Tiến hành thu nhận một lượng lớn plasmid tái tổ hợp pB-5’UTR từ dịng E. coli pB- 5’UTR/DH5 , tinh sạch plasmid và sử dụng để giải trình tự gen trên máy giải trình tự ALF-Sequence. Kết quả giải trình tự như sau:
ATTACGCCAAGCGCGCAATTAACCCTCACTAAAGGGAACAAAAGCTGGAGC TCCACCGCGNTGGNGGCCGCTCTAGAACTAGTGGAATCCCCCCGGGCTGCA GGAATTCCGatgcccttagtaggactagCAGACGNAGGGACTAGCCGTAGTGTCG AGCTCCCCTGGGTGGTCTAAGTCCTGAGTACAGNACAGTCGTCAGTAG TTCGACGTGAGCGGAAGNCCACCTCGAGATGCTATGTGNACGAGGGNA TGCCCAAGACACACCTTAATCCTGGCAGGGGTCGCCAGGGTGAAATCA CACAATGTGAGGGGGGTACGACCTGATAGGGCGCTGCAGAGGCCCAC TAACAGGCTAGTATAAAAATCTCTGCTTgtacaatggcacatggagttgaATCAAGC TTATCGAATACCGTCGACCTCGAGGGGGGCCCGGTACCCAATTCG
Ghi chú: chữ in đậm là trình tự của đoạn 5'UTR; chữ thường in đậm là trình tự mồi
Trình tự gen thu được sau giải trình tự được phân tích và so sánh với các trình tự 5’UTR của các chủng virus dịch tả heo khác. Các kết quả so sánh trình tự (hình 13) cho thấy đoạn 5’UTR của virus dịch tả heo ở Việt Nam cĩ những khác biệt nhỏ so với đoạn 5’UTR của các chủng virus khác, độ tương đồng so với chủng Afort/187, mã số X87939, là 93%; chủng C (Trung Quốc), mã số Z46258, là 93%; chủng Eystrup, mã số NC002657, là 94%.
Với kết quả giải trình tự này chúng tơi đã đăng ký và được chấp nhận nhập lưu trình tự 5’UTR của virus dịch tả heo ở Việt Nam vào ngân hàng gen (mã số AY306121).
Hình 12: Kiểm tra thể biến nạp
bằng cặp mồi T3/T7 1. Thang DNA 50 bp
2. Gen 5’UTR
3. Mồi CS-R/CS-F; plasmid từ thể biến nạp
4. Mồi CS-R/CS-F; plasmid pBlue 5. Mồi T3/T7; plasmid từ thể biến nạp
Hình 13.1:Kết quả so sánh trình tự 5’UTR của virus dịch tả heo chủng Việt Nam với chủng Alfort/187
AY-306121 : Trình tự 5’UTR của CSFV phân lập tại Việt Nam
X87939 ALUTR: Trình tự 5’UTR của CSFV chủng Alfort/187 ACGT ACGT acgt Trình tự khơng tương đồng Trình tự tương đồng Trình tự bảo tồn
Hình 13.2:Kết quả so sánh trình tự 5’UTR của virus dịch tả heo chủng Việt Nam với chủng C, Trung Quốc
AY-306121 : Trình tự 5’UTR của CSFV phân lập tại Việt Nam
Z46258 UTR: Trình tự 5’ UTR của CSFV chủng C, Trung Quốc ACGT ACGT acgt Trình tự khơng tương đồng Trình tự tương đồng Trình tự bảo tồn
Hình 13.3:Kết quả so sánh trình tự 5’UTR của virus dịch tả heo chủng Việt Nam với chủng Eystrup
AY-306121 : Trình tự 5’UTR của CSFV phân lập tại Việt Nam
NC002657-UTR: Trình tự 5’UTR của CSFV chủng Eystrup ACGT ACGT acgt Trình tự khơng tương đồng Trình tự tương đồng Trình tự bảo tồn
Hình 14: RNA tổng số thu nhận bằng phương pháp 1 (1) và phương pháp 2 (2)
