- Lamen Nhu m:
2.4.1. Mô t ni dung: Tin hành kho sát in silico cá co CpG th uc vùng promoter a các genBRCA1,p16INK4a,RASSF1A,cyclin D2 và GSTP1nh m thi t k các b
i cho ph n ng Methylation Specific PCR (MSP)
2.4.2. Ph ng pháp nghiên c u:
2.4.2.1 Thu nh n trình t gen, xác nh c u trúc gen và o CpG:
- Chúng tôi ti n hành thu nh n trình t nucleotide t ngân hàng gen b ng mã s truy p (Accession number) U37574, NC_000009.11, NC_000003.11, NC_000012.11 và NC_000011.9 l n l t cho các genBRCA1,p16INK4a,RASSF1A,cyclin D2 và GSTP1. - Ti p theo, chúng tôi ti n hành xác nh v trí m t s vùng quan tr ng trong c u trúc
a gen có liên quan n n i dung nghiên c u nh vùng promoter, 5’UTR, exon 1... - S d ng ph n m m Methprimer (http://www.urogen.org) xác nh các o CpG thu c vùng promoter c a gen.
2.4.2.2 Ph ng pháp ánh giá – thi t k m i:
t s công c tin sinh h c sau c s d ng:
- Methprimer (www.urogen.org): nh m xác nh o CpG thu c vùng promoter, thi t m i cho ph n ng MSP v i nh ng thông s m c nh s n trong ch ng trình. - TF SEARCH (www.cbrc.jp/Research /db/TFSEARCH.html): nh m xác nh v trí
n c a các nhân t phiên mã lên trên vùng promoter c a gen, t ó nh n nh các v trí CpG c cho là hot spot (là các v trí g n c a các nhân t phiên mã ho c ch a các
trí này) ( ây, chúng tôi tham kh o các công trình nghiên c u có th c nghi m ch ng minh s methyl hóa t i các v trí này s có kh n ng làm thay i ch c n ng
a gen, h n ch kh n ng phiên mã) v i gi thuy t chính s h n ch này có liên quan n s hình thành và phát tri n c a ung th .
- MethBlast (www.medgen.ugent.be/methBLAST/) và BLAST v i các thông s m c nh s n trên NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov): nh m ki m tra c hi u c a các b
i thi t k .
- IDT analyzer: xác nh các thông s quan tr ng c a m i nh kích th c, thành ph n GC, nhi t lai, kh n ng t o hairpin loop, primer-dimer…