KTNN chuyên ngành I: có chức năng giúp Tổng KTNN thực hiện kiểm toán BCTC đối với các cơ quan, đơn vị hoạt động trong lĩnh vực quốc phòng, an ninh thuộc phạm vi, thẩm quyền kiểm toán của KTNN và theo nội dung kiểm toán được quy định tại Nghị quyết số 1011/2006/NQ- UBTVQH11 ngày 30/3/2006 của Uỷ ban Thường vụ Quốc hội khoá 11 về kiểm toán theo quy trình riêng đối với một số hoạt động thuộc lĩnh vực quốc phòng, an ninh ; kiểm toán BCTC, kiểm toán tuân thủ, kiểm toán hoạt động đối với một số lĩnh vực khác theo sự phân công của Tổng KTNN.
KTNN chuyên ngành II: có chức năng giúp Tổng KTNN thực hiện kiểm toán BCTC, kiểm toán tuân thủ, kiểm toán hoạt động trong việc quản lý, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước của các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ và các cơ quan trung ương khác (sau đây gọi tắt là các bộ, ngành trung ương) thuộc khối tổng hợp, kinh tế và nội chính; kiểm toán báo cáo quyết toán NSNN hàng năm.
KTNN chuyên ngành III: là đơn vị trực thuộc KTNN có chức năng giúp Tổng KTNN thực hiện kiểm toán BCTC, kiểm toán tuân thủ, kiểm toán hoạt động của các bộ, ngành trung ương thuộc khối khoa học – công nghệ, giáo dục - đào tạo, y tế, văn hoá - xã hội, thể dục, thể thao, thông tin - tuyên truyền; khối tổ chức chính trị, tổ chức chính trị - xã hội, tổ chức chính trị - xã hội - nghề nghiệp, tổ chức xã hội - nghề nghiệp có sử dụng kinh phí NSNN; các hội, liên hiệp hội, tổng hội và các tổ chức khác được NSNN hỗ trợ một phần kinh phí.
KTNN chuyên ngành IV: có chức năng giúp Tổng KTNN thực hiện kiểm toán báo cáo quyết toán vốn đầu tư, kiểm toán tuân thủ, kiểm toán hoạt động của các bộ, ngành trung ương có chức năng quản lý ngành, lĩnh vực: giao thông - vận tải, công nghiệp, bưu chính - viễn thông, thương mại, du lịch hoặc do các đơn vị thuộc các bộ, ngành trung ương kể trên trực tiếp quản lý làm chủ đầu tư; chủ trì kiểm toán các chương trình mục tiêu quốc gia thuộc phạm vi kiểm toán của đơn vị; Kiểm toán BCTC, kiểm toán tuân thủ, kiểm toán hoạt động trong quản lý, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước của các DNNN hoạt động chủ yếu trong lĩnh vực đầu tư xây dựng cơ bản do các bộ, ngành trung ương kể trên trực tiếp quản lý; chuẩn bị ý kiến của KTNN về các dự án, công trình quan trọng quốc gia thuộc phạm vi kiểm toán của đơn vị để Tổng KTNN trình Quốc hội.
KTNN chuyên ngành V: có chức năng giúp Tổng KTNN kiểm toán các công trình, dự án đầu tư do các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ có chức năng quản lý ngành, lĩnh vực: nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản, xây dựng, thông tin, tuyên truyền, y tế, giáo dục, văn hóa – xã hội, thể dục – thể thao, khoa học – công nghệ, tài nguyên – môi trường là chủ đầu tư học các đơn vị do các cơ quan nhà nước kể trên quản lý là chủ đầu tư; thẩm định dự án, công trình quan trọng quốc gia là do Quốc hội quyết định thuộc phạm vi kiểm toán của đơn vị; chủ trì kiểm toán các chương trình mục tiêu quốc gia và các khoản vay nợ, viện trợ Chính phủ thuộc phạm vi kiểm toán của đơn vị.
KTNN chuyên ngành VI: là đơn vị trực thuộc KTNN có chức năng giúp Tổng KTNN kiểm toán, xác nhận tính đúng đắn, hợp pháp của BCTC của các DNNN do Thủ tướng Chính phủ thành lập và các DNNN do các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ và các cơ quan khác ở trung ương (sau đây gọi tắt là các bộ, ngành trung ương) là đại diện chủ sở hữu
vốn tại doanh nghiệp (trừ các DNNN hoạt động trong lĩnh vực đầu tư xây dựng cơ bản, tài chính, tín dụng, bảo hiểm, dịch vụ tư vấn tài chính – kế toán - kiểm toán do các bộ, ngành trung ương trực tiếp quản lý).
KTNN chuyên ngành VII: là đơn vị trực thuộc KTNN có chức năng giúp Tổng KTNN kiểm toán, xác nhận tính đúng đắn, hợp pháp của báo cáo quyết toán ngân sách, BCTC của Ngân hàng Nhà nước, các quỹ tài chính tập trung của Nhà nước, các tổ chức tài chính, tín dụng, các DNNN hoạt động trong lĩnh vực tài chính, tín dụng, bảo hiểm, dịch vụ tư vấn tài chính – kế toán - kiểm toán.