- Suất đầu tư cho 01 ha rừng trồng phòng hộ tuy đã được điều chỉnh nhưng vẫn còn quá thấp và chậm thay đổi theo biến động giá cả thị trường. Năm 2000 là 2,5 triệu đồng/ha; đến năm 2003 được điều chỉnh lên 4 triệu đồng/ha, năm 2006 điều chỉnh lên 5 triệu đ/ha, năm 2007 điều chỉnh lên 6 triệu đ/ha. Suất đầu tư thấp làm cho giá nhân công còn quá rẻ so với giá cả thị trường. Từ đó dẫn đến xảy ra mâu thuẫn giữa yêu cầu chất lượng rừng trồng phải cao với giá nhân công quá thấp, vì vậy ở hầu hết các ban quản lý người dân không thể thực hiện theo đúng thiết kế trồng rừng, gây ảnh hưởng không nhỏ đến chất lượng rừng trồng. Với giá nhân công không đủ bù đắp sức lao động bỏ ra của người trồng rừng thì Dự án 661 chưa thực sự thu hút được người dân tham gia Dự án, ở nhiều nơi người dân chỉ tham gia Dự án khi họ không có việc gì khác.
- Giá cây giống cũng trong tình trạng tương tự. Từ đó dẫn đến chất lượng cây giống chưa thể đáp ứng đúng yêu cầu chất lượng đề ra.
- Vẫn áp dụng chung cùng một suất đầu tư cho tất cả các loại mô hình trên tất cả các dạng lập địa có điều kiện trồng rừng khác nhau. Việc này trái ngược hẳn với thực tiễn sản xuất khi trên những dạng lập địa khác nhau thì khả năng trồng rừng thành công cũng rất khác nhau, do vậy để đảm bảo trồng rừng thành công ở những nơi có điều kiện lập địa khó khăn như khí hậu khắc nghiệt, độ dốc cao, đất đai thoái hóa, đi lại khó khăn..., thì suất đầu tư cần phải cao hơn so với các nơi khác. Từ thực tế đó, ở nhiều nơi người dân chỉ nhận trồng rừng phòng hộ ở những nơi dễ trồng, còn ở những nơi khó khăn hơn thì rất ít được trồng rừng hoặc có trồng thì khả năng thành rừng cũng rất hạn chế. Chính vì vậy, ở một số nơi đã dẫn đến hiện tượng đất rừng sản xuất lại quy hoạch cho rừng phòng hộ để tranh thủ nguồn vốn của Nhà nước.
- Áp dụng cơ chế khép kín theo quy định từ trên xuống. Đáng ra việc quy định suất đầu tư cho từng loại mô hình phải căn cứ vào giá nhân công, vật tư cho mô hình đó trên từng điều kiện trồng rừng cụ thể nhưng ở một số khu vực thì ngược lại, việc quy định giá nhân công, vật tư lại được điều chỉnh cho hợp với suất đầu tư đã được đưa ra từ trước. Do đó, việc điều chỉnh giá cả vật tư, nhân công trong các mô hình thường mang tính chủ quan, áp đặt chưa phù hợp với thực tế.
- Chi phí cho nghiệm thu rừng trồng là 20.000 đ/ha là quá ít nên việc nghiệm thu chủ yếu là nghiệm thu khối lượng, nếu nghiệm thu đúng là phải lập các ô đo đếm, đánh giá cây trồng một cách khoa học thì với 20.000 đồng/1 ha là khó thực hiện triệt để. Hơn nữa, việc giám sát nghiệm thu không chặt chẽ nên khi nghiệm thu nhiều diện tích không đảm bảo theo quy định vẫn được nghiệm thu. Bên cạnh đó, ở nhiều nơi áp dụng rất máy móc các quy định nghiệm thu, nhiều nơi dân trồng rừng lên rất tốt nhưng không đúng mật độ trồng (cao hơn quy định) cũng không được nghiệm thu.
- Lương của cán bộ dự án được trích từ 6 - 8% của dự án, đây là khoản tiền quá ít để có thể làm cho người lao động yên tâm công tác và làm tốt nhiệm vụ của mình. Vì vậy, ở hầu hết các Ban quản lý dự án cơ sở, cán bộ dự án thường phải dựa vào dịch vụ sản xuất cây giống để cải thiện thu nhập. Từ đó ảnh hưởng đến chất lượng công việc.
- Mặc dù hầu hết các diện tích rừng trồng phòng hộ đều trồng trên đất đã giao cho dân nhưng ngoài tiền công lao động ra thì cho đến nay người dân vẫn chưa được hưởng thêm quyền lợi gì khác. Cho đến nay đã có rất nhiều diện tích rừng trồng từ 5 - 7 tuổi có mật độ đủ lớn, cây trồng phòng hộ chính và cây phù trợ phát triển rất tốt nhưng vẫn chưa có hướng dẫn, quyết định nào cho phép người dân được tỉa thưa cây phù trợ. Cục Lâm nghiệp đã có các quyết định, hướng dẫn việc khai thác, tỉa thưa cây trồng trong Dự án 661 như: Quyết định số 1053/LN-SDR ngày 23/8/2006 của Cục Lâm nghiệp về việc khai thác rừng trồng phòng hộ thuộc Chương trình 327 và Dự án 661; Quyết định số 1697/LN-LS ngày 19/12/2005 của Cục Lâm nghiệp về việc hướng dẫn chặt nuôi dưỡng và khai thác, tỉa thưa cây phù trợ đối với rừng trồng phòng hộ dự án 327, 661 nhưng ở nhiều nơi vẫn chưa có các ý kiến chỉ đạo hoặc triển khai theo các hướng dẫn này.
- Sau khi kết thúc thời gian trồng và chăm sóc rừng, diện tích rừng được giao khoán cho dân bảo vệ có thời hạn 5 năm, sau đó đưa vào quản lý tập trung. Trong khi hiện nay theo quy hoạch mới 3 loại rừng thì rất nhiều diện tích rừng phòng hộ đã trồng rừng được chuyển sang rừng sản xuất, vì thế đến chu kỳ khai thác những diện tích rừng này khó giữ được.
- Vốn cấp phát cho các đơn vị còn chậm, hàng năm quý 2 mới có thông báo kinh phí cho nên công việc trồng rừng không kịp tiến độ, nhiều đơn vị phải điều chỉnh lại kế hoạch do không có vốn để thực thi.