4. Ý nghĩa khoa học
3.2.5. So sánh trình tự nucleotit giữa DREB5 của Xanh tiên đài Việt Nam và
bằng phần mềm Bioedit
Kết quả so sánh trình tự nucleotit của gen DREB5 của giống đậu tƣơng Xanh Tiên Đài – Việt Nam với gen DREB5 của giống đậu tƣơng Trung Quốc có mã số EF583447.1 (Genbank) đƣợc trình bày ở hình 3.11
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
10 20 30 40 50
EF 583447 ATGCAATTCC CTCACCAATT TGGAACCACA ACAAACTCAC CTTTCCCTCA
Xanhtiendai ATGCAATTCC CTCACCAATT TGGAACCACA ACAAACTCAC CTTTCCCTCA
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
60 70 80 90 100
EF 583447 CCCATCTTTC CAAAACCAGC AACACCAGAT GATATCATTT GGGTCTTCCC
Xanhtiendai CCCATCTTTC CAAAACCAGC AACACCAGAT GATATCATTT GGGTCTTCCC
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
110 120 130 140 150
EF 583447 AACAACATAA TAATCTCGCA TATCCACCCA TCATAGCCAG TGATTCTTCT
Xanhtiendai AACAACATAA CAATCTCGCA TATCCACCAA TCATAGCCCG AGATTCTTCT
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
160 170 180 190 200
EF 583447 TCACTTCTAC ATCAACATCA TCATCATCAA CAGCAGCATC AGCAGCACCA
Xanhtiendai TCACTTGTAC ATCATCATCA TCAACAACAA CAACAGCATC AGC---
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
210 220 230 240 250
EF 583447 GCAGCAACTT CTTCAGTATT GGAGTGACGC GTTGAATCTA AGTCCAAGAG
Xanhtiendai --AGCAACTT CTTCAGTATT GGAGTGGCGC GTTGAATCTA AGTCCAAGAG
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
260 270 280 290 300
EF 583447 GAATGTTAAC AAGATTGGGA CCAGATGGAA GGCCATTGTT TAGGCTTCCA
Xanhtiendai GAATGTTAAC AAGGTTGGGG CCAGATGGAA GGCCATTGTT TAGTCCTCCA
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
310 320 330 340 350
EF 583447 ACACAGCCCA TAAACACAAC AAAACTCTAT AGAGGAGTGA GGCAACGCCA
Xanhtiendai ACACAGCGCA TAAACACAAC AAAACTCTAT AGGGGAGTGA GGCAACGCCA
EF 583447 TTGGGGGAAA TGGGTCGCTG AAATCCGTCT TCCACGAAAC AGAACGCGTC
Xanhtiendai TTGGGGCAAA TGGGTCGCTG AAATCCGTCT TCCACGAAAC AGAACGCGTC
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
410 420 430 440 450
EF 583447 TCTGGCTAGG CACATTTGAC ACGGCCGAAG ACGCCGCCAT GGCCTACGAC
Xanhtiendai TCTGGCTAGG CACATTTGAC ACGGCCGAAG ACGCCGCCAT GGCCTACGAC
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
460 470 480 490 500
EF 583447 CGAGAAGCCT TCAAGCTACG AGGAGAGAAT GCTAGACTCA ATTTCCCAGA
Xanhtiendai CGCGAAGCCT TCAAGCAACG AGGAGAGAAT GCAAGGCTCA ATTTCCCCGA
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
510 520 530 540 550
EF 583447 ATTGTTCCTC AACAAGGACA AAAAAGAAGA ACAACAACAA CAAGAACAAG
Xanhtiendai ATTGTTCTTC AACAAGGACA AAAAAG---- ---AACAA GGAGAAGAAG
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
560 570 580 590 600
EF 583447 AAGCTTCTTC GCCAGTTCTT TCAGCTATTG CAAAGCAGCA TGAGCCTTCT
Xanhtiendai AAGCTTCTTC GCCGGTTCTT TCGGCTATTG CAAAGCAGAA TGAACCTCCT
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
610 620 630 640 650
EF 583447 AGTG---AAC ACCGTGACGT CCCCATAGAA GAGTCTAATG AGAATGATTC
Xanhtiendai CCTGCCCACC ACCGTGACGT CACGATAGAA GAGTCTAACG AAAATGACTC
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
660 670 680 690 700
EF 583447 GGGTGACGCC ACGGTGAGCG ATGA---CCA GGTTCATGCT ACTACTGAGA
Xanhtiendai AGGTGACGCC ACCGTGAGCG ACGAGGTTCA TGCTCCTGCT GCTACAGCGA
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
710 720 730 740 750
EF 583447 GTTCCGAAGG AGTTTCTCAG GAAATGGTTT GGGGAGAAAT GTCTGCATGG
Xanhtiendai GTTCCGAAGG GGTTTCTCAG GAACTGGTTT GGGGAGAAAT GTCTGCATGG
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
760 770 780 790 800
EF 583447 TTCAATGCTA TTCCTGCTGC TTGGGGTCCT GGTAGTCCCA TGTGGGATGA
Xanhtiendai TTCAATGCTA TTCCTGCTGC TTGGGGTCCT GGTAGTCCCA TGTGGGATGA
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
810 820 830 840 850
EF 583447 TTTGGATGCC ACCAATAATC TTCTTTGCCA ATCACACATT CCTTTTTCCA
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
860 870 880 890 900
EF 583447 ATCCCAATCA ACAAGAACTC AATGATGCTG A--- GAGACAAGAA
Xanhtiendai ATCCCAATCA ACAACAGTTC AATGATGCTG ATGATGCTCA GAGACAGGAA
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ..
