- Lamen Nhu m:
P HN III KT QU & THO LUN
3.4.1. Kho sát in silico gen RASSF1A:
GenRASSF1A có 8 exon và 7 intron n m trên vùng 3p21.3 (Hình 3.4). Trình t gen RASSF1A s d ng trong nghiên c u này có mã s truy c p trên NCBI là NC_000003.11 (Hình 3.4). HER2/HMMD tr ng h p l (%) Âm tính 127 63.5 ng tính 73 36.5 ng c ng 200 100 p53/HMMD tr ng h p l (%) Âm tính 49 24.5 ng tính 151 75.5 ng c ng 200 100 A B C
Hình 3.4. nh v gen RASSF1A trên nhi m s c th s 3
Trên trình t này, vùng promoter, vùng 5’UTR và m t ph n exon c a gen
RASSF1A c nh n di n. Toàn b vùng DNA này có ch a hai o CpG: o th nh t có kích th c 133 bp n m hoàn toàn trong vùng promoter, o th hai có kích th c 636 bp kéo dài t vùng promoter t i vùng exon th nh t. M t ph n vùng promoter dài 89 bp (tr c v trí b t u phiên mã) và vùng 5’ không d ch mã (5’ UTR) dài 132 bp n m trong vùng o CpG th hai (Hình 3.5).
Hình 3.5. C u trúc gen RASSF1A
+1: V trí b t u phiên mã; : V trí CpG; V trí g n c a các nhân t phiên mã; CGI: CpG Island – o CpG, M i tên: V trí c a các m i (SQ: m i gi i trình t ;
M: m i methyl)
ng ch ng trình TFSEARCH phiên b n 1.3 v i giá tr ng ng (76.0), chúng tôi xác nh c trong vùng promoter và 5’UTR c a gen RASSF1A có ch a m t s trình t nh n bi t c a các nhân t u hòa phiên mã c th là: Sp1, MZF1, p300, AML-1a, Elk-1, GATA-2, CREB, Max, CDP CR, c-Myc, E2F (Hình 3.6). ng th i, vùng này có ch a nhi u CpG t p trung cu i vùng promoter và trong vùng 5’ UTR; ng nh n m trên vùng ch a trình t nh n bi t c a các nhân t phiên mã nên vùng này th t s thích h p cho vi c kh o sát thi t k m i cho ph ng pháp MSP-ph ng pháp s d ng các c p m i b t t hi u t i m t s v trí CpG mang tính i di n t
ó tr l i c v trí CpG kh o sát có b methyl hóa hay không quy t nh tính methyl hóa cho c o.
nh ng phân tích trên chúng tôi quy t nh ch n vùng DNA nh v t -77 n +130 u tiên thi t k m i (Hình 3.5 và 3.6). Tham kh o các công trình nghiên c u ã công b , vùng c l a ch n trong nghiên c u này có m t ph n trùng v i nhi u tác gi [34, 79, 98] và trùng hoàn toàn v i công trình c a Honorio và c ng s (2003) [146].
Hình 3.6: Trình t gen RASSF1A và s phân b c a m t s nhân t phiên mã
Vùng màu en: promoter; vùng màu tím: 5’ UTR; vùng màu : exon 1; vùng g ch i: vùng c ch n thi t k m i; màu xanh: v trí CpG.