả trong việc diệt khuẩn, tăng khả năng tạo phôi trong nghiên cứu chuyển gen ở cây cacao hơn so với việc dùng cefotaxim (Mayolo và cộng sự, 2003). Trong số các kháng sinh cefotaxim, cefbuperazon và meropenem được thử nghiệm trên các chủng A. tumefaciens LBA101 và EHA101 thì meropenem là kháng sinh có hoạt tính diệt khuẩn tốt nhất và ít gây hại cho mô cấy nhất (Ogawa và Mii, 2004). Cũng thu được kết quả rất tốt khi dùng kháng sinh meropenem thử nghiệm trên các chủng LBA4404, EHA101 và GV3101 trong chuyển gen trên lan Dendrobium phalaenopsis khi so sánh với việc dùng kháng sinh ampicilin, carbenicilin, cefotaxim và cefoperazon. Nồng độ meropenem dùng để diệt khuẩn khá thấp (khoảng 0.5mg/L) (Ying và cộng sự, 2006). Theo Sjahril và Mii (2006), nồng độ cefotaxim và carbenicilin dùng để diệt khuẩn trên lan Hồ Điệp (phalaenopsis) là 500mg/L, trong khi dùng kháng sinh meropenem chỉ ở nồng độ 5mg/L. Ngoài ra, kháng sinh meropenem còn có hiệu quả rất tốt trong chuyển gen ở các loài lan khác như Cymbidium, Vanda và Oncidium (Chin và cộng sự, 2007) [21][28][45][48][54][67].