Các doanh nghiệp hoạt động du lịch trên địa bàn tỉnh chủ yếu là xây dựng cổng để thu tiền vé chứ ít chú trọng việc phát triển cơ sở hạ tầng du lịch cũng như thay đổi nội dung chương trình hoạt động dẫn đến tình trạng các tài nguyên thiên nhiên bị khai thác một cách lãng phí và kém hiệu quả. Rác thải do hoạt động tham quan của du khách và các cơ sở kinh doanh du lịch làm ảnh hưởng đến nguồn nước và môi trường xung quanh gây nên tác động xấu cho ngành du lịch của tỉnh ảnh hưởng đến việc phát triển du lịch. Với chủ trương của tỉnh là phát triển du lịch bền vững nhưng với thực trạng hiện nay các khu du lịch đang bị khai thác một cách quá lãng phí, và tình trạng ô nhiểm chẳng mấy chốc các tài nguyên du lịch ở Đăk Lăk sẽ có nguy cơ ô nhiểm nặng.
Ngòai ra các cơ quan chức năng vẫn chưa có những phương án đảm bảo an toàn cho du khách khi đến tham quan các khu du lịch, dẫn đến nhiều trường hợp đau lòng xảy ra, nhiều du khách thiệt mạng khi đi chơi thác, voi quật chết và làm bị thương du khách xảy ra hàng năm nhưng không có công tác đảm bảo an toàn cho du khách khiến thực trạng nhức nhối này diễn ra hàng năm. Điều đáng lưu tâm nữa
là hầu hết voi Bản Đôn phục vụ cho ngành du lịch, làm việc theo ca kíp y như công
nhân nhà máy. Suốt ca trực voi đứng chờ khách, chở khách vượt sông, đi dạo trong rừng . Đến hết ca voi được thả vào rừng với hai chân bị cùm vì chủ voi không muốn voi di chuyển xa đến ca trực không kịp đưa voi về. Tình trạng đàn voi ở Bản Đôn ngày càng bị giảm về số lượng do vừa phải phục vụ du lịch mà còn phải tham gia vào hoạt động sản xuất.
Hoạt động du lịch cũng bị ảnh hưởng từ các dự án thuỷ điện.Tại phiên chất vấn kỳ họp thứ 2 HĐND tỉnh Đắc Lắc, sáng 19-8, nhiều đại biểu lo ngại dự án Thủy điện Sêrêpốc 4A (công suất 64MW, xây dựng tại huyện Buôn Đôn) của Công ty CP Điện Buôn Đôn sẽ gây ảnh hưởng lớn đến môi trường và du lịch.Theo các đại biểu, khi thủy điện đi vào hoạt động, một đoạn sông Sêrêpốc dài khoảng 23km (chảy qua Vườn quốc gia Yok Đôn) sẽ cạn kiệt nước vào mùa khô, có thể lội bộ qua vườn một
cách dễ dàng, tạo điều kiện cho lâm tặc vào vườn săn bắt thú và phá rừng. Trong khi đó, Khu du lịch Cầu Treo (nằm cạnh sông Sêrêpốc) của huyện cũng sẽ bị “treo” vào mùa khô vì sông Sêrêpốc cạn nước.