Phân loại sơ bộ bằng các Kít chuẩn sinh hóa API
Làm tương tự đối với các chủng nấm men đã lựa chọn. Kết quả phân loại sơ bộ bằng Kit chuẩn sinh hóa API 20 C AUX được trình bày ở bảng 2.8.
Bảng 2.8. Kết quả phân loại sơ bộ bằng Kit chuẩn sinh hóa API 20 C AUX của các chủng lựa chọn
O GLU GLY 2KG ARA XYL ADO XLT GAL INO SOR
TH1 - + + + + + + - + - +
TH4 - + + + - + + - + - +
MDG NAG CEL LAL MAL SAC TRE MLZ RAF H/PH+
TH1 + + + + + + + + - -
TH4 + + + + + + + + + -
Dựa vào các đặc điểm hình thái tế bào và khuẩn lạc của các chủng nấm men lựa chọn, đồng thời dựa trên kết quả phân loại sơ bộ bằng các Kít chuẩn sinh hóa, các chủng này được xác định đều thuộc chi Candida. Các chủng này sau đó đã được định tên bằng phương pháp giải trình tự một phần gen 18S rRNA, ITS1, 5.8S rRNA, ITS2 của chủng TH1. Kết quả được trình bày trong phần sau:
Xác định vị trí phân loại các chủng vi khuẩn bằng phương pháp sinh học phân tử
Chủng TH1 và TH4 đã được định tên bằng phương pháp giải trình tự một phần gen 18S rRNA, ITS1, 5.8S rRNA, ITS2 của các chủng này. So sánh trình tự nucleotide của đoạn gen 18S rRNA, ITS1, 5.8S rRNA, ITS2 của chủng nấm men TH1 các chủng đại diện trên LPSN, dựa vào phần mềm Clustal X và Treeview, chúng tôi xây dựng được cây phát sinh chủng loại của chủng nấm men này (Hình 2.7, 2.8 và phụ lục 2.2).
28
Hình 2.7. Vị trí phân loại của chủng TH1
Quan sát trên hình 2.7, chúng tôi nhận thấy chủng TH1 tương đồng tới 100% với loài Candida viswanathii SN40 (FJ542757). Kết hợp với các đặc điểm hình thái tế bào và khuẩn lạc, cũng như là các kết quả thử sinh hóa, chủng TH1 được định tên là
Candida viswanathii TH1. Trình tự đoạn gen 18S rRNA, ITS1, 5.8S rRNA, ITS2 của
chủng vi khuẩn này đã được đăng ký trên ngân hàng Genbank NCBI với mã số là JX129175.
Hình 2.8. Vị trí phân loại của chủng TH4
Quan sát trên hình 2.8, chúng tôi nhận thấy chủng TH1 tương đồng tới 100% với loài Candida tropicalis KDLYS201 (HM771639). Kết hợp với các đặc điểm hình thái tế bào và khuẩn lạc, cũng như là các kết quả thử sinh hóa, chủng TH1 được định tên là Candida tropicalis TH4. Trình tự đoạn gen 18S rRNA, ITS1, 5.8S rRNA, ITS2 của chủng vi khuẩn này đã được đăng ký trên ngân hàng Genbank NCBI với mã số là JX129176.
KẾT LUẬN
1. Các chủng B2, B8, B15 và B16 là những chủng có khả năng tạo biofilm tốt. Các chủng này đã được phân loại và định tên như sau:
29
- Chủng B8 được định tên là: Bacillus sp. B8
- Chủng B15 được định tên là: Rhodococcus sp. B15 - Chủng B16 được định tên là: Rhodococcus sp. B16
2. Các chủng nấm men TH1 và TH4 đã được phân loại và định tên như sau: - Chủng TH1 được định tên là: Candida viswanathii TH1
- Chủng TH4 được định tên là: Candida tropicalis TH4
30
CHƯƠNG III. Nội dung 3: Tạo biofilm ở quy mô phòng thí nghiệm