Tuy đã đạt được nhiều thành công trên con đường phát triển thành một công ty chứng khoán hàng đầu tại Việt Nam nhưng VNDS vẫn còn có những khó khăn cần tháo gỡ trong hoạt động kinh doanh.
Vốn điều lệ của công ty được duy trì trong 4 năm liên tiếp giai đoạn 2010-2013 trong khi các công ty khác đang gia tăng đáng kể nguồn vốn điều lệ của mình. Điều này ảnh hưởng tới doanh thu hoạt động cho vay ký quỹ bởi sự thiếu nguồn tiền dôi dư cung cấp cho mảng dịch vụ này.
Sự lỏng lẻo trong quản trị rủi ro đó đã khiến VNDS phải trích lập chi phí dự phòng 123 tỷ đồng năm 2011 và ước tính khoản phải thu khó đòi liên quan tới hoạt động này trong năm 2013 là 141 tỷ đồng
Danh mục đầu tư của VNDS không đa dạng. Trong những năm gần đây VNDS đã chuyển dịch cơ cấu đầu tư sang các kênh an toàn hơn, như lãi tiền gửi tiết kiệm, so với đơn thuần là giao dịch cổ phiếu trên thị trường chứng khoán trong thời gian trước. Tuy nhiên tỷ trọng đầu tư vào cổ phiếu vẫn chiếm tỷ lệ khá cao, trong đó hơn một nửa là đầu tư vào các công ty chưa niêm yết, thiếu thanh khoản. Tiền gửi ngân hàng gia tăng qua nhiều thời kỳ cũng gây ảnh hưởng cho VNDS trước các biến đổi về lãi suất.
Lực lượng nhân viên kinh doanh tăng liên tục trong 2 năm qua nhưng nhiều người chưa đáp ứng được công việc đòi hỏi kỹ năng chịu áp lực cao, có tính chuyên nghiệp, quan hệ tốt với khách hàng năng động, sáng tạo nhạy bén. Do vậy cần có chính sách đãi ngộ phù hợp để thu hút được người giỏi đáp ứng được sự phát triển nhanh chóng của công ty.