Ban lãnh đạo của Chi nhánh NHNo&PTNT Nam Hà Nội gồm có một Giám đốc và ba Phó giám đốc phụ trách ba mảng công việc khác nhau. Bộ máy tổ chức hành chính của chi nhánh được bố trí thành 7 phòng ban và 11 phòng giao dịch.
7 phòng ban thuộc hội sở gồm:
Phòng kiểm tra- kiểm soát nội bộ: Kiểm tra giám sát việc chấp hánh quy định nghiệp vụ kinh doanh theo quy định của pháp luật và của NHNN, giám sát việc chấp hành các quy định của NHNo về đảm bảo an toàn trong hoạt động tiền tệ, tín dụng và dịch vụ Ngân Hàng.
Phòng hành chính tổng hợp: Xây dựng trương trình công tác hàng tháng, hành quý và có trách nhiệm thường xuyên đôn đốc việc thực hiện chương trình đã dược Giám đốc chi nhánh phê duyệt. Làm công tác tham mưu cho Giám đốc trong việc tuyển dụng, đào tạo nguồn nhân lực, đề bạt lương cho cán bộ công nhân viên.
Phòng kế hoạch tổng hợp: Là phòng mới được thành lập năm 2004, nhiệm vụ chính của phòng là huy động vốn và lập báo cáo thống kê kế hoạch định kỳ theo quy định của NHNo&PTNT.
Phòng dịch vụ và Marketing: Là phòng mới được thành lập năm 2008, nhiệm vụ chính của phòng là nghiên cứu thị trường, phát triển các sản phẩm và dịch vụ mới.
Phòng kế toán Ngân quỹ: Trực tiếp hạch toán kế toán thống kê và thanh toán theo quy định của chi nhánh xây dựng chỉ tiêu kế hoạch tài chính, quyết toán kế hoạch thu chi tài chính quỹ tiền lương đối với các chi nhánh NHNo trên địa bàn, trình NHNo cấp trên phê duyệt.
Phòng thanh toán quốc tế: Khai thác ngoại tệ hợp lý về giá cả, đảm bảo nhu cầu thanh toán của khách hàng, thực hiện các dịch vụ thanh toán quốc tế, bảo lãnh quốc tế và kinh doanh ngoại tệ
Phòng tín dụng: Phòng kinh doanh với chức năng là: thực hiện cho vay và đầu tư các dự án đối với doanh nghiệp nhằm đem lại kết quả kinh doanh có lãi.
* 10 phòng giao dịch, 1 điểm thu chi
- Phòng giao dịch Nam Đô
- Phòng giao dịch Giảng Võ
- Phòng giao dịch Khõm Thiờn
- Phòng giao dịch số 1
- Phòng giao dịch số 2
- Phòng giao dịch số 3
- Điểm thu chi Học viện Ngân hàng –PGD số 3
- Phòng giao dịch số 5
- Phòng giao dịch số 6
- Phòng giao dịch số 9
- Phòng giao dịch số 10