Vệ sinh phòng bệnh nhằm nâng cao sức đề kháng cho đàn lợn. Cùng với việc vệ sinh thức ăn, nước uống, vệ sinh thân thể cho vật nuôi, vệ sinh dụng cụ chăn nuôi… thì việc vệ sinh chuồng trại, cải tạo tiểu khí hậu chuồng nuôi sao
Nái chửa
Nái nuôi con
Lợn con sau cai sữa
Lợn thịt Nái chờ phối
cho chuồng nuôi luôn khô thoáng sạch sẽ là một việc rất quan trọng và đã được trại thực hiện chặt chẽ.
Hệ thống chuồng nuôi của trại là hệ thống chuồng hở, do đó cũng gặp một vài khó khăn khi tạo bầu tiểu khí hậu cho trại, tuy nhiên với hệ thống này thì trại cũng đã khắc phục và làm rất tốt việc duy trì sự thông thoáng cho trại, ngoài việc cung cấp đủ oxi cho quá trình hô hấp của lợn nó còn giúp giải phóng các loại khí độc như H2S, CO2… Chính vì vậy để tạo tiểu khí hậu cho trại thì trại đã sử dụng các tấm lưới và bạt di động, hệ thống quạt thông gió và làm mát về mùa hè, hệ thống sưởi ấm vê mùa đông. Bên cạnh đó các dãy chuồng được thiết kế theo hướng Đông Nam để đảm bảo thoáng mát về mùa hè, ấm áp về mùa đông.
Vào mùa hè nhiệt độ tăng cao sẽ ảnh hưởng không nhỏ đến sức khoẻ của đàn lợn. Do đó, hệ thống chống nóng của trại là các tấm bạt di động xung quanh chuồng và giàn phun sương trên không đã làm giảm lượng lớn khí nóng hấp thu vào trại trong những ngày hè oi bức.
Mùa đông ngoài việc che đậy xung quanh chuồng làm giảm luồng khí lạnh thổi vào trại nó còn tạo độ ấm áp cho trại và chỉ mở ra vào những ngày trời có ánh nắng mặt trời. Bên cạnh đó trại đã trang bị hệ thống lồng úm trong đó được bố trí một bóng đèn hồng ngoại công suất 175W.
Chuồng trại được tẩy uế sau mỗi lứa lợn bằng cách rửa sạch các ô nhốt lợn, để khô sau đó phun thuốc sát trùng Han-iodine 10% (1 lít Han-iodine 10% pha với 100 - 250 lít nước), còn nền chuồng thì được rửa sạch bằng nước vôi trong rồi để trống chuồng ít nhất trong 5 ngày mới đưa vào sử dụng lại. Các tấm đan chuồng nái cai sữa sau khi lấy ra được ngâm trong nước vôi trong, ngâm ít nhất là một ngày, sau đó mang ra phun lại bằng nước sạch, phơi khô rồi lắp lại chuồng.
Hệ thống máng ăn khi được sử dụng đều được vệ sinh thường xuyên, với máng ăn của lợn nái được tiến hành rửa hàng ngày, máng cho lợn tập ăn định kỳ rửa sạch phơi khô và thay bằng máng ăn khác
Vệ sinh thân thể cho lợn, với lợn con và lợn cai sữa tuyệt đối không được tắm rửa để tránh nước lạnh. Lợn chửa và lợn chờ phối ngày vệ sinh 2 lần vào buổi sáng và đầu giờ chiều. Đối với nái nuôi con thì hai tuần vệ sinh toàn chuồng một lần, khi vệ sinh nhớ tách lợn con nhốt riêng rồi mới tiến hành vệ sinh cho nái mẹ và chuông nuôi.
Hệ thống trại có một cửa ra vào duy nhất ở cửa ra vào có bố trí hố vôi bột để khử trùng dành cho người đi bộ, vào trại có quần áo, khẩu trang, ủng chuyên dùng. Chính điều này đã làm hạn chế đến mức thấp nhất mầm bệnh đưa vào từ bên ngoài vào khu vực chuồng nuôi.