Trong nhiều năm qua trờn khu vực hệ thống thủy lợi Bắc Nam Hà với cơ chế thị trường và quỏ trỡnh cụng nghiệp hoỏ, hiện đại hoỏ nụng thụn, đụ thị phỏt triển nhanh chúng đó sớm gõy ra nhiều nguồn ụ nhiễm cho chất lượng nước của hệ thống. Dựa trờn việc xỏc định cỏc nguồn gõy ụ nhiễm và kết quả phõn tớch chỉ tiờu chất lượng nước tại cỏc vị trớ quan trắc, cú thể phõn thành cỏc vựng ụ nhiễm chớnh sau :
-Vựng ụ nhiễm cụng nghiệp và làng nghề: Bao gồm cỏc vựng ven Phủ Lý và thành phố Nam Định. hầu hết cỏc khu cụng nghiệp khụng cú hệ thống xử lý nước thải trước khi xả ra mụi trường. Một số vựng cú hoạt động làng nghề thủ cụng như xó Hoà Hậu, huyện Lý Nhõn, khu vực làng nghề khảm gỗ, mõy tre đan ở Yờn Tiến, Yờn Ninh, khu làng nghề sơn, làm mỹ nghệ ở í Yờn...Nguồn thải từ cỏc làng nghề hầu như khụng được xử lý mà thường thải trực tiếp ra hệ thống kờnh, sụng.
-Vựng ụ nhiễm nụng nghiệp: Hệ thống thủy nụng Bắc Nam Hà chủ yếu phục vụ
trong lượng nước hồi quy chứa nhiều nồng độ cỏc chất ụ nhiễm như nồng độ thuốc bảo vệ thực vật, thuốc trừ sõu.
-Vựng ụ nhiễm sinh hoạt: Hệ thống thủy nụng Bắc Nam Hà đi qua nhiều khu dõn cư, đụ thị chủ yếu là thị xó Phủ Lý và thành phố Nam Định, chất lượng nước ở những khu vực này diễn biến phức tạp, hiện tại chất lượng nước kộm. Điển hỡnh nhất là khu vực thành phố Nam Định, nước thải được tập trung vào hệ thống kờnh tiờu để tập trung về hai trạm lớn là Kờnh Gia ở phớa nam và Quỏn Truột ở phớa đụng bắc thành phố, ụ nhiễm nặng vào mựa khụ.
-Vựng ớt ụ nhiễm: Là vựng ớt bị tỏc động bởi hoạt động của con người, nồng độ cỏc chất ụ nhiễm trong nước ớt , trong khả năng cho phộp của qui chuẩn.