v Thông tin hỗ trợ cho thủ tục phân tích chưa đầy đủ và đáng tin cậy:
Đây là khó khăn dễ nhận thấy trong nền kinh tế Việt Nam. Hiện nay, tại Việt Nam, chưa có một tổ chức chuyên nghiệp cung cấp các dữ liệu thống kê một cách đáng tin cậy. Công tác thống kê chưa được coi trọng đúng mức, do đó các số liệu thống kê vẫn chưa được tập hợp một cách đầy đủ và có hệ thống.
Các cơ quan nhà nước như Tổng cục thống kê, Bộ Tài Chính,… vẫn chưa công bố
đầy đủ các số liệu bình quân ngành, khu vực. Thị trường chứng khoán ra đời được xem là nơi cung cấp các thông tin tài chính kịp thời và chính xác nhất, nhưng các doanh nghiệp Việt Nam vẫn chưa quen với việc công bố thông tin tài chính thật của mình, điều này làm hạn chế việc thu thập thông tin phục vụ cho quy trình phân tích.
v Hoạt động kiểm soát nội bộ chưa được thiết kế và vận hành hữu hiệu tại các công ty Việt Nam:
Một trong những thông tin hỗ trợ cho việc phân tích đó là dự toán của doanh nghiệp. Thông tin đó sẽ có giá trị hơn khi được cung cấp từ một hệ thống kiểm soát nội bộ hữu hiệu. Mặc dù việc lập dự toán và xây dựng tốt hệ thống kiểm soát nội bộ trong môi trường cạnh tranh hiện nay được xem là một lợi thế giúp doanh nghiệp kiểm soát hoạt động, nhưng do các doanh nghiệp Việt Nam chủ yếu là doanh nghiệp vừa và nhỏ, vấn đề dự báo và thống kê chưa được xem trọng, do đó việc cung cấp dữ liệu tài chính và dữ liệu hoạt động còn hạn chế.
v Thời gian thực hiện kiểm toán:
Vào mùa kiểm toán, khối lượng công việc của kiểm toán rất lớn nên thời gian cho phép tiếp xúc với khách hàng ít. Đồng thời, về phía khách hàng cũng đòi hỏi kiểm toán viên đưa ra bút toán điều chỉnh gấp để có báo cáo tài chính hợp hội đồng quản trị và hoàn thành các kế hoạch khác của công ty. Vì vậy, áp lực thời gian phần nào đã ảnh hưởng đến hiệu quả công việc nói chung, cũng như thủ tục phân tích nói riêng.
v Cuối cùng là sự phù hợp giữa chi phí và lợi ích đạt được:
Muốn tăng độ chính xác của khoản mục doanh thu và nợ phải thu đòi hỏi phải áp dụng phương pháp phân tích phức tạp và thu thập đầy đủ các thông tin. Tuy nhiên, việc này đòi hỏi công ty tốn nhiều thời gian và chi phí dẫn đến lợi nhuận đạt được từ cuộc kiểm toán không cao, đôi khi không có lợi nhuận.