Đài Loan vốn là một thuộc địa của Nhật Bản cho đến khi Chiến tranh thế giới lần thứ II kết thúc. Đến năm 1951, sau khi kí Hiệp ước Hòa bình San - Fransico, dưới sức ép của Mỹ, Nhật Bản đã công nhận và thiết lập quan hệ ngoại giao với Đài Loan. Tuy nhiên, đến năm 1972, khi Nhật Bản kí tuyên bố chung bình thường hóa quan hệ ngoại giao với nước Cộng hòa nhân dân Trung Hoa thì Nhật Bản đã tuyên bố công nhận Đài Loan là một phần lãnh thổ của Trung Quốc và cắt đứt quan hệ ngoại giao với Đài Loan, mà chỉ còn hạn chế duy trì mối quan hệ trong phạm vi kinh tế - văn hóa [2, tr.192]. Nhưng, sau khi Chiến tranh Lạnh kết thúc, quan hệ giữa Nhật Bản và Đài
Loan đã từng bước vượt qua phạm vi kinh tế - văn hóa, từng bước tăng cường trong lĩnh vực an ninh với mục đích kiềm chế Trung Quốc [45, tr.11]. Bởi vì Eo biển Đài Loan có ý nghĩa chiến lược về kinh tế và quân sự quan trọng đối với Nhật Bản và được ví như là "đường sinh mệnh" của Nhật Bản [45, tr.12]. Trước sự trỗi dậy của Trung Quốc và tình hình căng thẳng ở Eo biển Đài Loan khiến Nhật Bản lo lắng. Để kiềm chế Trung Quốc, Nhật Bản cần tăng cường hợp tác an ninh đối với Đài Loan. Nhật Bản xếp Đài Loan vào khu vực phòng ngự của mình. Tháng 6-1999, Nhật Bản đưa ra 3 dự luật, trong đó có "Dự luật xử lý tình hình khu vực xung quanh", đưa ra 6 tình huống về tình hình khu vực xung quanh Nhật Bản, trong đó bao gồm tình huống xảy ra xung đột vũ trang trong khu vực xung quanh Nhật Bản, nước khác xẩy ra nội loạn hoặc nội loạn mở rộng ra phạm vi quốc tế, không đơn thuần chỉ là vấn đề nội bộ trong nước, ám chỉ Eo biển Đài Loan. Ngày 19-2-2005, Tuyên bố chung Nhật Mỹ tại "hội đàm an ninh 2+ 2" đã khẳng định "mục tiêu chiến lược chung của Mỹ và Nhật Bản bao gồm việc giải quyết vấn đề liên quan đến Eo biển Đài Loan". Ngoài ra, Nhật Bản và Đài Loan thiết lập cơ chế giao lưu quân sự, kênh trao đổi thông tin tình báo trực tiếp. Bên cạnh đó, Nhật Bản hậu thuẫn Đài Loan mở rộng không gian sinh tồn quốc tế. Ví dụ, năm 2004, Nhật Bản công khai bỏ phiếu ủng hộ Đài Loan gia nhập WHO, trở thành nước lớn thứ hai trên thế giới ủng hộ Đài Loan gia nhập tổ chức này [25, tr.12].
Mặc dù trong tuyên bố ngoại giao, Nhật Bản ủng hộ hướng đến "một nước Trung Quốc" song trong thực tế, Nhật Bản luôn tăng cường quan hệ với Đài Loan vì mối quan hệ này đáp ứng được yêu cầu về kinh tế và an ninh chính trị đối với Nhật Bản. Tháng 12-1972, Nhật Bản thành lập "Hiệp hội giao lưu với Đài Loan và phía Đài Loan cũng thành lập "Hiệp hội giao lưu" đặt ở Tôkyô và trên thực tế, hai tổ chức này đã làm được rất nhiều việc để duy trì mối quan hệ không chính thức. Không chỉ là một trong những nhà đầu tư
hàng đầu mà Nhật Bản vẫn có quan hệ chính trị an ninh gần gũi với Đài Loan. Bắc Kinh phê phán Tôkyô là quá gần gũi với lực lượng theo đuổi độc lập cho Đài Loan. Và xem ra, về thực chất, có thể Nhật cũng chưa muốn Trung Quốc - Đài Loan hợp nhất, vì như thế sẽ trực tiếp ảnh hưởng đến môi trường an ninh xung quanh Nhật Bản. Việc có được môi trường ổn định xung quanh khu vực Eo biển Đài Loan có tầm quan trọng chiến lược đặc biệt đối với Nhật Bản vì nó đảm bảo điều kiện thuận lợi cho các con đường nhập khẩu nguyên liệu và hoạt động xuất nhập khẩu của Nhật Bản, 90% nguồn nguyên liệu và năng lượng, 100% nhiên liệu khí đốt của Nhật Bản phải vận chuyển qua con đường này. Do đó, từ góc độ chiến lược quốc gia, Nhật Bản không phải không muốn Đài Loan độc lập, nhưng cũng lo ngại một khi Eo biển Đài Loan xảy ra chiến tranh, Mỹ sẽ can thiệp, theo Hiệp ước an ninh Nhật - Mỹ, Nhật Bản phải cung cấp hậu cần, như thế sẽ tự gây khó cho mình. Chính vì vậy, hiện nay Nhật Bản càng mong muốn giữ được cục diện Eo biển Đài Loan "không thống nhất, không độc lập, không có chiến tranh" [25, tr.18].
