Thực tế công tác quản lý thu nộp thuế còn hạn chế như một số DN không có khả năng nộp các khoản thuế được giãn khi đến hạn nộp làm cho số nợ thuế tăng cao, tình trạng nợ thuế kéo dài, tốc độ tăng nợ thuế năm sau cao hơn năm trước.
Vì vậy để quản lý tốt công tác thu nộp thuế đòi hỏi chính sách, chế độ và các biện pháp quản lý thuế phải đơn giản, minh bạch, công khai, dân chủ để nâng cao nhận thức của mọi thành viên trong xã hội nhằm tuân thủ tự giác các nghĩa vụ về thuế. Cụ thể chi cục cần phải thực hiện các nhiệm vụ sau:
Yêu cầu doanh nghiệp phải có nghĩa vụ kê khai và nộp thuế theo đúng thời gian quy định, Chi cục thuế có trách nhiệm đôn đốc, nhắc nhở việc thực hiện nghĩa vụ của các doanh nghiệp. Chứng từ nộp thuế sẽ được chuyển về Chi cục thuế, căn cứ vào chứng từ đó sẽ biết được doanh nghiệp nào đã nộp, doanh nghiệp nào chưa nộp, nộp chậm hay nộp thiếu để đưa ra những biện pháp thích hợp trong quản lý.
quản lý, đánh giá mức độ thất thu, nợ đọng thuế trên từng địa bàn, lĩnh vực, xác định rõ lĩnh vực còn thất thu, nhận dạng chính xác các nhóm tổ chức, cá nhân người nộp thuế có khả năng rủi ro cao để lập danh sách các doanh nghiệp cần thanh tra, kiểm tra thuế, tập trung thu nợ thuế. Tập trung sáu lĩnh vực chủ yếu: kiểm tra, thanh tra chống chuyển giá đối với các loại hình doanh nghiệp trên địa bàn; hoàn thuế, khấu trừ thuế GTGT; chống thất thu đối với kinh doanh thương mại, dịch vụ du lịch, khai thác mỏ; chống thất thu đối với những loại hình kinh doanh mới phát sinh như thương mại điện tử, kinh doanh qua mạng,...
Bộ phận kiểm tra có trách nhiệm đôn đốc ĐTNT đối với trường hợp phát sinh và nợ thuế dưới 90 ngày.
Trường hợp nợ thuế trên 90 ngày bộ phận quản lý nợ có trách nhiệm đôn đốc ĐTNT, nếu không giải quyết được thì áp dụng biện pháp cưỡng chế thuế.
Tăng cường công tác xử lý nợ, đối với các khoản nợ thuế không có khả năng thu hoàn thành hồ sơ đề nghị xoá nợ. Đối với các trường hợp cố tình chây ỳ nợ thuế lập hồ sơ kiên quyết cưỡng chế theo đúng qui định.