Một vấn đề cĩ liên quan chặt chẽ tới cơng tác quản lý là vấn đề loại hình tổ chức nào là phù hợp nhất để thực hiện và điều hành dự án thành cơng. Vấn đề này thường chủ yếu nằm trong hai lĩnh vực sau – tổ chức nào là thích hợp trong giai đoạn điều hành dự án và loại hình tổ chức nào thích hợp cho giai đoạn hậu dự án.
Ở giai đoạn xây dựng dự án, vấn đề then chốt thường là cần thêm sự giúp đỡ của tổ chức bên ngồi. Ở giai đoạn điều hành dự án, một trong những vấn đề được quan tâm nhất là trách nhiệm và quyền lực nên tập trung hay phân quyền, phân cấp. Câu trả lời tùy thuộc quy mơ dự án, địa bàn hoạt động, mức độ chuyên mơn hĩa của nhân sự và số lượng cán bộ được phân quyền. Một dự án, cho dù là dự án mở rộng hay được xây dựng mới, thường là khơng tránh được việc phải hoạt động trong một điều kiện thay đổi so với trước. Do đĩ, tổ chức hiện nay cần phải được xem xét kỹ để đánh giá nĩ cịn thích hợp với mơi trường hoạt động mới hay khơng.
Các cơng tác quản lý nội bộ phải được xem xét vì chúng là cơ sở để hình thành một tổ chức hợp lý. Để chức năng quản lý cĩ hiệu quả, cơ cấu tổ chức phải cĩ khả năng thực hiện các báo cáo nhanh về tình hình hoạt động hiện tại và kế hoạch hoạt động trong tương lai, khi đĩ mới cĩ thể giải quyết được các khĩ khăn mới phát sinh.
Cuối cùng, việc phân tích cơ cấu tổ chức phải bao gồm các vấn đề tổ chức chương trình đào tạo, huấn luyện cho tồn thể nhân viên để nâng cao trình dộ cho phù hợp, tương xứng với quy mơ, máy mĩc thiết bị hiện đại.
