Theo quy định tại Điều 4 Luật KTNN thì “Hoạt động kiểm toán của KTNN là việc kiểm tra, đánh giá và xác nhận tính đúng đắn, trung thực của BCTC; việc tuân thủ pháp luật; tính kinh tế, hiệu lực và hiệu quả trong quản lý, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước”. Hiện nay, hoạt động của KTNN hầu như vẫn chỉ chú trọng tới kiểm toán BCTC và kiểm toán tuân thủ; trong xu thế phát triển của nền kinh tế thị trường và sự khan hiếm trong nguồn lực thì những kết quả do các cuộc kiểm toán BCTC và kiểm toán tuân thủ cung cấp chưa thể đáp ứng được yêu cầu của những người quan tâm, đặc biệt là đối với nguồn tài sản công; người dân không chỉ muốn biết các cơ quan, tổ chức quản lý nhà nước đã sử dụng nguồn lực công này như thế nào mà còn muốn biết việc sử dụng đó có tiết kiệm và mang lại hiệu quả hay không. Vì vậy việc KTNN phải tiến hành cuộc kiểm toán hoạt động một cách độc lập và đầy đủ tại các doanh nghiệp là yêu cầu bức thiết, đáp ứng nhu cầu thực tế.
Trong nhiều năm hoạt động, KTNN đã khẳng định được sự cần thiết và vai trò quan trọng của mình; góp phần tăng cường quản lý làm lành mạnh hoá nền tài chính quốc gia.Cụ thể theo kết quả kiểm toán trong mấy năm gần đây hoạt động của KTNN có những thành tự đáng ghi nhận.
Năm 2008, KNNN đã làm rõ 13.565 tỷ đồng về tài chính. Trong đó tăng thu NSNN 4.002 tỷ đồng (gồm thuế hơn 2.500 tỷ đồng; phí, lệ phí hơn 155 tỷ đồng; thu tiền sử dụng đất 1.049,2 tỷ đồng; thu khác hơn 280 tỷ đồng). Tăng chi ngân sách 2.470,8 tỷ đồng. Xử lý tài chính khác hơn 7.000
tỷ đồng. Về tài sản đã làm rõ 167 xe ô tô, 159 xe máy, 1 tàu công tác, thu hồi 753 ha đất...Theo Tổng KTNN Vương Đình Huệ, năm 2008 cũng là năm đầu tiên KTNN áp dụng một số biện pháp nhằm nâng cao hiệu quả của kết quả kiểm toán. Cụ thể là các kết luận kiểm toán đều chú trọng kiến nghị xem xét trách nhiệm người đứng đầu, địa chỉ cụ thể các tổ chức, cá nhân để xảy ra sai phạm. KTNN cũng đã gửi một hồ sơ cho cơ quan điều tra; chuyển thanh tra các bộ, ngành 5 vụ việc... Kết quả kiểm toán cũng giúp Quốc hội, Chính phủ, các bộ ngành hoàn thiện hệ thống pháp luật về cơ chế quản lý, nhất là về thuế, phí, lệ phí...
Năm 2009, KTNN đã tiến hành kiểm toán báo cáo quyết toán của 21 bộ, cơ quan trung ương; 37 tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; 22 dự án đầu tư, chương trình mục tiêu quốc gia; 5 chuyên đề; 14 đơn vị thuộc lĩnh vực quốc phòng – an ninh; tỉnh ủy 06 tỉnh; 31 tập đoàn, Tổng công ty nhà nước và các tổ chức tài chính ngân hàng; kiểm toán Báo cáo quyết toán NSNN năm 2008 tại Bộ tài chính, Bộ Kế hoạch và đầu tư. Qua kiểm toán cho thấy các đơn vị nhà nước, các doanh nghiệp, các tập đoàn, tổng công ty và các tổ chức tài chính ngân hàng về cơ bản tuân thủ các qui định của Nhà nước trong quản lý tài chính, quản lý tài sản nhà nước và các qui định khác của pháp luật.Từ kết quả kiểm toán năm 2009, KTNN kiến nghị xử lý tài chính 14.768 tỷ đồng; kiến nghị Chính phủ chỉ đạo các bộ ngành địa phương kiểm điểm xử lý các tập thể cá nhân có sai phạm, xử lý các vấn đề về cơ chế chính sách; rà soát để hủy bỏ hoặc thay thế sửa đổi 45 văn bản pháp luật và ban hành 20 chính sách chế độ. KTNN cũng đề nghị Quốc hội xem xét thu cân đối NSNN 548.529 tỷ đồng; chi cân đối NSNN là 590.714 tỷ đồng, bội chi ngân sách 67.677 tỷ đồng bằng 4.58% GDP đồng thời chỉ đạo các đơn vị được kiểm toán thực hiện đầy đủ kịp thời các kết luận, kiến nghị của KTNN.
CHƯƠNG III: NHẬN XÉT, ĐÁNH GIÁ VÀ MỘT SỐ Ý KIẾN NHẰM HOÀN THIỆN TỔ CHỨC BỘ MÁY
KIỂM TOÁN NHÀ NƯỚC VIỆT NAM