Huyện Cần Giờ là khu vực nằm ven biển nên vùng nội đồng bị xâm nhập mặn thường xuyên. Qua cuộc điều tra phỏng vấn 60 hộ dân tại 2 xã An Thới Đông, Bình Khánh và theo nguồn cung cấp thông tin từ phòng TNMT thì các nguyên nhân dẫn tới xâm nhập mặn tại huyện Cần Giờ chủ yếu là:
Do địa hình: Huyện Cần Giờ nằm ở vùng cửa sông và giáp với biển, chịu ảnh hưởng trực tiếp của chế độ bán nhật triều từ biển Đông truyền vào, chế độ bán nhật triều không đều mỗi ngày xuất hiện 2 lần nước lên và nước xuống, số lần nhật triều trong tháng hầu như không đáng kể. Các sông rạch của huyện đều đóng vai trò “kênh dẫn triều” đưa nước mặn xâm nhập khắp địa bàn huyện làm cho khối nước mặt và nước ngầm đều bị nhiễm mặn quanh năm. Các sông lớn như sông Lòng Tàu, sông Soài Rạp… đều có đáy sông thấp hơn mặt nước biển, độ dốc lòng sông rất bằng phẳng, biên
độ thủy triều cao (khoảng 3m ở biển Đông).
Do hiện tượng tự nhiên: nguyên nhân dẫn tới hiện tượng xâm nhập mặn phải kể đến tiếp theo là hạn hán và nóng nắng kéo dài làm cho lưu lượng sông thấp, đây chính là lý do gây xâm nhập mặn trong sông ngòi. Các đợt triều cường dâng cao kết hợp với gió chướng thổi mạnh thì độ mặn vùng cửa sông và trong kênh rạch càng gia tăng. Tốc
độ xâm nhập mặn vào đất liền hàng năm là 0,5 – 1 km, thời gian nhiễm mặn cao nhất thường từ tháng 01 đến tháng 03.
Các công trình thủy lợi không phát huy hiệu quả: toàn huyện đều có các hệ
thống cống bao ngăn mặn, nhưng vào mùa khô vẫn bị mặn xâm nhập lý do là vì các cống và đê bao đều xây dựng quá lâu, các công trình đều bị hư hại. Việc hoàn chỉnh hệ
nước ngọt tại sông Lòng Tàu và sông Soài Rạp ít đi, mực nước sông thấp hơn so với mực nước biển sẽ làm cho mặn xâm nhập sâu hơn vào sông.
Do hoạt động nuôi tôm: Đất trồng lúa nhiễm mặn, năng suất thu hoạch rất thấp dẫn đến việc chuyển đổi đất nông nghiệp sang nuôi tôm một cách tự phát đã làm cho diễn biến mặn hóa ngày càng trầm trọng. Nhiều khu vực đã đào ao dẫn mặn vào để
nuôi tôm và tình trạng khai thác nước ngầm quá mức làm nguồn nước ngầm nhiễm mặn. Việc nuôi tôm không làm cho nước tăng độ mặn nhưng lại làm cho mặn lấn sâu hơn vào nội đồng.