Trong quá trình triển khai và thực hiện nhiệm vụ thì công tác quản lý đối tượng nộp thuế còn tồn tại một số hạn chế như:
Còn nhiều trường hợp người nộp thuế chưa quan tâm và thực thi đầy đủ, đúng đắn chính sách thuế.
Do không tham gia đầy đủ các cuộc tổ chức triển khai chính sách thuế nên trong quá trình thực hiện vẫn còn nhiều trường hợp vi phạm. Vẫn còn một bộ phận không nhỏ NNT có hành vi trốn thuế.
Để giải quyết và khắc phục tình trạng trên, đồng thời quản lý đối tượng nộp thuế hữu hiệu nhất, chi cục cần phải thực hiện một số nhiệm vụ sau:
Bằng nhiều hình thức, biện pháp phối hợp thường xuyên hơn nữa, chặt chẽ hơn nữa với các cơ quan chức năng, với chính quyền địa phương soát xét tất cả các tổ chức, cá nhân hoạt động kinh doanh để đưa vào diện quản lý thuế, tránh tình
trạng bỏ sót.(áp dụng đối với các chi nhánh, cửa hàng).
Thường xuyên tiến hành rà soát các dự án xây dựng, nếu các chủ thầu là doanh nghiệp ở các tỉnh khác tới hoạt động tại địa bàn thì cơ quan thuế yêu cầu các chủ đầu tư và chính quyền địa phương thực hiện việc đăng ký thuế và kê khai nộp thuế tại địa bàn trên tổng doanh thu thực hiện.
Thông qua các phương tiện thông tin đại chúng, hệ thống giáo dục, cơ quan quản lý thu và dưới nhiều hình thức phong phú để tuyên truyền, giáo dục các ĐTNT, giúp họ hiểu biết đầy đủ các chính sách thuế, trách nhiệm pháp luật để nâng cao ý thức tự giác, chấp hành nghiêm chỉnh nghĩa vụ nộp thuế vào NSNN theo quy định của pháp luật.
Hướng dẫn kịp thời, đầy đủ các thủ tục kê khai, tính thuế, lập hồ sơ MGT, quyết toán thuế và nộp thuế vào NSNN để các ĐTNT tự giác thực hiện tốt các nghĩa vụ thuế với Nhà nước, giảm thiểu các sai sót do không hiểu biết gây ra.
Hướng dẫn ĐTNT thực hiện tốt công tác kế toán, quản lý chặt chẽ hoá đơn chứng từ để hạch toán đúng kết quả kinh doanh và xác định đúng nghĩa vụ nộp thuế với Nhà nước.
Đẩy mạnh triển khai công nghệ tin học vào tất cả các khâu quản lý thuế và đặc biệt là quản lý ĐTNT.