Năm 1992, Ahn đã tiến hành sử dụng chỉ thị SSR-PCR để tiến hành nghiên cứu về gen điều khiển mùi thơm trên hai giống lúa Della và Basmati 370. Kết quả tác giả đã xác định đƣợc chỉ thị RG28 liên kết với gen fgr nằm trên nhiễm sắc thể số 8 điều khiển tính trạng mùi thơm của hai giống lúa Della và Basmati 370 (Ahn và cs., 1992).
Thông qua sử dụng chỉ thị RFLP để nghiên cứu tính đa hình của các quần thể dòng đẳng gen (NILs-population), là các dòng tạo đƣợc do hồi giao giữa con lai với một trong hai bố mẹ của nó, nên nó chỉ khác nhau ở vài đoạn mã di truyền của bố mẹ do gen (Singh và cs., 2000). Phân tích bản đồ liên kết thông qua sử dụng chỉ thị RFLP cho thấy có sự liên kết rất chặt giữa đơn gen lặn fgr với chỉ thị RG28 trên nhiễm sắc thể số 8 (Chr. 8) với khoảng cách di truyền là 4,5 cM.
Ngày nay, các chỉ thị phân tử đƣợc coi là công cụ quan trọng để xác định từ sự đa dạng hóa đến phân lập gen trong chọn giống cây trồng. Theo Lorieux (1995) có 4 loại chỉ thị phân tử cho gen điều khiển mùi thơm, kết quả xác định có nhiều chỉ thị trên nhiễm sắc thể số 8 liên kết rất chặt với gen điều khiển sự
hiện diện của AP (2-acetyl-1-pyrroline)-hợp chất chính tạo mùi thơm ở lúa thông qua một gen chính và hai loci tính trạng số lƣợng điều khiển tính trạng mùi thơm cây lúa . Gen chính điều khiển mùi thơm đƣợc định vị và liên kết với hai chỉ thị biên RG1 và RG28 ở khoảng cách <5 cM. Hai loci điều khiển tính trạng số lƣợng có tác động đén mức độ thơm của các giống lúa. Kết quả còn chứng minh rằng nồng độ AP trong cây xảy ra ít nhất ở 2 vùng nhiễm sắc thể khi đánh giá đoạn tái tổ hợp trên nhiễm sắc thể số 8 (Lorieux và cs., 1995).
Jin (1996) dùng 300 chỉ thị RAPD để tiến hành đánh giá đa hình tính trạng mùi thơm của con lai từ giống bố/mẹ Khao Dawk Mali 105 (thơm) và CT9993 (không thơm). Số chỉ thị RAPD cho đa hình giữa 2 giống Khao Dawk Mali 105 và CT9993 đạt 64,1%. Bên cạnh đó, tác giả cũng đã xác định đƣợc chỉ thị Jas 1.5 chỉ cho xuất hiện băng ở vị trí 1,5 kb trên các cá thể lúa thơm. Dự a vào sự hiện diện tính trội của alen không thơm để loại trừ các cá thể không có mùi thơm tác giả đã kết luận chỉ thị Jas 1.5 liên kết chặt với gen (fgr) quy định tính trạng hƣơng thơm nằm trên nhiễm sắc thể số 8 với khoảng cách di truyền là 3,9 cM. Nó không những rất hữu dụng cho việc xác định gen thơm mà còn phát hiện ra khối liên kết tại vị trí chuyển dần các gen thơm thông qua backcross (Jin và cs., 1996).
Yoshihashi (2000) đã thành công khi dùng chỉ thị SSR với mồi RM17 để xá định giống gạo thơm Khao Dawk Mali 105 với các giống khác cũng mang cùng tên thị trƣờng thông qua ADN đƣợc li trích từ hạt gạo xay chà.
Bergman (2002) phân tích trên quần thể con lai từ ba tổ hợp lai giống lúa giống thơm và không thơm của mỹ cho kết quả xác định đƣợc 9 chỉ thị SSR liên kết locus RG28. Trong đó chỉ thị RM223 liên kết với locus RG28 tại vị trí của gen fgr với khoảng cách liên kết là < 5cM (Bergman và cs., 2002).
Khi tiến hành nghiên cứu ứng dụng SSR đánh dấu, Nguyễn Thị Lang (2002) đã tiến hành lập bản đồ tính trạng mùi thơm trên nhiễm sắc thể số 8 và kết luận RM223 liên kết chặt với gen mùi thơm frg với khoảng cách di truyền là 1,6 cM. Tác giả còn chuyển đổi RFLP thành STS để đánh giá mùi thơm thông qua chỉ thị phân tử RG28 trên quần thể F2 Khao Dawk Mali
105/ OM1490 cho đa hình giữa hai nhóm thơm và không thơm; bản đồ liên kết gen mùi thơm đƣợc thiết lập cho khoảng cách di truyền RG28 với gen fgr là 1,8cM.
Neelu Jain và cs., (2003) sử dụng 15 chỉ thị SSR đã đƣợc sắp xếp trên nhiễm sắc thể số 8 (Garland và cs., 2000) để phân tích sự đa dạng về chất lƣợng gạo của 12 giống lúa Basmati trên thị trƣờng. Tác giả đã kết luận có 3 alen đƣợc xác định tại vị trí SCUrice-SSR1 với các chỉ thị RM342, RM42, RM195, RM223, RM284 nằm trong vùng RG1-RG28 đều cho đa hình cao giữa các giống Basmati thơm và không thơm.
Sự kết hợp giữa các phƣơng pháp truyền thống và công nghệ ADN đã hình thành hƣớng chọn tạo giống mới là chọn tạo giống nhờ chỉ thị phân tử (Marker Assitsed Selection- MAS) thông qua việc ứng dụng các kết quả về lập bản đồ gen và QTLs qui định các tính về năng suất, chất lƣợng, kháng và chống với các điều kiện bất lợi và sâu bệnh hại.