Bên cạnh những ưu điểm trên đây, công tác hạch toán chi phí xây dựng công trình trong DN còn gặp phải một số hạn chế sau:
* Về nhân lực thực hiện công tác kế toán:
Mặc dù với sự hỗ trợ bởi phần mềm kế toán, công tác kế toán tại Doanh nghiệp đã được giảm bớt đi rất nhiều nhưng với nguồn nhân lực hiện nay của Phòng Tài chính – Kế toán bao gồm: Kế toán trưởng và thủ quỹ, áp lực công việc đặt lên mỗi kế toán viên là rất nặng nề. Qua thời gian tìm hiểu thực tế tại DN em đã thấy sự thiếu nhân lực đã có lúc gây khó khăn trong việc cung cấp thông tin kịp thời cho các đối tượng sử dụng, trong việc phân công các phần hành cho từng cá nhân. Sự thiếu nhân lực thể hiện rõ nét vào cuối tháng khi thực hiện các công việc khóa sổ kế toán và lên BCTC. Các kế toán viên phải làm thêm giờ tuy vậy hiện nay chế độ đãi ngộ của Doanh nghiệp với lao động làm thêm giờ là chưa thỏa đáng. Điều này ít nhiều ảnh hưởng đến chất lượng, sự kịp thời của thông tin kế toán.
* Về phương pháp hạch toán chi phí sản xuất:
Công tác hạch toán chi phí sản xuất của Doanh nghiệp về cơ bản tuân thủ theo chế độ nhưng vẫn còn tồn tại một số hạn chế. Cụ thể:
Thứ nhất, nhiều khoản mục trong chi phí sản xuất còn bị hạch toán lẫn nhau hoặc hạch toán nhầm, không phản ánh đúng bản chất của các loại chi phí, tạo khó khăn trong công tác phân tích chi phí, cụ thể:
Chi phí nguyên vật liệu trực tiếp là các chi phí các vật liệu chính, vật liệu phụ, vật kết cấu, giá trị thiết bị kèm theo vật kiến trúc kèm theo tham gia cấu thành nên thực thể sản phẩm xây lắp. Trong nhiều trường hợp, tại một số công trình, nguyên vật liệu dùng cho máy thi công hay dùng cho mục đích chung, không tham gia cấu thành nên thực thể công trình vẫn được kế toán hạch toán như chi phí nguyên vật liệu trực tiếp. Việc chỉ sử dụng TK 154 ở mức độ chi tiết cấp 2 gây nhiều khó khăn cho việc theo dõi nguyên vật liệu khi mà chúng lại gồm nhiều loại khác nhau.
Thứ hai, công cụ, dụng cụ dùng cho sản xuất có thể tham gia vào nhiều chu kỳ sản xuất, sử dụng cho nhiều công trình khác nhau, tùy từng thời gian mà phân bổ nhưng kế toán lại chỉ tính vào chi phí trả trước dài hạn. Việc làm này vừa không tuân thủ nguyên tắc kế toán chung, vừa không quản lý được công cụ, dụng cụ sử dụng tại các công trình. Các công cụ, dụng cụ có thể sử dụng cho nhiều công trình khác nhau nhưng được hạch toán vào chi phí một công trình.
Thứ ba, Trong hoạt động xây dựng, các nhà thầu phải có trách nhiệm bảo hành công trình đã hoàn thành bàn giao. Bảo hành sản phẩm xây dựng là sự đảm bảo bắt buộc theo pháp luật đối với các nhà thầu xây dựng về chất lượng công trình xây dựng trong một thời gian nhất định. Nhà thầu xây dựng có trách nhiệm sửa chữa hư hỏng do lỗi trong quá trình thi công gây ra trong thời gian bảo hành công trình. Tuy nhiên công việc này chưa được thực hiện trong DN, điều này chưa tuân thủ đúng quy định của pháp luật.
Thứ tư, trên thực tế vì những lí do khách quan mà có những công trình bị tạm dừng thi công trong 1 thời gian, trong khi NVL vẫn để tại vị trí thi công mà không hề có chế độ bảo quản hợp lý. Điều này gây ra sự lãng phí lớn, mà kế toán lại không có hạch toán những hao hụt cũng như điều chỉnh nào.