Trong nước thiên nhiên có nhiều loại vi trùng, siêu vi trùng, rong tảo và các loài thủy vi sinh khác. Tùy theo tắnh chất, các loại vi sinh trong nước có
Trường đại Học Nông Nghiệp Hà Nội Ờ Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp 24 thể vô hại hoặc có hạị Nhóm có hại bao gồm các loại vi trùng gây bệnh, các loài rong rêu, tảoẦNhóm này cần phải loại bỏ khỏi nước trước khi sử dụng.
Các vi trùng gây bệnh như lỵ, thương hàn, dịch tảẦthường khó xác ựịnh chủng loạị Trong thực tế hóa nước thường xác ựịnh chỉ số vi trùng ựặc trưng. Trong chất thải của người và ựộng vật luôn có loại vi khuẩn Ẹcoli sinh sống và phát triển. Sự có mặt của Ẹcoli trong nước chứng tỏ chứng tỏ nguồn nước ựã bị ô nhiễm bởi phân rác, chất thải của người và ựộng vật và như vậy cũng có khả năng tồn tại các loại vi trùng gây bệnh khác. Số lượng Ẹcoli nhiều hay ắt tùy thuộc mức ựộ nhiễm bẩn của nguồn nước. đặc tắnh của khuẩn Ẹcoli là khả năng tồn tại cao hơn các loại vi khuẩn, vi trùng gây bệnh khác nên nếu sau khi xử lý nước, nếu trong nước không còn phát hiện thấy Ẹcoli thì ựiều ựó chứng tỏ các loại vi trùng gây bệnh khác ựã bị tiêu diệt hết. Mặt khác, việc xác ựịnh số lượng Ẹcoli thường ựơn giản và nhanh chóng nên loại vi khuẩn này thường ựược chọn làm vi khuẩn ựặc trưng trong việc xác ựịnh mức ựộ nhiễm bẩn do vi trùng gây bệnh trong nước.
Người ta phân biệt trị số Ẹcoli và chỉ số Ẹcolị Trị số Ẹcoli là ựơn vị thể tắch nước có chứa 1 vi khuẩn Ẹcolị Chỉ số Ẹcoli là số lượng vi khuẩn Ẹcoli có trong 1 lắt nước. Tiêu chuẩn nước cấp cho sinh hoạt ở các nước tiên tiến qui ựịnh trị số Ẹcoli không nhỏ hơn 100 ml, nghĩa là cho phép chỉ có 1 vi khuẩn Ẹcoli trong 100 ml nước (chỉ số Ẹcoli tương ứng là 10). TCVN qui ựịnh chỉ số Ẹcoli của nước sinh hoạt phải nhỏ hơn 20.