Về hoàn thuế thu nhập cá nhân đã có nhiều văn bản quy định khá chặt chẽ, tuy nhiên trên thực tế có sự chồng chéo giữa các văn bản. Vì vậy, cần phải điều chỉnh các văn bản quy định cho phù hợp, tránh sự chồng chéo giữa các văn bản, đảm bảo tính quản lý chặt chẽ của Nhà nước và tạo điều kiện giảm thủ tục hành chính cho người nộp thuế. Bởi nhiều trường hợp thuộc diện được hoàn thuế thu nhập cá nhân nhưng không làm hồ sơ hoàn thuế do nhiều thủ tục cũng như mất thời gian, điều này ảnh hưởng đến quyền lợi của người nộp thuế. Bên cạnh đó, để khắc phục tình trạng lợi dụng kẽ hở trục lợi rút tiền hoàn thuế, trong điều kiện cơ sở hạ tầng quản lý của ngành thuế như hiện nay, cần tận dụng mạnh mẽ hơn nữa công nghệ thông tin và cải cách thủ tục hành chính hơn nữa.
Khi Luật thuế TNCN sửa đổi, bổ sung được áp dụng từ ngày 01/7/2013 có nhiều điểm mới khắc phục những hạn chế của Luật cũ, cũng như có thêm những điều chỉnh cho phù hợp với tình hình thực tế, có thể sẽ có thêm những hướng dẫn cụ thể về thủ tục hồ sơ hoàn thuế theo hướng giảm bớt thủ tục. Cơ quan thuế sẽ tự động thực hiện các thủ tục hoàn thuế theo quy định mà không yêu cầu người nộp thuế phải làm hồ sơ hoàn thuế; thực hiện hoàn thuế trực tiếp bằng tiền mặt hoặc cho bù trừ vào số thuế phát sinh kỳ sau.
Cũng cần có quy định về nộp thuế, quyết toán thuế, hoàn thuế phù hợp, tránh lạm thu trước, hoàn thuế chậm. Trường hợp cá nhân tự nộp thuế, quyết toán thuế thì cần
đơn giản hóa thủ tục nộp, quyết toán, hoàn thuế. Ví dụ: nộp thuế bằng thẻ ATM, cơ quan thuế hoàn thuế vào tài khoản của cá nhân…