Sau khi thực hiện cỏc bước nờu trờn, cụng ty tiến hành mở tờ khai hải quan thực hiện thủ tục hải quan khi cụng ty nhận được thụng bỏo hàng về từ Hải quan cửa khẩu Hải Phũng và bộ chứng từ thanh toỏn của ngõn hàng. Cỏn bộ chuyờn trỏch nghiệp vụ xuất nhập khẩu sẽ kờ khai một cỏch đầy đủ chi tiết, chớnh xỏc những thụng tin liờn quan đến lụ hàng nhập khẩu theo nội dung yờu cầu trờn tờ khai nhập khẩu với mục đớch kinh doanh. Bộ hồ sơ khai hải quan theo hỡnh thức này được quy định rừ trong thụng tư 194/BTC/2010.
Hiện nay, cụng ty sẽ khai tờ khai hải quan điện tử trờn website của cơ quan hải quan. Sau đú, sẽ in riờng một tờ khai khỏc để nộp trực tiếp cho cơ quan hải quan và tiến hành cỏc thủ tục tiếp theo. Nhõn viờn cụng ty cú thể dựa vào mó số hàng húa, thuế suất để tớnh thuế cho lụ hàng theo phương thức trị giỏ giao dịch. Cụng ty nhập khẩu mặt hàng găng tay cao su nhiều nhất từ Malaysia và được ỏp dụng thuế ưu đói đặc biệt là 0% nếu cú C/O form D cũn nếu khụng cú thỡ sẽ phải chịu mức thuế là 20%. Mức thuế VAT cho tất cả cỏc mặt hàng nhập khẩu là 10%.
Tiếp theo cơ quan Hải quan sẽ gửi thụng bỏo thuế tới cụng ty và thụng bỏo kiểm tra hàng trong trường hợp cần kiểm tra thực tế hàng húa. Khi đú, cụng ty sẽ sắp xếp và tổ chức hàng húa cú hệ thống theo địa điểm và thời gian theo đỳng yờu cầu của cơ quan Hải quan. Cơ quan Hải quan sẽ kiểm tra trọng
lượng, số lượng hàng xem cú phự hợp với tờ khai hay khụng, kiểm tra sự sắp xếp hàng húa trong container, kiểm tra trong từng kiện hàng xem cú đỳng với chủng loại hàng húa mà cụng ty đó khai trong tờ khai hay khụng. Cụng ty sẽ thanh toỏn những chi phớ phỏt sinh trong quỏ trỡnh làm thủ tục kiểm tra hàng húa.
Nếu hàng húa đủ điều kiện khụng gặp vấn đề gỡ trong quỏ trỡnh kiểm tra thực tế hàng húa, cơ quan hải quan sẽ tớnh lại số thuế xem cú đỳng với số thuế cụng ty tớnh hay khụng. Tiếp đến, cụng ty sẽ tiến hành nộp cỏc khoản tiền thuế nhập khẩu, thuế VAT cựng cỏc khoản lệ phớ thụng quan cho lụ hàng nhập khẩu. Cỏn bộ Hải quan sẽ đúng dấu “Đó làm thủ tục hải quan” lờn trang đầu tờ khai và giao cho cụng ty nhận 1 bản tờ khai hải quan và cỏc giấy tờ khỏc như thụng bỏo nộp thuế và cỏc khoản lệ phớ, biờn lai nộp lệ phớ. Cụng ty được phộp nhận hàng dưới sự giỏm sỏt của cơ quan hải quan. Nếu phỏt hiện cú sai sút khụng phự hợp với nội dung ghi trờn tờ khai hải quan về số lượng, trọng lượng của hàng húa nhập khẩu, hải quan sẽ yờu cầu đại diện của cụng ty phải khai lại tờ khai cho phự hợp với lụ hàng nhập khẩu sau đú mới được phộp thụng quan.
Trờn thực tế, tại cụng ty do số lượng cụng việc ngày càng nhiều, để đảm bảo tớnh hiệu quả trong kinh doanh nếu trong trường hợp cỏn bộ xuất nhập khẩu của cụng ty khụng trực tiếp thực hiện cụng tỏc làm thủ tục Hải quan, cụng ty sẽ thuờ riờng một đại lý hải quan chuyờn thực hiện thủ tục hải quan cho cỏc lụ hàng nhập khẩu của mỡnh. Việc thuờ đại lý hải quan khụng những giỳp cụng ty khai đỳng, đủ và chớnh xỏc mà cũn giỳp cụng ty tiết kiệm được chi phớ và thời gian thụng quan hàng húa.