AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) nghĩa là đa hình chiều dài các đoạn ADN đƣợc nhân bản chọn lọc. Kỹ thuật AFLP là sự kết hợp giữa sử dụng enzym giới hạn với khuếch đại PCR và phát hiện đa hình. AFLP đƣợc phát minh bởi Zabeau và Vos (1993)
Về nguyên tắc của kỹ thuật: đầu tiên ADN tổng số đƣợc cắt đồng thời bởi hai loại enzym giới hạn thƣờng là MseI (enzym nhận biết 6 nucleotit) và EcoRI (enzym nhận biết 4 nucleotit). Khi xử lý với enzim giới hạn, ADN bị cắt thành vô số mảnh có kích thƣớc khác nhau, mỗi mảnh đều biết trƣớc trình tự nucleotit ở hai đầu cắt. Tiếp đó dựa vào trình tự ở đầu cắt, thiết kế các đoạn gắn (adapter) và gắn chúng vào mỗi đầu. Cuối cùng dựa vào trình tự adapter để thiết kế mồi PCR. Mồi đƣợc thiết kế gồm hai phần: một phần có trình tự bổ sung với adapter và phần kia là những nucleotit đƣợc gắn thêm vào tuỳ ý (thông thƣờng từ 1 đến 3 nucleotit). Với mồi thiết kế nhƣ vậy thì chỉ có những đoạn ADN có trình tự ở hai đầu bổ sung với trình tự mồi mới đƣợc nhân lên.
Kỹ thuật AFLP đã kết hợp đƣợc đặc điểm của RFLP và RAPD nên có nhiều ƣu điểm nhƣ: đơn giản, ổn định, khả năng ứng dụng rộng do có thể chủ động trong việc thiết kế mồi. AFLP cũng đƣợc đánh giá là nhanh và hiệu quả trong việc xác định tính đa dạng ở cây trồng, tách dòng và lập bản đồ phân tử. Tuy nhiên, AFLP là chỉ thị trội và vị trí nhiễm sắc thể của chúng chƣa xác định, do đó không nên dùng để lập bản đồ gen các quần thể F2. Trong
trƣờng hợp phải dùng thì cần kết hợp với các chỉ thị khác đã biết trƣớc vị trí nhiễm sắc thể nhƣ RFLP hoặc SSR (Lê Duy Thành, 2000; Nguyen Duy Bay, và cs., 2001).