Theo quy hoạch phát triển cơ sở hạ tầng giai đoạn I, khu công nghiệp đã xây dựng công trình xử lý nước thải tập trung với công suất 3.000m3/ngày đêm và đã lắp
đặt hệ thống quan trắc tự động đối với các thông số đặc trưng (như pH, DO, TSS, COD,…) để theo dõi chất lượng nước thải đầu ra của hệ thống xử lý nước thải tập trung của khu công nghiệp. Hiện tại trong khu công nghiệp có 95 dự án đang hoạt động với tổng lượng nước thải phát sinh vào khoảng 8.800m3/ngày đêm (cả nước thải sinh hoạt và nước thải công nghiệp), trong đó:
-> Có 77 dự án trong khu công nghiệp đã được đấu nối thu gom nước thải vào hệ thống chung và được xử lý tại nhà máy xử lý nước thải tập trung của khu công nghiệp với lưu lượng khoảng 2.000m3/ngày đêm.
-> Nước thải của 02 dự án là Công ty TNHH Pulppy Corelex Việt Nam, khoảng 5.500m3/ngày đêm, và Công ty Cổ phần Đầu tư phát triển công nghệ rượu bia NGK Hà Nội, khoảng 1.000 m3/ngày đêm, đáp ứng điều kiện được miễn trừđấu nối theo quy định tại Nghị định số 88/2007/NĐ-CP ngày 28/5/2007 của Thủ tướng Chính phủ về thoát nước đô thị và khu công nghiệp, được xử lý bằng hệ thống xử lý nước thải riêng và được phép xả thải trực tiếp vào môi trường.
-> Còn 16 dự án, với lượng nước thải phát sinh khoảng 300m3/ngày đêm, chủ
yếu là nước thải sinh hoạt, chưa đấu nối vào hệ thồng thu gom, xử lý chung của khu công nghiệp mà do các chủ dự án xử lý bằng hệ thống xử lý nước thải nội bộ trước khi xả thải ra ngoài môi trường. Đây là các dự án nằm trong số 29 dự án được Ủy ban nhân dân tỉnh Hưng Yên cấp phép đầu tư trước khi thành lập khu công nghiệp.
Quy trình xử lý nước thải tại nhà máy xử lý nước thải tập trung như sau: Ngăn tách cát -> Bể điều hòa -> Bể phản ứng -> Bể lắng cuối -> Bể khử trùng -> Xả ra kênh.