910 920 930 940
EF 583447 CAAAACACTG GACCAGGTTA CTTGTGGAAG GATCAGGATT GA
Xanhtiendai CAAAACACAG GACCAGGTTA CCTGTGGAAG GATCAGGATT GA
Hình 3.11. So sánh trình tự gen DREB5 của giống đậu tƣơng Xanh Tiên Đài
của Việt Nam và EF 583447 có trong ngân hàng gen quốc tế từ giống đậu tƣơng của Trung Quốc
Theo hình 3.11 chúng tôi xác định đƣợc những vị trí khác nhau về trình tự nucleotit nhƣ sau:
- Gen DREB Xanh Tiên Đài của Việt Nam đã không có nucleotit ứng với vị trí từ 193 đến 202 (AGCACCA GC)và từ vị trí 527 đến 535 (AAGA ACAAC)so với EF583447
- EF583447 của Trung Quốc không có nucleotit ứng với vị trí từ 605 đến 607 (CCC) 675 đến 677 (GGT)và từ 882 đến 890 (TGATGCTCA)
Theo kết quả này chúng tôi đã xác định đƣợc sự tƣơng đồng về trình tự gen DREB5 của hai giống đạt 90,4%
Việc nghiên cứu về một gen nào đó, ngoài trình tự nucleotit ngƣời ta còn quan tâm đến trình tự axit amin trong phân tử protein là sản phẩm của của gen đó.
Trên cơ sở này cũng bằng phần mềm BioEdit chúng tôi đã tiến hành so sánh trình tự axit amin suy diễn tạo ra từ gen DREB5 của giống đậu tƣơng Xanh Tiên Đài Việt Nam và gen DREB5 có mã số EF 583447.1 trong ngân hàng gen có nguồn gốc từ Trung Quốc đƣợc trình bầy ở hình 3.12
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
10 20 30 40 50
EF 583447 MQFPHQFGTT TNSPFPHPSF QNQQHQMISF GSSQQHNNLA YPPIIASDSS
Xanhtiendai MQFPHQFGTT TNSPFPHPSF QNQQHQMISF GSSQQHNNLA YPPIIARDSS
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| 60 70 80 90 100 EF 583447 SLLHQHHHHQ QQHQQHQQQL LQYWSDALNL SPRGMLTRLG PDGRPLFRLP Xanhtiendai SLVHHHH--- QQQQQHQQQL LQYWSGALNL SPRGMLTRLG PDGRPLFSPP ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....| 110 120 130 140 150
EF 583447 TQPINTTKLY RGVRQRHWGK WVAEIRLPRN RTRLWLGTFD TAEDAAMAYD
Xanhtiendai TQRINTTKLY RGVRQRHWGK WVAEIRLPRN RTRLWLGTFD TAEDAAMAYD
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
160 170 180 190 200
EF 583447 REAFKLRGEN ARLNFPELFL NKDKKEEQQQ QEQEASSPVL SAIAKQHEPS
Xanhtiendai REAFKQRGEN ARLNFPELFF NKDKKE--Q- GEEEASSPVL SAIAKQNEPP
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
210 220 230 240 250
EF 583447 -SEHRDVPIE ESNENDSGDA TVSDD-QVHA TTESSEGVSQ EMVWGEMSAW
Xanhtiendai PAHHRDVTIE ESNENDSGDA TVSDEVHAPA ATASSEGVSQ ELVWGEMSAW
....|....| ....|....| ....|....| ....|....| ....|....|
260 270 280 290 300
EF 583447 FNAIPAAWGP GSPMWDDLDA TNNLLCQSHI PFSNPNQQEL N---DAERQE
Xanhtiendai FNAIPAAWGP GSPMWDDLDA TNNLLCQSHI PFSNPNQQQF NDADDAQRQE
....|....| ... 310
EF 583447 QNTGPGYLWK DQD
Xanhtiendai QNTGPGYLWK DQD
Hình 3.12. So sánh trình tự axit amin của DREB5 ở giống đậu tƣơng Xanh Tiên Đài Việt Nam và giống đậu tƣơng có mã số EF 583447.1 của Trung Quốc có trong ngân hàng gen quốc tế
Theo kết quả này Xanh tiên đài của Việt Nam đã không có axit amin ở các vị trí từ 58-60 (ứng với HHQ ), 177,178, 180 (ứng với EQQ). EF 583447 Trung Quốc không có axit amin ở các vị trí 201(ứng với P), 292-294 (ứng với DAD). Sự tƣơng đồng của hai giống về trình tự axit amin đạt 87,8%
KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ
