- Thứ nhất: Theo dõi thuế GTGT đầu vào và đầu ra phát sinh trong tháng. Việc theo dõi 2 khoản thuế này đều phải căn cứ vào hoá đơn GTGT.
- Thứ hai: Lập bảng kê thuế hàng tháng, bao gồm: + Bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào + Bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ bán ra. Căn cứ để lập các bảng kê trên là hoá đơn GTGT - Thứ ba: Kê khai thuế phải nộp hàng tháng.
Hàng tháng, kế toán tổng hợp số thuế GTGT đầu vào, thuế GTGT đầu ra, xác định số thuế GTGT phải nộp hoặc chưa được khấu trừ, trên cơ sở đó lập tờ khai thuế GTGT, kèm với bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào, bán ra để nộp cho cơ quan thuế.
- Thứ tư: Vào sổ kế toán và lập báo cáo thuế.
Hàng ngày, khi các nghiệp vụ kinh tế phát sinh, kế toán căn cứ vào hoá đơn GTGT hoặc bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào, bán ra và các chứng từ gốc khác như phiếu thu, phiếu chi, giấy báo nợ, giấy báo có....để vào các sổ
chi tiết tài khoản 133 và 3331, đến cuối tháng kế toán tổng hợp số liệu trên các sổ chi tiết để lên sổ cái tài khoản 133 và sổ cái tài khoản 3331 hoặc tổng hợp số liệu trên sổ tổng hợp rồi lên sổ cái. Số liệu trên sổ cái được sử dụng để lên báo cáo thuế hàng năm.
Trên đây là toàn bộ nhiệm vụ của kế toán thuế GTGT, tuy nhiên trên thực tế, kế toán thuế GTGT còn phải làm nhiều nhiệm vụ khác như: lập giấy xin chi tiền ngân hàng để nộp thuế, lập các báo cáo nội bộ gửi Ban Giám Đốc... Cho dù phải thực hiện toàn bộ công việc kế toán thuế GTGT hoặc chỉ làm một phần trong đó thì yêu cầu mỗi cán bộ kế toán phải có một trình độ chuyên môn vững vàng, có phẩm chất đạo đức tốt, khách quan, trung thực... bởi vì kế toán thuế GTGT rất khó nhưng cũng rất dễ, đòi hỏi cán bộ kế toán thuế phải biết dung hoà giữa chế độ và quy định của nhà nước vời yêu cầu của chủ doanh nghiệp.