Nhiều chuyên gia an ninh Mỹ và Nhật Bản lo ngại rằng nếu Trung Quốc kiểm soát Đài Loan, Trung Quốc sẽ sử dụng các cảng của Đài Loan cho những tầu ngầm có thể hoạt động tự do khắp vùng biển Tây Thái Bình Dương. Tầm quan trọng của Eo biển Đài Loan đã được các thường dân Nhật Bản công nhận trong thời gian diễn ra các cuộc tập trận tên lửa nhằm vào Đài Loan của Trung Quốc năm 1995- 1996, khi một số chuyến tàu buôn và chuyến bay vượt qua Eo biển Đài Loan đã bị hủy bỏ.
Liên kết với Đài Loan cũng chính là nhằm tạo vành đai khống chế sức mạnh của Trung Quốc đang trỗi dậy cạnh tranh vai trò với Nhật Bản. Điều này thể hiện rõ trong Tuyên bố chung vào tháng 2-2005 tại cuộc họp 2+ 2 giữa Ngoại trưởng và Bộ trưởng Quốc phòng hai nước Mỹ và Nhật Bản, xác định Đài Loan là "mục tiêu chiến lược chung" trong "Định nghĩa lại Hiệp ước
An ninh Mỹ - Nhật". Điều này, có nghĩa là trong trường hợp xảy ra chiến tranh ở Eo biển Đài Loan, Nhật sẽ đứng về phía Mỹ ủng hộ Đài Loan. Đây được xem là một sự thay đổi quan trọng nhất của Hiệp ước an ninh giữa hai nước kể từ năm 1996, bởi vì trước đó, các cuộc họp về phạm vi an ninh Mỹ - Nhật chỉ đưa ra khái niệm chung chung là "vùng xung quanh Nhật Bản". Bắc Kinh cũng kịch liệt phản đối sự việc chính phủ Nhật Bản đã cấp thị thực nhập cảnh cho cựu Tổng thống Đài Loan Lý Đăng Huy - nhân vật ủng hộ mạnh mẽ nhất chủ trương giành độc lập cho Đài Loan và là người bị Bắc Kinh coi là kẻ thù chính tới thăm Nhật Bản vào cuối năm 2004. Năm 2005, Quốc hội Nhật Bản đã thông qua luật miễn thị thực dành cho khách du lịch Đài Loan tới thăm Nhật Bản dưới 90 ngày, điều đó đồng nghĩa chính thức thừa nhận "hộ chiếu Đài Loan", thể hiện lập trường của Chính phủ Nhật đã coi Đài Loan là một "thực thể chính trị độc lập" [54, tr.4]. Luật miễn thị thực đã được thông qua bất chấp sự phản đối của Trung Quốc đại lục. Những việc làm kể trên của phía Nhật Bản không thể làm hài lòng Trung Quốc. Có thể thấy, trong tương lai, Nhật Bản sẽ tiếp tục gây sức ép cản trở Trung Quốc trong vấn đề thống nhất Đài Loan, qua đó ngăn không cho Trung Quốc có khả năng gây khó dễ cho các tàu thuyền chở hàng xuất nhập khẩu của Nhật Bản qua eo biển trên, đồng thời là một trong những điều kiện để Nhật Bản buộc Trung Quốc phải "mặc cả" với họ trên bàn thương lượng trong việc giải quyết những bất đồng giữa hai bên.
Việc Nhật Bản lợi dụng vấn đề Đài Loan để kiềm chế Trung Quốc tuy sẽ làm tăng khó khăn cho việc Trung Quốc xử lý vấn đề Đài Loan, khiến Trung Quốc không thể không nhắc tới vấn đề Đài Loan trong quan hệ với Nhật Bản, nhưng đồng thời cũng gây khó khăn cho việc Nhật Bản muốn tìm kiếm sự ủng hộ và hợp tác của Trung Quốc trong việc phát triển trở thành nước lớn về chính trị của mình.