Thứ nhất: Về bộ máy kế toán: Tuy có sự phân công rõ ràng nhưng chưa phù hợp. Một nhân viên kế toán còn kiêm nhiệm nhiều chức năng một lúc dẫn đến hiệu quả công việc chưa cao. Ví dụ như phó phòng kế toán vừa phải giúp kế toán trưởng tổng hợp báo cáo, vừa phải chuẩn bị các giấy tờ cho việc nhập khẩu hàng hóa dẫn đến ôm đồm quá nhiều việc nên không thể tránh được sai sót, làm chậm trễ công việc. Kế toán phụ trách tiền gửi ngân hàng còn phải thực hiện phân tích tình hình tài chính công ty, vì vậy không thể làm việc hiệu quả nhất được.
Thứ hai: Công ty áp dụng tính giá hàng tồn kho theo phương pháp nhập trước – xuất trước. Nhược điểm của phương pháp tính giá vốn nhập trước – xuất trước là làm cho doanh thu hiện tại không phù hợp với chi phí hiện tại, hơn thế phải theo dõi được hàng hóa theo từng lần nhập, tính toán phức tạp, đối với mặt hàng có biến động giá mạnh mà hàng tồn kho nhiều thì đơn giá xuất kho sẽ chênh lệch lớn với đơn giá hàng hóa theo giá thị trường hiện tại (đơn giá xuất không được cập nhật).
Thứ ba: Toàn bộ chi phí phát sinh trong quá trình mua hàng được công ty hạch toán vào TK 1562 “chi phí mua hàng” và các khoản chi phí này được treo trên TK 1562 tới cuối kỳ kế toán mới thực hiện kết chuyển hết vào chi phí bán hàng mà không thực hiện phân bổ cho số hàng xuất bán. Do vậy chưa phản ánh đầy đủ giá vốn thực tế hàng xuất bán và không đảm bảo nguyên tắc phù hợp khi ghi nhận doanh thu và chi phí.
Thứ tư: Phương thức bán hàng chủ yếu của công ty An Phát là bán trực tiếp cho các khu công nghiệp. Theo hình thức này thì khách hàng thường mua với
số lượng lớn và thường là thanh toán chậm. Vì vậy việc thu hồi vốn gặp khó khăn. Tuy nhiên việc cung cấp thông tin về công nợ hay khách hàng cho ban quản trị, phòng kinh doanh còn chưa kịp thời. Có những khách hàng công nợ vẫn còn tồn đọng nhiều.
Thứ năm: Do mặt hàng chủ yếu mà công ty cung cấp là các thiết bị công nghiệp, các mặt hàng này một phần chịu ảnh hưởng của công nghệ tiên tiến nên dễ bị lỗi thời, giảm giá. Nhưng công ty lại không tiến hành lập dự phòng giảm giá hàng tồn kho.