Ứng dụng công nghệ sinh học trong lĩnh vực nông nghiệp đƣợc coi là giải pháp đột phá xây dựng và phát triển nền nông nghiệp bền vững. Nhờ những tiến bộ của công nghệ sinh học, đặc biệt là công nghệ ADN (DNA technology) đã giúp cho các quá trình nghiên cứu về các tính trạng nông học nói chung và tính trạng chất lƣợng nói riêng hiệu quả hơn. Nếu chỉ đơn thuần sử dụng các phƣơng pháp truyền thống nhƣ lai tạo và chọn lọc thông qua sự biểu hiện kiểu hình, không những tốn kém tiền của, thời gian mà kết quả chọn lựa còn phụ thuộc rất
nhiều vào điều kiện môi trƣờng và kinh nghiệm của nhà chọn giống. Trong khi đó các kết quả ghi nhận sẽ có độ chính xác không cao chƣa hẳn đã đáp ứng yêu cầu thực tế.
Nhiều nghiên cứu đã cho thấy gieo trồng các giống lúa có hàm lƣợng protein cao là hƣớng đem lại hiệu quả kinh tế. Công tác chọn tạo giống lúa có hàm lƣợng protein cao có thể đƣợc tiến hành theo phƣơng pháp chọn lọc có sự trợ giúp của chỉ thị phân tử.
Năm 2002, Blanco đã sử dụng 203 chỉ thị RFLP để nghiên cứu, đánh giá 65 dòng nội phối (Recombinant Inbred Lines-RILs) trên lúa mì, kết quả đã xác định đƣợc 7 QTLs liên quan đến tính trạng GPC (Grain Protein Content).
McCouch đã thiết lập bản đồ di truyền cây lúa nhờ marker phân tử (RFLP) gồm 135 loci. Bản đồ phủ trên 12 nhiễm sắc thể với tổng cộng 1389 cM trên genome cây lúa từ cặp lai IR34583 (Indica) và Bulu Dalam (Japonica). Các chỉ thị phân tử đƣợc sử dụng để nghiên cứu mối liên kết của chúng với những gen qui định đặc tính ở cây nhƣ: chịu hạn, kháng sâu, bệnh, phẩm chất gạo,... Khi chỉ thị phân tử đã đƣợc xác định liên kết chặt với gen qui định đặc tính, nó sẽ đƣợc sử dụng trong chọn tạo giống (McCouch et al., 1988; 1991; Tanksley và cs., 1990).
Chiều dài hạt là một trong những chỉ tiêu quan trọng để đánh giá chất lƣợng cũng nhƣ độ cảm quanh của một giống lúa, đồng thời nó cũng là một đặc tính rất quan trọng trong chọn tạo giống lúa chất lƣợng (Luo và cs., 2004)
Wan (2005) đã sử dụng 116 chỉ thị RFLP để tiến hành lập bản đồ chiều dài hạt trên các giống/dòng lúa nghiên cứu (sử dụng quần thể RILs, CSSLs, BC4F2 và BC4F3), kết quả tác giả đã tiến hành lập đƣợc 6 bản đồ QTL (qGL-2; qGL-3a; qGL- 3b; qGL-5 , qGL-7 và qGL-9). Trong đó, QTL qGL-3 nằm trên nhiễm sắc thể số 3 có chỉ số LOD đóng góp vào cao nhất (27.79) quyết định đến di truyền tính trạng chiều dài hạt gạo (Wan và cs., 2006)