Năm 1996 bắt đầu triển khai chủ trương phân cấp quản lý nhà nước về ĐTNN. Luật ĐTNN sửa đổi năm 1996 bên cạnh việc quy định nguyên tắc nhất quán Chính phủ thống nhất quản lý nhà nước về ĐTNN cũng đã bổ sung việc Chính phủ quy định việc cấp Giấy phép đầu tư (GPĐT) của Bộ Kế hoạch và Đầu tư và
quyết định phân cấp cấp GPĐT cho Ủy ban nhân dân cấp tỉnh có đủ điều kiện. Chủ trương này đã đánh dấu mốc quan trọng trong cải tiến công tác quản lý Nhà nước đối với hoạt động ĐTNN, chuyển từ cơ chế tập trung mọi vấn đề cấp, điều chỉnh GPĐT ở một đầu mối là Bộ Kế hoạch và Đầu tư sang cơ chế phân cấp cho Ủy ban Nhân dân (UBND) cấp tỉnh nhằm xử lý tại chỗ các vấn đề cấp phép đối với dự án có quy mô vừa và nhỏ, các dự án đã phù hợp với quy hoạch được duyệt; nâng cao trách nhiệm và hiệu quả của công tác quản lý hoạt động ĐTNN tại địa phương. Như vậy, khu vực kinh tế nước ngoài là một trong những khu vực kinh tế đầu tiên triển khai chủ trương phân cấp quản lý để đẩy mạnh cải cách hành chính nhà nước.[35]
Tại Quyết định 386/1997/QĐ-TTg ngày 7/6/1997 của TTCP, việc cấp GPĐT được ủy quyền cho UBND 8 tỉnh/thành phố có đủ điều kiện là: Hà Nội, TP Hồ Chí Minh, Hải Phòng, Đà Nẵng, Bà Rịa-Vũng Tàu, Đồng Nai, Bình Dương, Quảng Ninh. Tiếp theo, tại Quyết định số 41/1998/QĐ-TTg ngày 20/2/1998 của TTCP, 8 tỉnh/thành phố được phân cấp cấp GPĐT là Hà Tây, Hải Dương, Thanh Hóa, Nghệ An, Thừa Thiên Huế, Quảng Nam, Khánh Hòa, Lâm Đồng. Nội dung phân cấp bao gồm:
- Quy định các điều kiện đối với các dự án thuộc diện phân cấp, trong đó quy định quy mô vốn đến 10 triệu USD đối với các dự án đầu tư trên địa bàn thành phố Hà Nội và thành phố Hồ Chí Minh và đến 5 triệu đối với các dự án tại các địa phương còn lại.
- Quy định loại dự án không được phân cấp: dự án thuộc nhóm A, thuộc lĩnh vực hạn chế và dự án trong KCN-KCX
- Quy định về hồ sơ dự án, về chế độ thẩm định cấp và điều chỉnh GPĐT đối với dự án thuộc phạm vi phân cấp và chế độ báo cáo về việc cấp và điều chỉnh GPĐT trên địa bàn;
- Quy định cho Bộ Thương mại (cũ) thực hiện ủy quyền cho UBND các địa phương trên về việc duyệt kế hoạch xuất nhập khẩu đối với doanh nghiệp ĐTNN trên địa bàn nằm ngoài KCN;
- Quy định cho Bộ KHĐT thực hiện ủy quyền việc cấp GPĐT cho các Ban quản lý KCN.
Sau hơn 1 năm thực hiện, trên cơ sở tổng kết thực hiện phân cấp GPĐT theo các Quyết định trên, ngày 1/12/1998, TTCP đã ban hành Quyết định số 233/1998/QĐ-TTg phân cấp cho tất các UBND cấp tỉnh/thành phố cấp và điều chỉnh GPĐT đối với các dự án ĐTNN trên địa bàn.
Luật Đầu tư nước ngoài (sửa đổi năm 2000) và Nghị định 24/2000/NĐ-CP, Nghị định số 27/2003/NĐ-CP ngày 19/3/2003 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật ĐTNN tại Việt Nam mở rộng phạm vi phân cấp từ chỗ chỉ phân cấp khâu cấp và điều chỉnh GPĐT đến phân cấp toàn bộ quá trình quản lý nhà nước về hoạt động FDI. Nội dung phân cấp bao gồm:[9]
- Căn cứ vào quy hoạch phát triển kinh tế - xã hội đã được duyệt, lập và công bố danh mục dự án thu hút FDI tại địa phương; tổ chức vận động và xúc tiến đầu tư
- Tham gia thẩm định dự án FDI tại địa phương;
- Tiếp nhận dự án đầu tư, thẩm định và cấp GPĐT cho các dự án FDI tại địa phương theo sự phân cấp của Chính phủ;
- Giải quyết các thủ tục hành chính liên quan đến hình thành, triển khai, thực hiện dự án đầu tư thuộc thẩm quyền;
- Quản lý nhà nước trên địa bàn lãnh thổ đối với hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp có vốn FDI, các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh;
- Kiểm tra, thanh tra hoạt động của các doanh nghiệp có vốn FDI, các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh.
Luật Đầu tư năm 2005 xác định việc phân cấp mạnh cho UBND cấp tỉnh và Ban quản lý Khu Công nghiệp, Khu chế xuất, Khu Công nghệ cao và Khu kinh tế
cấp GCNĐT cũng như quản lý hoạt động đầu tư và giảm bớt những dự án phải trình Thủ tướng Chính phủ. Thủ tướng Chính phủ chỉ chấp thuận về nguyên tắc đối với một số dự án quan trọng chưa có trong quy hoạch, hoặc chưa có quy hoạch. Những dự án đã có trong quy hoạch được duyệt và đáp ứng các điều kiện theo quy định của pháp luật và điều ước quốc tế cũng như các dự án còn lại sẽ do UBND cấp tỉnh và Ban quản lý tự quyết định và cấp GCNĐT.
Luật Đầu tư năm 2005 và Nghị định số 108/2006/NĐ-CP ngày 22 tháng 9 năm 2006 của Chính phủ Quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Đầu tư năm 2005 đã quy định rất cụ thể về quyền hạn và trách nhiệm của các cơ quan có thẩm quyền trong việc quản lý Nhà nước về ĐTNN.